Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | AE015451 | 4,847,088 | A→C | 11.7% | D613A (GAC→GCC) | PP_4261 → | cation‑transporting P‑type ATPase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AE015451 | 4,847,088 | 0 | A | C | 11.7% | 80.0 / 2.5 | 29 | D613A (GAC→GCC) | PP_4261 | cation‑transporting P‑type ATPase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/7); new base C (2/2); total (20/9) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 |
CGCTGGAAAACCGCTCTGAACACCCCATCGCTCGCGCCTTTGGTCGTACCGCCACACCTGCCGATGACGTACAGAGCGTACCCGGCCTGGGCCTGGAGGGGGTGGTCGACGGCCAGCGCCTGCGCATTGGTCAGGCTACCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGATGACCGCCTGCGCGACGATGCCCCGGCCCTGCTCGCTGCCTGCAAGGCGCGGGGCTGGCACACCCTGCTGCTGTCGGGCGACAGCTCGCCGATGGTTGCCGAAGTGGCCGCGCAGCTGGGTATCGACCAGGCCATTGGCGGCCTGCGCCCGGATGACAAACTGGACCGCCTG > AE015451/4846875‑4847293 | cgcTGGAAAACCGCTCTGAACACCCCATCGCTCGCGCCTTTGGTCGTACCGCCACACCTGCCGATGACGTACAGAGCGTACCCGGCCTGGGCCTGGAGGGGGTGGTCGACGGCCAGCGCCTGCGCATTGGTCAGGCTACCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCa > 1:34315/1‑227 (MQ=255) aaCACCCCATCGCTCGCGCCTTTGGTCGTACCGCCACACCTGCCGATGACGTACAGAGCGTACCCGGCCTGGGCCTGGAGGGGGTGGTCGACGGCCAGCGCCTGCGCATTGGTCAGGCTACCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGTTccg > 2:569952/1‑221 (MQ=255) acCCCATCGCTCGCGCCTTTGGTCGTACCGCCACACCTGCCGATGACGTACAGAGCGTACCCGGCCTGGGCCTGGAGGGGGTGGTCGACGGCCAGCGCCTGCGCATTGGTCAGGCTACCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCCCCTGGCGGTCGCCCAGCAGCAGCCACTGGCCTGGt > 2:545732/1‑216 (MQ=255) ccTTTGGTCGTACCGCCACACCTGCCGATGACGTACAGAGCGTACCCGGCCTGGGCCTGGAGGGGGTGGTCGACGGCCAGCGCCTGCGCATTGGTCAGGCTACCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCt > 2:744085/1‑198 (MQ=255) tGACGTACAGAGCGTACCCGGCCTGGGCCTGGAGGGGGTGGTCGACGGCCAGCGCCTGCGCATTGGTCAGGCTACCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGAt > 2:26954/1‑184 (MQ=255) aCCCGGCCTGGGCCTGGAGGGGGTGGTCGACGGCCAGCGCCTGCGCATTGGTCAGGCTACCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGATGACCGCCTGCGCGACGATGCCCCGGCCCTGCTc > 2:575285/1‑202 (MQ=255) aCCCGGCCTGGGCCTGGAGGGGGTGGTCGACGGCCAGCGCCTGCGCATTGGTCAGGCTACCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGATGACCGCCTGCGCGACGATGCCCCGGCCCTGCTc < 1:575286/202‑1 (MQ=255) aCCCGGCCTGGGCCTGGAGGGGGTGGTCGACGGCCAGCGCCTGCGCATTGGTCAGGCTACCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACCGGCCCGGCTCGGCCTg > 2:132083/1‑166 (MQ=255) aCCCGGCCTGGGCCAGGAGGGGGTGGTCGACGGCCAGCGCCTGCGCATTGGTCAGGCTACCTTCGTCTGCGCCGTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGCCCAGTGGCTGCCGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGGCTGGTTCg > 1:471424/1‑161 (MQ=255) ggAGGGGGTGGTCGACGGCCAGCGCCTGCGCATTGGTCAGGCTACCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGATGACCGCCTGCGCGACGATGCCCCGGCCCTGCTCGCTGCCTGCAAGGCGCGGGGCTGGCACACCCTGCTGCTGTCGGGCg < 1:218188/233‑1 (MQ=255) aCGGCCAGCGCCTGCGCATTGGTCAGGCTACCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTgg > 2:724937/1‑123 (MQ=255) aCGGCCAGCGCCTGCGCATTGGTCAGGCTACCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGATGACCGCCTGCGCGACGATGCCCCGGCCCTGCTCGCTGCCTGCAAGGCGCGGGGCTGGCACACCCTGCTGCTGTCGGGCGACAGCTCGCCGATGGt > 1:480956/1‑235 (MQ=255) gCCAGCGCCTGCGCATTGGTCAGGCTACCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGATGACCGCCTGCGcga < 2:633048/151‑1 (MQ=255) gCCAGCGCCTGCGCATTGGTCAGGCTACCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGATGACCGCCTGCGcga > 1:633049/1‑151 (MQ=255) cAGCGCCTGCGCATTGGTCAGGCTACCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGATGACCGCCTGCGCGACGATGCCCCGGCCCTGCTCGCTGCCTGCAAGGCGCGGGGCTGGCACACCCTGCTGCTGTCGGGCGACAGCTCGCCGATGGTTGCCg > 1:338661/1‑235 (MQ=255) gcATTGGTCAGGCTACCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACGGGccgcgc < 2:303728/114‑5 (MQ=255) aTTGGTCAGGCTACCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGCTGACCGCCt > 2:161044/1‑131 (MQ=255) cTACCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGATGACCGCCTGCGCGACGATGCCCCGGCCCTGCTCGCTGCCTGCAAGGCGCGGGGCTGGCACACCCTGCTGCTGTCGGGCGACAGCTCGCCGATGGTTGCCGAAGTGGCCGCGCAGCTGGGTATc > 1:453605/1‑236 (MQ=255) aCCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGATGACCGCCTGCGCGACGATGCCCCGGCCCTGCTCGCTGCCTGCAAGGCGCGGGGCTGGCACACCCTGCTGCTGTCGGGCGACAGCTCGCCGATGGTTGCCGAAGTGGCCGCGCAGCTGGGTATCGa > 1:381818/1‑236 (MQ=255) ttCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGATGACCGCCTGCGCGACGATGCCCCGGCCCTGCTCGCTGCCTGCAAGGCGCGGGGCTGGCACACCCTGCTGCTGTCGGGCGACAGCTCGCCGATgg > 2:265891/1‑202 (MQ=255) gcgcCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGt > 2:536367/1‑90 (MQ=255) gcgcCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGt < 1:536368/90‑1 (MQ=255) tgCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCCCCTGGCGGTCGCCCAGCAGCAGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGATGACCGCCTGCGCGACGATGCCCCGGCCCTGCTCGCTGCCTGCAAGGCGCGGGGCTGGCACACCCTGCTGCTGTCggg < 1:509918/165‑1 (MQ=38) gCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGATGACCGCCTGCGCGACGATGCCCCGGCCCTGCTCGCTGCCTGCAAGGCGCGGGGCTGGCACACCCTGCTGCTGTCGGGCGACAGCTCGCCGATGGTTGCCGAAGTGGCCGCGCAGCTGGGTATCGACCAGGCCATTGGCGGCCTGCGCCCGGATGAc > 1:102695/1‑231 (MQ=255) gCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCCCCTGGCGGTCGCCCAGCAGCAGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGATGACCGCCTGCGCGACGATGCCCCGGCCCTGCCCGCTGCCTGCAAGGCGCGGGGCTGGcg > 2:509917/1‑133 (MQ=25) cccGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAgggg < 2:248256/45‑1 (MQ=255) cgcgcgGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGATGACCGCCTGCGCGACGATGCCCCGGCCCTGCTCGCTGCCTGCAAGGCGCGGGGCTGGCACACCCTGCTGCTGTCGGGCGACAGCTCGCCGATGGTTGCCGAAGTGGCCGCGCAGCTGGGTATCGACCAGGCCATTGGCGGCCTGCGCCCGGATGACAAACTGGACCGCCTg < 2:480955/233‑1 (MQ=255) cgGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGATGACCGCCTGCGCGACGATGCCCCGGCCCTGCGCGctgcctg > 2:194801/1‑99 (MQ=255) cAGTGGCTGCTGCTGGGCGCCCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGATGGCCGCCTGCGCGACGATGCCCCGGCCCTGCTCGCTGCCTGCAAGGCGCGGGGCTGGCACACCCTGCTGCTGTCGGGCGACAGCTCGCCGATGGTTGCCGAAGTGGcc < 1:132083/162‑1 (MQ=255) | CGCTGGAAAACCGCTCTGAACACCCCATCGCTCGCGCCTTTGGTCGTACCGCCACACCTGCCGATGACGTACAGAGCGTACCCGGCCTGGGCCTGGAGGGGGTGGTCGACGGCCAGCGCCTGCGCATTGGTCAGGCTACCTTCGTCTGCGCCTTGAGTGGTGCGGAAATCCCCGCTGTACCCGAGCCGCGCGGCCAGTGGCTGCTGCTGGGCGACCGCCAGGGGCCACTGGCCTGGTTCGGCCTGGATGACCGCCTGCGCGACGATGCCCCGGCCCTGCTCGCTGCCTGCAAGGCGCGGGGCTGGCACACCCTGCTGCTGTCGGGCGACAGCTCGCCGATGGTTGCCGAAGTGGCCGCGCAGCTGGGTATCGACCAGGCCATTGGCGGCCTGCGCCCGGATGACAAACTGGACCGCCTG > AE015451/4846875‑4847293 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |