| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AE015451 | = 1747346 | 60 (1.500) | 4 (0.100) | 4/336 | NT | 6.1% | coding (163/219 nt) | PP_5473 | putative transcriptional regulator, LuxR family |
| ? | AE015451 | 4417589 = | 63 (1.580) | coding (482/552 nt) | PP_3905 | Transcriptional regulator, LuxR family | |||||
CTTTCCAGATGCCTGATAGCGCGGAGTGCCCTGGCCTATCTTGGCGAAAGCTTCGTCACGAGCCTCCTGGGTGCGCGCCAGGAGCGCCTTTAGCGTGTCCACCTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAAGACAGACCA‑GGGCGAGGCAGAGCGGAGTGATGATCTTCTGGTATGCCGCCTCTGCTACGAGAGCAGTTCGACGGCGAACCTTGAGCTTCAGCATCGCGTCTCCGAGGCGTTTTTCTACGCCGCTCTCGCTGATGCCGAAGCTTCTTGCGATTTCTTTGGTGGTAAGT > AE015451/1747134‑1747581 | cTTTCCAGATGCCTGATAGCGCGGAGTGCCCTGGCCTATCTTGGCGAAAGCTTCGTCACGAGCCTCCTGGGTGCGCGCCAGGAGCGCCTTTAGCGTGTCCACCTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGcggcgg > 1:640503/1‑232 (MQ=255)cTTTCCAGATGCCTGATAGCGCGGAGTGCCCTGGCCTATCTTGGCGAAAGCTTCGTCACGAGCCTCCTGGGTGCGCGCCAGGAGCGCCTTTAGCGTGTCCACCTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGcggcgg < 2:640502/232‑1 (MQ=255) aGATGCCTGATAGCGCGGAGTGCCCTGGCCTATCTTGGCGAAAGCTTCGTCACGAGCCTCCTGGGTGCGCGCCAGGAGCGCCTTTAGCGTGTCCACCTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGcggcgg > 2:550990/1‑226 (MQ=255) gcgcGGAGTGCCCTGGCCTATCTTGGCGAAAGCGTCGTCACGAGCCTCCTGGGTGCGCGCCAGGAGCGCCTTTAGCGTGTCCACCTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGt > 2:277104/1‑215 (MQ=255) cgcgGAGTGCCCTGGCCTATCTTGGCGAAAGCTTCGTCACGAGCCTCCTGGGCGCGCGCCAGGAGCGCCTTTAGCGTGTCCACCTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGcgcc < 2:290472/196‑1 (MQ=255) aGTGCCCTGGCCTATCTTGGCGAAAGCTTCGTCACGAGCCTCCTGGGTGCGCGCCAGGAGCGCCTTTAGCGTGTCCACCTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCTCATGGGGTCGCTGTCGTTg > 2:517274/1‑235 (MQ=255) aGTGCCCTGGCCTATCTTGGCGAAAGCTTCGTCACGAGCCTCCTGGGTGCGCGCCAGGAGCGCCTTTAGCGTGTCCACCTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTgg > 1:115467/1‑235 (MQ=255) aGTGCCCTGGCCTATCTTGGCGAAAGCTTCGTCACGAGCCTCCTGGGTGCGCGCCAGGAGCGCCTTTAGCGTGTCCACCTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGa > 1:571164/1‑236 (MQ=255) aGTGCCCTGGCCTATCTTGGCGAAAGCTTCGTCACGAGCCTCCTGGGTGCGCGCCAGGAGCGCCTTTAGCGTGTCCACCTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGa > 1:748966/1‑236 (MQ=255) ccTATCTTGGCGAAAGCTTCGTCACGAGCCTCCTGGGTGCGCGCCAGGAGCGCCTTTAGCGTGTCCACCTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCacc < 2:682636/210‑3 (MQ=255) ccTATCTTGGCGAAAGCTTCGTCACGAGCCTCCTGGGTGCGCGCCAGGAGCGCCTTTAGCGTGTCCACCTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGgcatg < 1:276957/236‑1 (MQ=255) ccTATCTTGGCGAAAGCTTCGTCACGAGCCTCCTGGGTGCGCGCCAGGAGCGCCTTTAGCGTGTCCACCTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGgcatg < 1:397594/236‑1 (MQ=255) tGGCGAAAGCTTCGTCACGAGCCTCCTGGGTGCGCGCCAGGAGCGCCTTTAGCGTGTCCACCTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGc > 1:445636/1‑235 (MQ=255) aaaGCTTCGTCACGAGCCTCCTGGGTGCGCGCCAGGAGCGCCTTTAGCGTGTCCACCTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACaa > 1:631011/1‑235 (MQ=255) aaaGCTTCGTCACGAGCCTCCTGGGTGCGCGCCAGGAGCGCCTTTAGCGTGTCCACCTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACaa > 1:687222/1‑235 (MQ=255) aaaGCTTCGTCACGAGCCTCCTGGGTGCGCGCCAGGAGCGCCTTTAGCGTGTCCACCTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAag > 1:634606/1‑236 (MQ=255) ttCGTCACGAGCCTCCTGGGTGCGCGCCAGGAGCGCCTTTAGCGTGTCCACCTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCgcggcg > 2:715385/1‑189 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> 1:570635/1‑235 (MQ=255) aCCGTCTCTTGGAAGGCTGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAAGACAGACCA‑GGGCGAGGCAGAGCGGAGTGATGATCTTCTGGTATgcc < 1:101886/228‑1 (MQ=255) cTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAAGACAGACCA‑GGGCGAGGCAGAGCGGAGTGATGATCTTCTGGTATGCCGCCTCTGCt > 1:381217/1‑235 (MQ=255) tctTGGAAGGCCGGGTGCATTGTGGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCGCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTg < 2:145733/169‑1 (MQ=255) ggTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTc > 2:97175/1‑136 (MQ=255) ggTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAAGACAGACCA‑GGGCGAGGCAGAGCGGAGTGATGATCTTCTGGTATGCCGCCGCTGCTACGAGAGCAGTTCGACg > 1:565064/1‑235 (MQ=255) ggTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCCCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGAGTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGcgcgcga > 2:67380/1‑109 (MQ=255) gCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAAGACAGACCA‑GGGCg < 1:14213/173‑1 (MQ=255) tgtCTGCATGGATGATCTTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAAGACAGACCA‑GGGCGAGGCAGAGCGGAg < 1:41078/179‑1 (MQ=255) tgtCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTcgcg > 1:135567/1‑108 (MQ=255) tgtCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAAGACAGACCA‑GGGCGAGGcggg > 2:158696/1‑170 (MQ=255) tGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAAGACAGACCA‑GGGCGAGGCAGAGCGGAGTGATGATCTTCTGGTATGCCGCct > 2:349455/1‑199 (MQ=255) aTGGATGATCCTCGGGTGGGTCTGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTg < 2:152965/139‑1 (MQ=255) aTGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAAGACAGACCA‑GGGCGAGGCAGAGCGGAGTGATGATCTTCTGGTATGCCGCCTCTGCTACGAGAGCAGt < 2:631010/212‑1 (MQ=255) 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acgaTTCGAACTTGGGCGGTGCGgcgctccggagcgccgcaccgcccaagttcgaatcgttcgcaaggccgaggccttcgaataccacgcctgacccacccgaggatcaccacatgcagacagccgtgcataaagctttcgaggacaagcgaatggtgctcgcagcgttgcttgaacgcagccaggaagcgcgcaacgaagccttcgccagaatcgcacagggagccccgcgcta < 1:644466‑M1/235‑213 (MQ=255) acgaTTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAAGACAGACCA‑GGGCGAGGCAGAGCGGAGtgat > 2:234970/1‑122 (MQ=255) aCTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAAGACAGACCA‑GGGCGAGGCAGAGCGGAGTGATGATCTTCTGGTATGCCGCCTCTGCTACGAGAGCAGTTCGACGGCGAACCTTGAGCTTCAGCATCGCGTCTCCGAGGCGTTTTTCTACGCCGCTCTCGCTGATGCCGAAGCTTCTTGCGAttt > 1:500866/1‑235 (MQ=255) cgaccccatGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAAGACAGACCA‑GGGCGAGGCAGAGCGGAGTGATGATCTTCTGGTATGCCGCCTCTGCTACGAGAGCAGTTCGACGGCGAACCTTGAGCTTCAGCATCGCGTCTCCGAGGCGTTTTTCTACGCCGCTCTCGCTGATGCCGAAGCTTCTTGCGATTTCt > 1:709861/9‑235 (MQ=255) ggCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAAGACAGACCA‑GGGCGAGGCAGAGCGGAGTGATGATCTTCTGGTATGCCGCCTCTGCTACGAGAGCAGTTCGACGGCGAACCTTGAGCTTCAGCATCGCGTCTCCGAGGCGTTTTTCTACGCCGCTCTCGCTGATGCCGAAGCTTCTTGCGATTTCTTtg < 1:723071/235‑1 (MQ=255) ggCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAAGACAGACCA‑GGGCGAGGCAGAGCGGAGTGATGATCTTCTGGTATGCCGCCTCTGCTACGAGAGCAGTTCGACGGCGAACCTTGAGCTTCAGCATCGCGTCTCCGAGGCGTTTTTCTACGCCGCTCTCGCTGATGCCGAAGCTTCTTGCGATTTCTTtg < 1:277105/235‑1 (MQ=255) ccccatGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAAGACAGACCA‑GGGCGAGGCAGAGCGGAGTGATGATCTTCTGGTATGCCGCCTCTGCTACGAGAGCAGTTCGACGGCGAACCTTGAGCTTCAGCATCGCGTCTCCGAGGCGTTTTTCTACGCCGCTCTCGCTGATGCCGAAGCTTCTTg > 1:618528/6‑224 (MQ=255) ccccatGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAAGACAGACCA‑GGGCGAGGCAGAGCGGAGTGATGATCTTCTGGTATGCCGCCTCTGCTACGAGAGCAGTTCGACGGCGAACCGTGAGCTGCAGCATcgcg > 1:390002/6‑175 (MQ=255) cGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAAGACAGACCA‑GGGCGAGGCAGAGCGGAGTGATGATCTTCTGGTATGCCGCCTCTGCTACGAGAGCAGTTCGACGGCGAACCTTGAGCTTCAGCa > 1:260216/1‑168 (MQ=255) ggcgctccggagcgccgcaccgcccaagttcgaatcgttcgcaaggccgaggccttcgaataccacgcctgacccacccgaggatcaccacatgcagacagccgtgcataaagctttcgaggacaagcgaatggtgctcgcagcgttgcttgaacgcagccaggaagcgcgcaacgaagccttcgccagaatcgcacagggagccccgcgctaccaagcatctggcaaggggaaga > 1:519904‑M1/1‑1 (MQ=255) gccgcTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAAGTCAGACCA‑GGGCGAGGCAGAGCGGAGTGATGATCTTCTGGTATGCCGCCTCTGCTACGAGAGCAGTTCGACGGCGAACCTTGAGCTTCAGCATCGCGTCTCCGAGGCGTTTTTCTACGCCGCTCTCGCTGATGCCGAAGCTTCTTGCGATTTCTTTGGTGGTaact > 2:394580/1‑234 (MQ=255) | CTTTCCAGATGCCTGATAGCGCGGAGTGCCCTGGCCTATCTTGGCGAAAGCTTCGTCACGAGCCTCCTGGGTGCGCGCCAGGAGCGCCTTTAGCGTGTCCACCTTCTCTTGGAAGGCCGGGTGCATTGTTGTCTGCATGGATGATCCTCGGGTGGGTCAGGCGTGGTATTCGAAGGCCTCGGCCTTACGAACGATTCGAACTTGGGCGGTGCGCCGCTCCGGCGCGCGGCGGTCGCGGCGCATGGGGTCGCTGTCGTTGATGGCGGCATGCATTGCCACAAGACAGACCA‑GGGCGAGGCAGAGCGGAGTGATGATCTTCTGGTATGCCGCCTCTGCTACGAGAGCAGTTCGACGGCGAACCTTGAGCTTCAGCATCGCGTCTCCGAGGCGTTTTTCTACGCCGCTCTCGCTGATGCCGAAGCTTCTTGCGATTTCTTTGGTGGTAAGT > AE015451/1747134‑1747581 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |