| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 212,506 | T→C | 6.5% | D6004D (GAT→GAC) | PP_0168 → | putative surface adhesion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 212,506 | 0 | T | C | 6.5% | 224.9 / 2.8 | 74 | D6004D (GAT→GAC) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/30); new base C (3/2); total (42/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
CCGTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATTAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTGGGTACTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAACGCCCAGGTCACCATCAAGGC > AE015451/212273‑212736 | ccGTCGGTGCCCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGCCCAACAAAGACGGTCTGCCGATTAACAACCACCGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTGGGTACTGCCACCGTGACTGCTCCGGACAACGTCTACGTCGGTACCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGAAGGTGCGGACGt < 1:248640/236‑1 (MQ=11) gTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATTAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTGGGTACTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCaa > 1:347314/1‑236 (MQ=37) aCTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATTAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTGGGTACTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGtt > 2:1132690/1‑218 (MQ=38) aCTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATTAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTGGGTACTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTgg < 1:111306/235‑1 (MQ=37) acCATTACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATTAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTGGGTACTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGa > 2:387704/1‑235 (MQ=37) aacaaAGACGGTCTGCCGATTAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTGGGTACTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCgg > 2:1106308/1‑191 (MQ=33) aacaaAGACGGTCTGCCGATTAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTGGGTACTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGCGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGGCGGCAAGTTCGAGCaa > 2:233889/1‑204 (MQ=17) aacaaAGACGGTCTGCCGATTAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTGGGTACTGCCACTGTCACTGCCCCGGACAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCAACCGTTGGCGGCGCGGACGTCGGcca > 1:127214/1‑192 (MQ=255) caaAGACGGTCTGCCGATTAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTGGGTACTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCCACCGTTGGCGGCGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCg > 1:470481/1‑235 (MQ=25) ggTCTGCCGATTAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTGGGTACTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTAcc < 1:956244/234‑1 (MQ=34) 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gTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTc < 1:788301/174‑1 (MQ=40) tCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGaaag > 2:940530/1‑111 (MQ=25) aTCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCACCTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAACg < 1:233890/235‑1 (MQ=255) aTCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTc < 2:931281/165‑1 (MQ=40) 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1:14445/236‑1 (MQ=39) ggTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGGTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTCGCCGGGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGACCCACGACCTGGTCGTAACCCTGAGc > 2:700913/1‑213 (MQ=255) gCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAACGCCCAGGTCACCATCAAGGc > 1:949684/1‑236 (MQ=39) gCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGGGCACGTCAACCAGCCGCTg > 2:340418/1‑183 (MQ=39) ggATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCgaga > 2:990630/1‑140 (MQ=37) ggATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGACCTGGTCGTGACCCt > 2:99494/1‑204 (MQ=38) ggATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCCGGCCCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAACGCCCAGGTCACCACCaa > 2:673417/1‑231 (MQ=255) ggACGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACAGCCGACCAGACCTCGGTGGCTGAGAACGTCAAACCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGAc > 2:769830/1‑190 (MQ=9) gATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAAc > 2:712154/1‑171 (MQ=255) aTGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGa < 1:550176/187‑1 (MQ=39) | CCGTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGTCTGCCGATTAACAACCACAGTGCATTGACCTTCACCCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCTAATGGCACCGTGGGTACTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAACGCCCAGGTCACCATCAAGGC > AE015451/212273‑212736 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |