| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 3,324,091 | A→C | 11.2% | L348R (CTG→CGG) | PP_2924 ← | conserved protein of unknown function |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 3,324,091 | 0 | A | C | 11.2% | 107.5 / 3.0 | 34 | L348R (CTG→CGG) | PP_2924 | conserved protein of unknown function |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/14); new base C (2/2); total (17/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
TCGAGTGCGATCACCCCCATAACCCCATCTGCACGGGCGCTGGCGGCTCACTCAAGCGCGCTCGCAGCAAGCCGCTGCGCAGCTCGGCCTGGGCGGGTCGGTAGTCGCTTGTAACGATGAACGGCCGTGCCTTGTCCAGCACGCAGCGCAGCTGGATCAGGTCGTCATAACGGATGCGCCGCTCCCGGCGCAGGGCGACCAGACGCTGTACGCTGCGCAGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAGCGCCCAGGCCAGCTTGGGGTCGATGTCCAGTGCCAGGTTACCGCTGTGGCCCAGCAGCTCGCCAGCCTTGTAGCCATAGCCACGCAGCAGGAAGTCGGCTTGATACAGGCGGTGTTCGCGCAGCAGCGGTGGTGCGGCGAGGGGTACGCTGCCG > AE015451/3323873‑3324324 | tCGAGTGCGATCACCCCCATAACCCCATCTGCACGGGCGCTGGCGGCTCACTCAAGCGCGCTCGCAGCAAGCCGCTGCGCAGCTCGGCCTGGGCGGGTCGGTAGTCGCTTGTAACGATGAACGGCCGTGCCTTGTCCAGCACGCAGCGCAGCTGGATCAGGTCGTCATAACGGATGCGCCGCTCCCGGCGCAGGGCGACCAGACGCTGTACGCTGCGCAGGCCGATGCCGGGGATa < 1:700983/236‑1 (MQ=255) gCACGGGCGCTGGCGGCTCACTCAAGCGCGCTCGCAGCAAGCCGCTGCGCAGCTCGGCCTGGGCGGGTCGGTAGTCGCTTGTAACGATGAACGGCCGTGCCTTGTCCAGCACGCAGCGCAGCTGGATCAGGTCGTCATAACGGATGCGCCGCTCCCGGCGCAGGGCGACCAGACGCTGTACGCTGCGCAGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGtt > 1:491210/1‑235 (MQ=255) actcaAGCGCGCTCGCAGCAAGCCGCTGCGCAGCTCGGCCTGGGCGGGTCGGTAGTCGCTTGTAACGATGAACGGCCGTGCCTTGTCCAGCACGCAGCGCAGCTGGATCAGGTCGTCATAACGGATGCGCCGCTCCCGGCGCAGGGCGACCAGACGCTGTACGCTGCGCAGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAaca > 2:490827/1‑233 (MQ=255) cGCAGCAAGCCGCTGCGCAGCTCGGCCTGGGCGGGTCGGTAGTCGCTTGTAACGATGAACGGCCGTGCCTTGTCCAGCACGCAGCGCAGCTGGATCAGGTCGTCATAACGGATGCGCCGCTCCCGGCGCAGGGCGACCAGACGCTGTACGCTGCGCAGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACCCGTCGCGGTTGGCCa > 1:496324/1‑235 (MQ=255) gcagcaAGCCGCTGCGCAGCTCGGCCTGGGCGGGTCGGTAGTCGCTTGTAACGATGAACGGCCGTGCCTTGTCCAGCACGCAGCGCAGCTGGATCAGGTCGTCATAACGGATGCGCCGCTCCCGGCGCAGGGCGACCAGACGCTGTACGCTGCGCAGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAg > 1:530081/1‑235 (MQ=255) cggccTGCGCAGCTCGGCCTGGGCGGGTCGGTAGTCGCTTGTAACGATGAACGGCCGGGCCTTGTCCAGCACGCAGCGCAGCTGGATCAGGTCGTCATAACGGATGCGCCGCTCCCGGCGCAGGGCGACCAGACGCTGTACGCTGCGCAGGCCGATGCCGGGGATa > 1:178444/5‑166 (MQ=255) tcTGCGCGGCTCGGCCTGGGCGGGTCGGTGGTCGCTTGTAACGATGAACGGCCGTGCCTTGTCCAGCGCGCAGCGCAGCTGGATCAGGTCGTCATAACGGAGGCGCCGCTCCCGGCGCAGGGCGACCAGACGCTGTACGCTGCGCAGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAgc < 1:122463/225‑1 (MQ=255) cTCGGCCTGGGCGGGTCGGTAGTCGCTTGTAACGATGAACGGCCGTGCCTTGTCCAGCACGCAGCGCAGCTGGATCAGGTCGTCATAACGGATGCGCCGCTCCCGGCGCAGGGCGACCAGACGCTGTACGCTGCGCAGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAGCGCCCAGGCCAGCTTgggg < 2:593372/235‑1 (MQ=255) ggCGGGTCGGTAGTCGCTTGTAACGATGAACGGCCGTGCCTTGTCCAGCACGCAGCGCAGCTGGATCAGGTCGTCATAACGGATGCGCCGCTCCCGGCGCAGGGCGACCAGACGCTGTACGCTGCGCAGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAGCGCCCa < 1:22141/213‑1 (MQ=255) gggTCGGTAGTCGCTTGTAACGATGAACGGCCGTGCCTTGTCCAGCACGCAGCGCAGCTGGATCAGGTCGTCATAACGGATGCGCCGCTCCCGGCGCAGGGCGACCAGACGCTGTACGCTGCGCAGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAGCGCCCAGGCCAGCTTGGGGTCGATGTCCAGt > 1:312498/1‑235 (MQ=255) ggTAGTCGCTTGTAACGATGAACGGCCGTGCCTTGTCCAGCACGCAGCGCAGCTGGATCAGGTCGTCATAACGGATGCGCCGCTCCCGGCGCAGGGCGACCAGACGCTGTACGCTGCGCAGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAGCGCCCAGGCCAGCTTGGGGTCGATGTCCAGTGCCAgg > 1:583088/1‑236 (MQ=255) gtggTCGCTTGTAACGATGAACGGCCGTGCCTTGTCCAGCACGCAGCGCAGCTGGATCAGGTCGTCATAACGGATGCGCCGCTCCCGGCGCAGGGCGACCAGACGCTGTACGCTGCGCAGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAgc < 1:307287/196‑1 (MQ=255) gTAGTCGCTTGTAACGATGAACGGCCGTGCCTTGTCCAGCACGCAGCGCAGCTGGATCAGGTCGTCATAACGGATGCGCCGCTCCCGGCGCAGGGCGACCAGACGCTGTACGCTGCGCAGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGaa > 2:616033/1‑180 (MQ=255) gTAGTCGCTTGTAACGATGAACGGCCGTGCCTTGTCCAGCACGCAGCGCAGCTGGATCAGGTCGTCATAACGGATGCGCCGCTCCCGGCGCAGGGCGACCAGACGCTGTACGCTGCGCAGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAGCGCCCAGGCCAGCTTGGGGTCGATGTCCAGTGCCAg > 2:588768/1‑234 (MQ=255) 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(MQ=255) ccgcTCCCGGCGCAGGGCGACCAGACGCTGTACGCTGCGCAGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAGCGCCCAGGCCAGCTTGGGGTCGATGTCCAGTGCCAGGTTACCGCTGTGGCCCAGCAGCTCGCCAGCCTTGTAGCCATAGCCACGCAGCAGGAAGTCGGCTTGATACAGGCGgtgt < 1:490828/235‑1 (MQ=255) cccGGGGCAGGGCGACCAGACGCTGTACGCTGCGCAGGCCGATGCCGGGGCTACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAGCGCCCAGGCCAGCTTGGGGTCGATGTCCAGTGCCAGGTTACCg < 2:259756/158‑1 (MQ=255) ggACGCTGTACGCTGCGCAGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAGCGCCCAGGCCAGCTTGGGGTCGATGTCCAGTGCCAGGTTACCGCTGTGGCCCAGCAGCTCGCCAGCCTTGTAGCCATAGCCACGCAGCAGGAAGTCGGCTTGATACAGGCGGTGTTCGCGCAGCAGCGGTGGTgcggc < 2:530080/235‑1 (MQ=255) aCGCTGTACGCGGCGCGGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCGGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAGCGCCCAGGCCAGCTTGGGGTCGATGTCCAGTGCCAGGTTACCGCTGTGGCCCAGCAGCt < 2:171759/155‑1 (MQ=255) gtcgcccTGCGCCGACCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAGCGCCCAGGCCAGCTTGGGGTCGATGTCCAGTGCCAGGTTACCGCTGTGGCCCAGCAGCTCGCCAGCCTTGTAGCCATAGCCACGCAGCAGGAAGTCGGCTTGATACAGGCGGTGTTcg < 2:305293/204‑1 (MQ=255) gtcgcccTGCGCCGACCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAGCGCCCAGGCCAGCTTGGGGTCGATGTCCAGTGCCAGGTTACCGCTGTGGCCCAGCAGCTCGCCAGCCTTGTAGCCATAGCCACGCAGCAGGAAGTCGGCTTGATACAGGCGGTGTTcg > 1:305294/7‑210 (MQ=255) cgcccTGCGCCGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAGCGCCCAGGCCAGCTTGGGGTCGATGTCCAGTGCCAGGTTACCGCTGTGGCCCAGCAGCTCGCCAGCCTTGTAGCCATAGCCACg > 2:515637/5‑174 (MQ=255) gcgcCGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAGCGCCCAGGCCAGCTTGGGGTCGATGTCCAGTGCCAGGTTACCGCTGTGGCCCAGCAGCTCGCCAGCCTTGTAGCCATAGCCACGCAGCAGGAAGTc < 2:606582/180‑1 (MQ=255) cgcAGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGtt > 2:469282/1‑77 (MQ=255) cgcAGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGtt < 1:469283/77‑1 (MQ=255) gcAGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAGCGCCCAGGCCAGCTTGGGGTCGATGTCCAGTGCCAGGTTACCGCTGTGGCCCAGCAGCTCGCCAGCCTTGTAGCCATAGCCACGCAGCAGGAAGTCGGCTTGATACAGGCGGTGTTCGCGCAGCAGCGGTGGTGCGGCGAGGGGTACGCt > 2:394249/1‑232 (MQ=255) aGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAGCGCCCAGGCCAGCTTGGGGTCGATGTCCAGTGCCAGGTTACCGCTGTGGCCCAGCAGCTCGCCAGCCTTGTAGCCATAGCCACGCAGCAGGAAGTCGGCTTGATACAGGCGGTGTTCGCGCAGCAGCGGTGGTGCGGCGAGGGGTACGCTGCCg < 1:746859/234‑1 (MQ=255) | TCGAGTGCGATCACCCCCATAACCCCATCTGCACGGGCGCTGGCGGCTCACTCAAGCGCGCTCGCAGCAAGCCGCTGCGCAGCTCGGCCTGGGCGGGTCGGTAGTCGCTTGTAACGATGAACGGCCGTGCCTTGTCCAGCACGCAGCGCAGCTGGATCAGGTCGTCATAACGGATGCGCCGCTCCCGGCGCAGGGCGACCAGACGCTGTACGCTGCGCAGGCCGATGCCGGGGATACGCGCCAGTAGCGCAGGTTCGGCGCGGTTCACGTCCAGCGGGAACACGTCGCGGTTGGCCAGCGCCCAGGCCAGCTTGGGGTCGATGTCCAGTGCCAGGTTACCGCTGTGGCCCAGCAGCTCGCCAGCCTTGTAGCCATAGCCACGCAGCAGGAAGTCGGCTTGATACAGGCGGTGTTCGCGCAGCAGCGGTGGTGCGGCGAGGGGTACGCTGCCG > AE015451/3323873‑3324324 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |