| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 2,909,285 | G→A | 8.8% | Q385* (CAG→TAG) ‡ | aprDA ← | alkaline protease secretion transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 2,909,285 | 0 | G | A | 8.8% | 134.9 / 2.8 | 45 | Q385* (CAG→TAG) ‡ | aprDA | alkaline protease secretion transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/21); new base A (2/2); total (22/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
GCGGGTGTCGTAACCCTGCGGGAAGCGCAGGATCATGTCGTGTACACCGCTGCTGCGGGCGGCACGGATCACCGCGTCGCTGTCCACCTCGGCAAAGCGGGCGATGTTTTCGGCGATGGTGCCTTCGAACAGCTCCACGTCCTGCGGCAGGTAGCCCAGCCACGGGCCCAGTTCGGCCTTGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCTGAAGCTCACCCCGCGTACGATGCTGGTGCTGCTGCCTGGGGCGCCGGCGATCACGTTCTCCACGGCCAGCATGCCCATTGGCCGCTGCAGCGACATGCTCGGTGGCCGTTGCGGGTAGTCCTGCAGCAGGTCATTGA > AE015451/2909058‑2909515 | gCGGGTGTCGTAACCCTGCGGGAAGCGCAGGATCATGTCGTGTACACCGCTGCTGCGGGCGGCACGGATCACCGCGTCGCTGTCCACCTCGGCAAAGCGGGCGATGTTTTCGGCGATGGTGCCTTCGAACAGCTCCACGTCCTGCGGCAGGTAGCCCAGCCACGGGCCCAGTTCGGCCTTGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGggccgg < 2:464472/234‑1 (MQ=255) cGTAACCCTGCGGGAAGCGCAGGATCATGTCGTGTACACCGCTGCTGCGGGCGGCACGGATCACCGCGTCGCTGTCCACCTCGGCAAAGCGGGCGATGTTTTCGGCGATGGTGCCTTCGAACAGCTCCACGTCCTGCGGCAGGTAGCCCAGCCACGGGCCCAGTTCGGCCTTGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTg < 1:347071/220‑1 (MQ=255) aTCATGTCGTGTACACCGCTGCTGCGGGCGGCACGGATCACCGCGTCGCTGTCCACCTCGGCAAAGCGGGCGATGTTTTCGGCGATGGTGCCTTCGAACAGCTCCACGTCCTGCGGCAGGTAGCCCAGCCACGGGCCCAGTTCGGCCTTGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCCAggccg < 2:585142/202‑1 (MQ=255) cGTGTACACCGCTGCTGCGGGCGGCACGGATCACCGCGTCGCTGTCCACCTCGGCAAAGCGGGCGATGTTTTCGGCGATGGTGCCTTCGAACAGCTCCACGTCCTGCGGCAGGTAGCCCAGCCACGGGCCCAGTTCGGCCTTGTTCCAGGTGAAGATATCTGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGggc > 1:114025/1‑193 (MQ=255) acacCGCTGCTGCGGGCGGCACGGATCACCGCGTCGCTGTCCACCTCGGCAAAGCGGGCGATGTTTTCGGCGATGGTGCCTTCGAACAGCTCCACGTCCTGCGGCAGGTAGCCCAGCCACGGGCCCAGTTCGGCCTTGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAggcg < 2:500722/212‑1 (MQ=255) tgcGGGCGGCACGGATCACCGCGTCGCTGTCCACCTCGGCAAAGCGGGCGATGTTTTCGGCGATGGTGCCTTCGAACAGCTCCACGTCCTGCGGCAGGTAGCCCAGCCACGGGCCCAGTTCGGCCTTGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGggccggcc < 2:427614/183‑1 (MQ=255) tgcGGGCGGCACGGATCACCGCGTCGCTGTCCACCTCGGCAAAGCGGGCGATGTTTTCGGCGATGGTGCCTTCGAACAGCTCCACGTCCTGCGGCAGGTAGCCCAGCCACGGGCCCAGTTCGGCCTTGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGggccggcc > 1:427615/1‑183 (MQ=255) cACGGATCACCGCGTCGCTGTCCACCTCGGCAAAGCGGGCGATGTTTTCGGCGATGGTGCCTTCGAACAGCTCCACGTCCTGCGGCAGGTAGCCCAGCCACGGGCCCAGTTCGGCCTTGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCccgaggccga < 2:640396/220‑1 (MQ=255) aCCGCGTCGCTGTCCACCTCGGCAAAGCGGGCGATGTTTTCGGCGATGGTGCCTTCGAACAGCTCCACGTCCTGCGGCAGGTAGCCCAGCCACGGGCCCAGTTCGGCCTTGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCCGGCGAgggc > 2:478978/1‑193 (MQ=255) ccGCGTCGCTGTCCACCTCGGCAAAGCGGGCGATGTTTTCGGCGATGGTGCCTTCGAACAGCTCCACGTCCTGCGGCAGGTAGCCCAGCCACGGGCCCAGTTCGGCCTTGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAggc < 1:259390/183‑1 (MQ=255) 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cACGTCCTGCGGCAGGTAGCCCAGCCACGGGCCCAGTTCGGCCTTGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCTGAAGCTCACCCcgcg > 2:280799/1‑201 (MQ=255) gTCCTGCGGCAGGTAGCCCAGCCACGGGCCCAGTTCGGCCTTGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCTGAAGCTCACCCCGCGTACGATGCTGGTGCTGCTGCCTGGGGCGCCGGCGATCa > 1:629761/1‑236 (MQ=255) ggCAGGTAGCCCAGCCACGGGCCCAGTTCGGCCTTGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCCATGACACCCCGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCt > 1:231122/1‑176 (MQ=255) ggTAGCCCAGCCACGGGCCCAGTTCGGCCTTGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCTGAAGCTCACCCCGCGTACGATGCTGGTGCTGCTGCCTGGGGCGCCGGCGATCACGTTCTCCAc < 1:623891/235‑1 (MQ=255) gCCCAGCCACGGGCCCAGTTCGGCCTTGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCTGAAGCTCACCCCGCGTACGATGCTGGTGCTGCTGCCTGGGGCGCCg > 2:623890/1‑214 (MQ=255) ggCCTTGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTg > 1:121582/1‑130 (MQ=255) cTTGTCCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCTGAAGCTCACCCCGCGTACGATGCTGGTGCTGCTGCCTGGGGCGCCGGCGATCACGTTCTCCACGGCCAGCATGCCCATTGGCCGCTGCAGCg < 1:152117/236‑1 (MQ=255) ttGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCTGAAGCTCACCCCGCGTACGATGCTGGtgctg > 1:83293/1‑174 (MQ=255) ttGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCCAggccggcc < 1:316737/58‑1 (MQ=255) ttGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCCAggccggcc > 2:316736/1‑58 (MQ=255) gTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCTGAAGCTc < 1:117340/141‑1 (MQ=255) tatCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGGAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCGGTCACCCGGGGCCAGGCt > 2:104046/1‑127 (MQ=255) tCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCTGAAGCTCACCCCGCGTACGATGCTGGTGCTGCTGCCTGGGGCGCCGGCGATCACGTTCTCCACGGCCAGCATGCCCATTGGCCGCTGCAGCGACATGCTCGGTGGCCGtt < 1:675261/235‑1 (MQ=255) cgcCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAg > 2:117340/1‑118 (MQ=255) cgcCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCAACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCTGAAGCTCACCCCGCGTACGATGCTGGTGCTGCTGCCTGGGGCGCCGGCGATCACGTTCTCCACGGCCAGCATGCCCATTGGCCGCTGCAGCGACATGCTCGGTGGCCGTTGCg > 2:472914/1‑234 (MQ=255) aGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCTGAAGCTCACCCCGCGTACGATGCTGGTGCTGCTGCCTGGGGCGCCGGCGATCACGTTCTCCACGGCCAGCATGCCCATTGGCCGCTGCAGCGCCCTGCTCGGTGGCCGTTGCGGGTAg > 1:86815/1‑231 (MQ=255) aGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCTGAAGCTCACCCCGCGTACGATGCTGGTGCTGCTGCCTGGGGCGCCGGCGATCACGTTCTCCACGGCCAGCATGCCCATTGGCCGCTGCAGCGACATGCTCGGTGGCCGTTGCGGGTAGta > 1:61605/1‑232 (MQ=255) ggCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAggcg > 1:241438/1‑53 (MQ=255) gcgcACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCAACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCTGAAGCTCACCCCGCGTACGATGCTGGTGCTGCTGCCTGGGGCGCCGGCGATCACGTTCTCCACGGCCAGCATGCCCATTGGCCGCTGCAGCGACATGCTCGGTGGCCGTTGCGGGTAGTCCTgc < 1:472915/235‑1 (MQ=255) cACCTGGCCGGCCGGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCTGAAGCTCACCCCGCGTACGATGCTGGTGCTGCTGCCTGGGgc < 2:8740/150‑1 (MQ=255) ttGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCGCCCGGGGCCAGGCTGAAGCTCACCCCGCGTACGATGCTGGTGCTGCTGCCTGGGGCGCCGGCGATCACGTTCTCCACGGCCa < 2:204549/172‑1 (MQ=255) tGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCTGAAGCTCACCCCGCGTACGATGCTGGTGCTGCTGCCTGGGGCGCCGGCGATCACGTTCTCCACGGCCAGCATGCCCATTGGCCGCTGc < 2:750756/191‑1 (MQ=255) tGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCTGAAGCTCACCCCGCGTACGATGCTGGTGCTGCTGCCTGGGGCGCCGGCGATCACGTTCTCCACGGCCAGCATGCCCATTGGCCGCTGCAGCGACATGCTCGGTGGCCGTTGCGGGTAGTCCTGCAGCAGGTCa > 1:314216/1‑236 (MQ=255) ccGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCccgaggcc < 2:574333/60‑1 (MQ=255) ccGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCccgaggcc > 1:574334/1‑60 (MQ=255) ccGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCTGAAGCTCACCCCGCGTACGATGCTGGTGCTGCTGCCGGGGGCGcc > 1:434022/1‑146 (MQ=255) ggCCTGGGCCCGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCTGAAGCTCACCCCGCGTACGATGCTGGTGCTGCTGCCTGGGGCGCCGGCGATCACGTTCTCCACGGCCAGCATGCCCATTGGCCGCTGCAGCGACATGCTCGGTGGCCGTTGCGGGTAGTCCTGCAGCAGGTCATTGa < 1:97698/236‑1 (MQ=255) | GCGGGTGTCGTAACCCTGCGGGAAGCGCAGGATCATGTCGTGTACACCGCTGCTGCGGGCGGCACGGATCACCGCGTCGCTGTCCACCTCGGCAAAGCGGGCGATGTTTTCGGCGATGGTGCCTTCGAACAGCTCCACGTCCTGCGGCAGGTAGCCCAGCCACGGGCCCAGTTCGGCCTTGTTCCAGGTGAAGATATCGGCGCCGTCCAGGCGCACCTTGCCGGCCTGGGCCGGCCACACGCCTACCAACAGGCGGGCGAGGGTAGACTTGCCCGAGGCCGAGGGGCCGATGACACCCAGGCTGTCACCCGGGGCCAGGCTGAAGCTCACCCCGCGTACGATGCTGGTGCTGCTGCCTGGGGCGCCGGCGATCACGTTCTCCACGGCCAGCATGCCCATTGGCCGCTGCAGCGACATGCTCGGTGGCCGTTGCGGGTAGTCCTGCAGCAGGTCATTGA > AE015451/2909058‑2909515 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |