| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 302,935 | G→C | 22.2% | G367A (GGT→GCT) | envZ → | Osmolarity sensor protein EnvZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 302,935 | 0 | G | C | 22.2% | 62.5 / 14.9 | 27 | G367A (GGT→GCT) | envZ | Osmolarity sensor protein EnvZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/9); new base C (4/2); total (16/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
GTGAGGTGGTGGCTCCGTACAACCAGCCGGAAGAGCGTGTGCGCCTGTGCCTGGAGCCGATTCCACCGTTCCCGCTGCGCCGGGTTTCGCTCAAGCGCATGCTGGGCAACCTGATCGGCAACGCCCTGCACCATGCTGGCAAGGGGGTCGAGGTGGCTGCCTATGTGTCAGGTGACGAGAGTGCGCCGTATGTGGTGCTCAGTGTGCTGGACCGGGGCACCGGTATTGACGAGTCGGAGCTGGAAACCATCTTCAACCCGTTCATTCGCGGTGATCGGGCACGGGGCGGCAAGGGCACCGGGCTGGGGCTGGCGATCGTCAAGCGGATTGCTGCGCAACATGGCGGGAACGTGGAGTTGCGTAACCGGTCTGGCGGCGGGATCGAGGCGCGGGTCAGGTTGCCGCTGGGGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCT > AE015451/302713‑303164 | gTGAGGTGGTGGCTCCGTACAACCAGCCGGAAGAGCGTGTGCGCCTGTGCCTGGAGCCGATTCCACCGTTCCCGCTGCGCCGGGTTTCGCTCAAGCGCATGCTGGGCAACCTGATCGGCAACGCCCTGCACCATGCTGGCAAGGGGGTCGAGGTGGCTGCCTATGTGTCAGGTGACGAGAGTGCGCCGTATGTGGTGCTCAGTGTGCTGGACCGGGGCACCGCTATTGACGAGTCg > 1:144202/1‑236 (MQ=255) cTCCGTACAACCAGCCGGAAGAGCGTGTGCGCCTGTGCCTGGAGCCGATTCCACCGTTCCCGCTGCGCCGGGTTTCGCTCAAGCGCATGCTGGGCAACCTGATCGGCAACGCCCTGCACCATGCTGGCAAGGGGGTCGAGGTGGCTGCCTATGTGTCAGGTGACGAGAGTGCGCCGTATGTGGTGCTCAGTGTGCTGGACCGGGGCACCGGTATTGACGAGTCGGAGCTGGaaa < 2:627296/234‑1 (MQ=255) aCAACCAGCCGGAAGAGCGTGTGCGCCTGTGCCTGGAGCCGATTCCACCGTTCCCGCTGCGCCGGGTTTCGCTCAAGCGCATGCTGGGCAACCTGATCGGCAACGCCCTGCACCATGCTGGCAAGGGGGTCGAGGTGGCTGCCTATGTGTCAGGTGACGAGAGTGCGCCGTATGTGGTGCTCAGTGTGCTGGACCGGGGCACCGGTATTGACGAGTCGGAGCTGGAAACCAt > 1:117561/1‑232 (MQ=255) gagagCGTGTGCGCCTGTGCCTGGCGCCGATTCCACCGTTCCCGCTGCGCCGGGTTTCGCTCAAGCGCATGCTGGGCAACCTGATCGGCAACGCCCTGCACCATGCTGGCAAGGGGGTCGAGGTGGCTGCCTATGTGTCAGGTGACGAGAGTGCGCCGTATGTGGTGCTCAGTGTGCTGGACCGGGGCACCGCTATTGACGAGTCGGAGCTGGa < 1:176363/213‑1 (MQ=255) tgCGCCTGTGCCTGGAGCCGATTCCACCGTTCCCGCTGCGCCGGGTTTCGCTCAAGCGCATGCTGGGCAACCTGATCGGCAACGCCCTGCACCATGCTGGCAAGGGGGTCGAGGTGGCTGCCTATGTGTCAGGTGACGAGAGTGCGCCGTATGTGGTGCTCAGTGTGCTGGACCGGGGCACCGGTATTGACGAGTCGGAGCTGGAAACCATCTTCAACCCGTTCATTCGCGGTg > 1:165975/1‑234 (MQ=255) cgcCTGTGCCTGGAGCCGATTCCACCGTTCCCGCTGCGCCGGGTTTCGCTCAAGCGCATGCTGGGCAACCTGATCGGCAACGCCCTGCACCATGCTGGCAAGGGGGTCGAGGTGGCTGCCTATGTGTCAGGTGACGAGAGTGCGCCGTATGTGGTGCTCAGTGTGCTGGACCGGGGCACCGGTATTGACGAGTCGGAGCTGGAAACCATCTTCAAc < 1:749770/216‑1 (MQ=255) ccTGTGCCTGGAGCCGATTCCACCGTTCCCGCTGCGCCGGGTTTCGCTCAAGCGCATGCTGGGCAACCTGATCGGCAACGCCCTGCACCATGCTGGCAAGGGGGTCGAGGTGGCTGCCTATGTGTCAGGTGACGAGAGTGCGCCGTATGTGGTGCTCAGTGTGCTGGACCGGGGCACCGGTATTGACg > 1:400525/1‑188 (MQ=255) gtgCCTGGAGCCGATTCCACCGTTCCCGCTGCGCCGGGTTTCGCTCAAGCGCATGCTGGGCAACCTGATCGGCAACGCCCTGCACCATGCTGGCAAGGGGGTCGAGGTGGCTGCCTATGTGTCAGGTGACGAGAGTGCGCCGTATGTGGTGCTCAGTGTGCTGGACCGGGGCACCGGTATTGACGAGTCGGAGCTGGAAACCATCTTCAACCCGTTCATTCGCGGTGATCGGGCa < 1:509506/235‑1 (MQ=255) cTGGGCAACCTGATCGGCAACGCCCTGCACCATGCTGGCAAGGGGGTCGAGGTGGCTGCCTATGTGTCAGGTGACGAGAGTGCGCCGTATGTGGTGCTCAGTGTGCTGGACCGGGGCACCGGTATTGACGAGTCGGAGCTGGAAACCATCTTCAACCCGTTCATTCGCGGTGATCGGGCACGGGGCGGCAAggg < 2:522048/194‑1 (MQ=255) aCCTGATCGGCAACGCCCTGCACCATGCTGGCAAGGGGGTCGAGGTGGCTGCCTATGTGTCAGGTGACGAGTGTGCGCCGTATGTGGTGCTCAGTGTGCTGGACCGGGGCACCGGTATTGATGAGTCGGAGCTGGAAACCATCTTCAACCCGTTCATTCGCGGTGAt > 2:569663/1‑167 (MQ=255) cTGCACCATGCTGGCAAGGGGGTCGAGGTGGCTGCCTATGTGTCAGGTGACGAGAGTGCGCCGTATGTGGTGCTCAGTGTGCTGGACCGGGGCACCGGTATTGACGAGTCGGAGCTGGAAACCATCTTCAACCCGTTCATTCGCGGTGATCGGGCACGGGGCGGCAAgg < 2:437449/169‑1 (MQ=255) aCCATGCTGGCAAGGGGGTCGAGGTGGCTGCCTATGTGTCAGGTGACGAGAGTGCGCCGTATGTGGTGCTCAGTGTGCTGGACCGGGGCACCGCTATTGCCGAGTCGGAGCTGGAAACCATCTTCAACCCGTTCATTCGCGGTGATCGGGCACGGGGCGGCAAGGGCACCGGGCTGGGGCTGGCGgtcgtc > 2:86068/1‑191 (MQ=255) cTGGCAAGGGGGTCGAGGTGGCTGCCTATGTGTCAGGTGACGAGAGTGCGCCGTATGTGGTGCTCAGTGTGCTGGACCGGGGCACCGCTATTGACGAGTCGGAGCTGGAAACCATCTTCAACCCGTTCATTCGCGGTGATCGGGCACGGGGCGGCAAGGGCACCGGGCTGGGGCTGGCGATCGTCAAGCGGATTGCTGCGCAACATGGCGGGAACGTGGAGTTGCGTAACCGGTCt > 1:516655/1‑236 (MQ=255) tGGCAAGGGGGTCGAGGTGGCTGCCTATGTGTCAGGTGACGAGAGTGCGCCGTATGTGGTGCTCAGTGTGCTGGACCGGGGCACCGGTATTGACGAGTCGGAGCTGGAAACCATCTTCAACCCGTTCATTCGCGGTGATCGGGCACGGGGCGGCAAGGGCACCGGGCTGGGGCTGGCGATCGTCAAGCGGATTGCTGCGCAACATGGCGGGAACGTGGAGTTGCGTAACCGGTCTg > 1:620154/1‑236 (MQ=255) 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cACCGGTATTGACGAGTCGGAGCTGGAAACCATCTTCAACCCGTTCATTCGCGGTGATCGGGCACGGGGCGGCAAGGGCACCGGGCTGGGGCTGGCGATCGTCAAGCGGATTGCTGCGCAACATGGCGGGAACGTGGAGTTGCGTAACCGGTCTGGCGGCGGGATCGAGGCGCGGGTCAGGTTGCCGCTGGGGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCctct > 1:449193/1‑235 (MQ=255) cACCGGTATTGACGAGTCGGAGCTGGAAACCATCTTCAACCCGTTCATTCGCGGTGATCGGGCACGGGGCGGCAAGGGCACCGGGCTGGGGCTGGCGATCGTCAAGCGGATTGCTGCGCAACATGGCGGGAACGTGGAGTTGCGTAACCGGGCTGGCGGCGGGGTCGGGGCGCgg > 1:199686/1‑175 (MQ=255) cGGTATTGACGAGTCGGAGCTGGAAACCATCTTCAACCCGTTCATTCGCGGTGATCGGGCACGGGGCGGCAAGGGCACCGGGCTGGGGCTGGCGATCGTCAAGCGGATTGCTGCGCAACATGGCGGGAACGTGGAGTTGCGTAACCGGTCTGGCGGCGGGATCGAGGCGCGGGTCAGGTTGCCGCTGGGgctgctgctgctgccg < 2:396133‑M1/205‑17 (MQ=255) | GTGAGGTGGTGGCTCCGTACAACCAGCCGGAAGAGCGTGTGCGCCTGTGCCTGGAGCCGATTCCACCGTTCCCGCTGCGCCGGGTTTCGCTCAAGCGCATGCTGGGCAACCTGATCGGCAACGCCCTGCACCATGCTGGCAAGGGGGTCGAGGTGGCTGCCTATGTGTCAGGTGACGAGAGTGCGCCGTATGTGGTGCTCAGTGTGCTGGACCGGGGCACCGGTATTGACGAGTCGGAGCTGGAAACCATCTTCAACCCGTTCATTCGCGGTGATCGGGCACGGGGCGGCAAGGGCACCGGGCTGGGGCTGGCGATCGTCAAGCGGATTGCTGCGCAACATGGCGGGAACGTGGAGTTGCGTAACCGGTCTGGCGGCGGGATCGAGGCGCGGGTCAGGTTGCCGCTGGGGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCT > AE015451/302713‑303164 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |