Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | AE015451 | 4,586,033:1 | +G | 100% | intergenic (+116/+99) | PP_4061 → / ← PP_4063 | conserved protein of unknown function/putative Long‑chain‑fatty‑acid‑CoA ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AE015451 | 4,586,033 | 1 | . | G | 100.0% | 89.7 / NA | 27 | intergenic (+116/+99) | PP_4061/PP_4063 | conserved protein of unknown function/putative Long‑chain‑fatty‑acid‑CoA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base G (11/16); total (11/16) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
ACGAGCTGCCGATCAAGCCGACCGTGCCGCCGACAGTGGGCGACCCGCCGAGCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAACGTATATACCGCGGCAC > AE015451/4585841‑4586248 | aCGAGCTGCCGATCAAGCCGACCGTGCCGCCGACAGTGGGCGACCCGCCGAGCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCt < 2:586188/209‑1 (MQ=255) cgACAGTGGGCGACCCGCCGAGCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑cc < 1:202086/189‑2 (MQ=255) aCCCGCCGAGCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑gggtaaa > 1:562023/1‑153 (MQ=255) cgccgAGCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATgcggcg < 1:97051/195‑1 (MQ=255) ccgAGCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑gg > 2:657427/1‑148 (MQ=255) gAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAag < 1:636687/217‑1 (MQ=255) ggTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGa > 2:275617/1‑168 (MQ=39) aGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTCGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggccg < 2:399995/210‑1 (MQ=255) gcgtaggggTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCGGATCTGCTCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCACGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAcgcg < 2:275078/127‑1 (MQ=255) ggTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAg > 1:436324/1‑211 (MQ=255) gCGTGAACAGCGGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCt < 2:137441/153‑1 (MQ=38) aCAGCTGATCGGCGCTGCTCCATTGCAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTg < 2:124653/142‑1 (MQ=38) aggtGATCGGCGCTGCTCCATTGGAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGGTCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCCAGGGACCGTGCCGGCCTAGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggccg < 1:84153/173‑1 (MQ=38) tGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCca < 1:376756/214‑1 (MQ=255) tGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCacaccggtc > 1:211649/1‑217 (MQ=39) cATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga < 2:324298/153‑1 (MQ=38) ttGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAAtct < 1:477801/188‑1 (MQ=39) ttGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAAtct > 2:477800/1‑188 (MQ=39) aGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGCAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCa > 1:570005/1‑175 (MQ=38) gggTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGCTAGGAGCgggct > 2:100782/1‑117 (MQ=37) gCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCCCACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcggtcacg > 1:246353/1‑222 (MQ=255) gTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAg < 1:614854/57‑1 (MQ=14) gTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAg > 2:614853/1‑57 (MQ=14) tGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCCTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCcgg > 1:477701/1‑206 (MQ=39) aGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAATCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTgg > 2:543123/1‑82 (MQ=18) gCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAACGTATATAcc < 1:467900/235‑1 (MQ=255) cATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAACGTATATAcc < 1:275618/234‑1 (MQ=255) cGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAggccg < 2:195854/103‑1 (MQ=21) cGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACACGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAACGTATATACCGCGGCAc > 2:703773/1‑234 (MQ=255) | ACGAGCTGCCGATCAAGCCGACCGTGCCGCCGACAGTGGGCGACCCGCCGAGCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGGA‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATGCGGAACTTCTGCACCTTGCCGGTCACGGTCATCGGGTACTCGTCGACAAAACGTATATACCGCGGCAC > AE015451/4585841‑4586248 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |