Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | AE015451 | 5,304,902 | C→A | 5.3% | G784C (GGC→TGC) | recC ← | ATP‑dependent DNA helicase and dsDNA/ssDNA exonuclease, ssDNA endonuclease, recombinase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | AE015451 | 5,304,902 | 0 | C | A | 5.3% | 252.4 / 5.8 | 76 | G784C (GGC→TGC) | recC | ATP‑dependent DNA helicase and dsDNA/ssDNA exonuclease, ssDNA endonuclease, recombinase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/30); new base A (2/2); total (44/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.65e-02 |
GTGCAGACTCAGGGCTTCAGCGTCCTGATAAGGCGGCAAGCCCGGCTCGCTCTGCGCGTCTGTCTCACCCTGCTGGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTAGCGCTTCAAGTAACAGGTAACGGTCGTCTTCGCGGCGTGAGCGGTCGCCGGGGCGATAGTCGCTGGCCATCAGGTCGAAGTCCAGCGGTGGCTGC > AE015451/5304693‑5305137 | gTGCAGACTCAGGGCTTCAGCGTCCTGATAAGGCGGCAAGCCCGGCTCGCTCTGCGCGTCTGTCTCACCCTGCTGGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCa < 2:675050/234‑1 (MQ=255) cAGACTCAGGGCTTCAGCGTCCTGATAAGGCGGCAAGCCCGGCTCGCTCTGCGCGTCTGTCTCACCCTGCTGGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCg < 1:554269/236‑1 (MQ=255) gACTCAGGGCTTCAGCGTCCTGATAAGGCGGCAAGCCCGGCTCGCTCTGCGCGTCTGTCTCACCCTGCTGGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGc > 1:584817/1‑235 (MQ=255) gCTTCAGCGTCCTGATAAGGCGGCAAGCCCGGCTCGCTCTGCGCGTCTGTCTCACCCTGCTGGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGAtgt > 1:947979/1‑235 (MQ=255) cTTCAGCGTCCTGATAAGGCGGCAAGCCCGGCTCGCTCTGCGCGTCTGTCTCACCCTGCTGGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCCACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GATG‑CGCGTCG‑Gc > 2:454315/1‑211 (MQ=255) tCAGCGTCCTGATAAGGCGGCAAGCCCGGCTCGCTCTGCGCGTCTGTCTCACCCTGCTGGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATc > 1:378967/1‑236 (MQ=255) gCGTCCTGATAAGGCGGCAAGCCCGGCTCGCTCTGCGCGTCTGTCTCACCCTGCTGGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTg‑cgc > 2:496393/1‑200 (MQ=255) gCGTCCTGATAAGGCGGCAAGCCCGGCTCGCTCTGCGCGTCTGTCTCACCCTGCTGGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCCGGCTGGGCCT‑‑GCTG‑CGCGGCG‑GGCA‑‑CA‑TGc > 2:219619/1‑213 (MQ=255) gTCCTGATAAGGCGGCAAGCCCGGCTCGCTCTGCGCGTCTGTCTCACCCTGCTGGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCa‑‑act > 2:935353/1‑207 (MQ=255) gTCCTGATAAGGCGGCAAGCCCGGCTCGCTCTGCGCGTCTGTCTCACCCTGCTGGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGAt > 1:550247/1‑225 (MQ=255) tGATAAGGCGGCAAGCCCGGCTCGCTCTGCGCGTCTGTCTCACCCTGCTGGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTg > 1:546494/1‑236 (MQ=255) ccctGCGCGTCTGTCTCACCCTGCTGGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGc < 2:1028027/185‑1 (MQ=255) cgcgTCTGTCTCACCCTGCTGGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCg < 1:357694/211‑1 (MQ=255) gtctgtctCACCCTGCTGGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTTCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCac > 2:443370/1‑170 (MQ=255) gactgtctCACCCGGCTGGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGcc < 1:149181/205‑1 (MQ=255) cccTGCTGGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGa > 1:83194/1‑235 (MQ=255) gctgGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCa‑‑aa < 1:124280/158‑1 (MQ=255) tgGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGACCAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGGAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCa‑‑aa > 2:1097786/1‑156 (MQ=255) cagccCCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGa < 1:338685/236‑1 (MQ=255) ccTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGAcc < 2:1040826/233‑1 (MQ=255) ccTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCAT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCg > 2:937559/1‑156 (MQ=255) cTGCCATGCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGAcc < 2:615769/232‑1 (MQ=255) ccATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGAcc < 2:550246/229‑1 (MQ=255) aTTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAg > 1:304541/1‑230 (MQ=255) aTTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAg > 1:875630/1‑230 (MQ=255) aTTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTGCg > 1:297434/1‑200 (MQ=255) aTTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGCCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGCtg > 2:83439/1‑158 (MQ=255) tGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCt < 1:1091/187‑1 (MQ=255) agggggCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAAc < 2:181299/147‑1 (MQ=255) gCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTTCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCGCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTg > 2:570855/1‑147 (MQ=255) gCTGCCCTTCGGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGCCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGGCTCGCGGGCTGGCCCC‑‑GCTG‑CGCGTCT‑GCCA‑‑AA‑TGCCACCCCg > 2:328920/1‑125 (MQ=255) tGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGCCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGGCTCGCGGTTTGGCCCT‑‑GCTG‑CGGGTCG‑Gcc > 2:910871/1‑110 (MQ=255) tGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCGCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCAGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCGTCCCGCAg > 2:387033/1‑126 (MQ=255) cccTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCGGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAg < 2:984753/230‑1 (MQ=255) ttCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTAgc > 2:1031582/1‑231 (MQ=255) tGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTAGCGCTTCAAg < 1:970061/236‑1 (MQ=255) gAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCa > 2:390695/1‑146 (MQ=255) 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cGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGGTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCa < 1:299662/204‑1 (MQ=255) gAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCGGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGGCGCggg > 2:803795/1‑167 (MQ=255) gAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGc > 2:567197/1‑186 (MQ=255) gAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCt > 2:693134/1‑187 (MQ=255) gAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATAc < 1:806874/194‑1 (MQ=255) gAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATAc > 2:806873/1‑194 (MQ=255) cTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTcgc > 2:887439/1‑160 (MQ=255) aggCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGCGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCATCTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGTGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGt < 1:1068216/190‑1 (MQ=255) 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gCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTAGCGCTTCAAGTAACAGGTAACGGTCGTCTTCGCGGCGTGAGCg > 1:774201/1‑235 (MQ=255) tCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTAGCGCTTCAAGTAACAGGTAACGGTCGTCTTCGCGGCGTGAGCGGt < 1:540667/235‑1 (MQ=255) ggTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAgca < 2:1132105/185‑3 (MQ=255) taaGTGCGTACAACAATTGCTCGCCCGGTGTCGCGCGATGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCGCGAAGCAATGTGATCACGCAACTGGCCGaac > 2:945501/3‑99 (MQ=255) gcgtgcAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCTCTATTGTCGCGGATACTGCGCcccaccca > 1:275530/1‑146 (MQ=255) gtgcAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTAGCGCTTCAAGTAACAGGTAACGgtc > 2:933165/1‑201 (MQ=255) gtgcAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTAGCGCTTCAAGTAACAGGTAACGGTCGTCTTc > 1:998677/1‑207 (MQ=255) aaCAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTAGCGCTTCAAGTAACAGGTAACGGTCGTCTTCGCGGCGTGAGCGGt > 1:850198/1‑217 (MQ=255) aaCAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTAGCGCTTCAAGTAACAGGTAACGGTCGTCTTCGCGGCGTGAGCGGTCGCCGGGGCGATAGTCGCt > 1:996988/1‑236 (MQ=255) cAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTAGCGCTTCAAGTAACAGGTAACGGTCGTCTTCGCGGCGTGAGCGGTCGCCgggg > 1:820047/1‑223 (MQ=255) tGCTCGCCCGGTCTTGCGGGCCGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACCGGCCGATCCGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGCTACTCCGCCCGAccc > 2:113742/1‑133 (MQ=255) tGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGGCACGTGCTGACAGTAGCGCTTCAAGTAACAGGTAACGGTCGTCTTCGCGGCGTGAGCGGTCTCCGGGGc > 1:369881/1‑220 (MQ=255) cTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTAGCGCTTCAAGTAACAGGTAAc < 2:1016236/185‑1 (MQ=255) gCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTAGCGCTTCAAGTAACAGGTAACGGTCGTCTTCGCGGCGTGAGCGGTCGCCGGGGCGATAGTCGCTGGCCATCAgg < 1:970801/235‑1 (MQ=255) ccGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTAgcgc < 2:568190/163‑1 (MQ=255) ggTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTa < 2:942591/157‑1 (MQ=255) ggTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTa > 1:942592/1‑157 (MQ=255) tcGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTAGCGCTTCAAGTAACAGGTAACGGTCGTCTTCGCGGCGTGAGCGGTCGCCGGGGCGATAGTCGCTGGCCATCAGGTCGa < 2:956400/231‑1 (MQ=255) cgGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑GGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGGAGCGATGTGAGCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATAc < 2:58622/128‑1 (MQ=255) ggCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGcc < 2:634038/35‑1 (MQ=255) ggCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTg < 2:89710/131‑1 (MQ=255) gCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTAGCGCTTCAAGTAACAGGTAACGGTCGTCTTCGCGGCGTGa > 1:127315/1‑187 (MQ=255) cccT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACCGTAGCGCCTCAAGTaa > 2:235741/1‑155 (MQ=255) cccT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTAGCGCTTc < 2:727554/149‑1 (MQ=255) cccT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTAGCGCTTCAAGTAACAGGTAACGGTCGTCTTCGCGGCGTGAGCGGTTGCCGGGGCGATAGTCGCTGGCCATCAGGTCgca > 1:510090/1‑219 (MQ=255) ccT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTAGCGCTTCAAGTAACAGGTAACGGTCGTCTTCGCGGCGTGAGCGGTCGCCGGGGCGATAGTCGCTGGCCATCAGGTCGAAGTCCAGCGGTGGCTgc < 1:1031583/236‑1 (MQ=255) | GTGCAGACTCAGGGCTTCAGCGTCCTGATAAGGCGGCAAGCCCGGCTCGCTCTGCGCGTCTGTCTCACCCTGCTGGTGCAGCACCTGCCATTCATGGGCATAGCTGAACAGTGGGCTGCCCTTCTGGAAGTACCGAGGGCTGAACGGCTGCAGCGGGTGCTCCTGGGTCAGTGCGTGCAACAGTTGCTCGCCCGGTCTCGCGGGCTGGCCCT‑‑GCTG‑CGCGTCG‑GCCA‑‑AA‑TGCCAGCCCGCAGCGATGTGATCGCGCAACTGGCCGATCAGCACCGAGGCCGGGCGTTCGCTATTGTCGCGGATACTGCGCCCGACCCAGCTGACATACAGTTGGTCACGTGCTGACAGTAGCGCTTCAAGTAACAGGTAACGGTCGTCTTCGCGGCGTGAGCGGTCGCCGGGGCGATAGTCGCTGGCCATCAGGTCGAAGTCCAGCGGTGGCTGC > AE015451/5304693‑5305137 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |