| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 940,152 | A→G | 6.8% | L1824L (TTG→CTG) | PP_0806 ← | putative Surface adhesion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 940,152 | 0 | A | G | 6.8% | 202.1 / 3.2 | 59 | L1824L (TTG→CTG) | PP_0806 | putative Surface adhesion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/23); new base G (2/2); total (34/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
CCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGTCTTCGGCGAATACCAGGTCGCTGGGGCTGGCAGGCGCAGTGGTGACCGGGACTTCGAATTGCAGTGCCGAGGAAGCGTTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGGTCAACTGCTCGCCCGGCTGCGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCTCC > AE015451/939933‑940386 | ccGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTc < 1:1064808/235‑1 (MQ=255) gTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGATGACGGTGAAGGTGCCACCGGCACCTACCACCACACTGCCGACCAGTGTGCCGTTGGCATCGTg < 1:862911/235‑1 (MQ=11) ggCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCAc > 2:684934/1‑234 (MQ=255) gcgGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTcc < 1:729893/235‑1 (MQ=255) ggcGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGcc < 2:401549/223‑1 (MQ=255) cggtcggtGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGcc > 1:619396/1‑235 (MQ=255) ggtcggtGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGa > 2:1022107/1‑224 (MQ=255) tcggtGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTc < 1:928241/181‑1 (MQ=255) tcggtGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGt > 2:942930/1‑234 (MQ=255) 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ccgTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGTCTTCGGCGAATACCAGGTCGCTGGGGCTGGCAGgcgcc > 2:804347/1‑209 (MQ=255) tcatcaATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCGGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGt > 1:811527/1‑149 (MQ=255) caATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGTCTTc < 1:884888/169‑1 (MQ=255) ccacGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGTCTTCGGCGAATACCAGGTCGCTGGGGCTGGCAGGCGCAGTGGTGACCGGGACTTCGAAtt > 2:1058087/1‑216 (MQ=255) gTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGTCTTCGGCGAATACCAGGTCGCTGGGGCTGGCAGGCGCAGTGGTGACCGGGACTTCGAATTGCAGTGCCGAGGAAGCGTTGCCg > 1:975725/1‑235 (MQ=255) gTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAACCAGCGTGCCGTTg > 1:108641/1‑94 (MQ=255) gTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAACCAGCGTGCCGTTg < 2:108641/94‑1 (MQ=255) gcagTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGTCTTCGGc > 2:411/1‑154 (MQ=255) gcagTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGTCTTCGGc < 1:411/154‑1 (MQ=255) gcagTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGTCTTCGGCGAATACCAGGTCGCTGGGGCTGGCAGGCGCAGTGGTGACCGGGACTTCGAATTGCAGTGCCGAGGAAGCGTTGCCGCtt < 2:517748/233‑1 (MQ=255) gcagTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGTCTTCGGCGAATACCAGGTCGCTGGGGCTGGCAGGCGCAGTGGTGACCGGGACTTCGAATTGCAGTGCCGAGGAAGCGTTGCCGCTTgg > 1:517749/1‑235 (MQ=255) cagTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGTCTTCGGCGAATACCAGGTCGCTGGGGCTGGCAGGCGCAGTGGTGACCGGGACTTCGAATTGCAGTGCCGAGGAAGCGTTGCCGCTTggg < 1:870687/235‑1 (MQ=255) tCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGGCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGACCGCCGCCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAg < 2:314554/115‑1 (MQ=255) 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aaCGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGTCTTCGGCGAATACCAGGTCGCTGGGGCTGGCAGGCGCAGTGGTGACCGGGACTTCGAATTGCAGTGCCGAGGAAGCGTTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGGTCAACTGCTCGCCCGGCTGCGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTg < 1:658559/231‑1 (MQ=255) aaCGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGTCTTCGGCGAATACCAGGTCGCTGGGGCTGGCAGGCGCAGTGGTGACCGGGACTTCGAATTGCAGTGCCGAGGAAGCGTTGCCGCCTGGGCCGGTCTGCACCAGGGTCAACt > 2:681140/1‑181 (MQ=255) aaCGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGTCGTCGGCGAATACCAGGTCGCTGGGGCTGGCAGGCGCAGTGGTGACCGGGACTTCGAATTGCAGTGCCGAGGAAGCGTTGCCGCtt < 2:694942/156‑1 (MQ=255) aaCGTGCCATTGGAGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGTCTTCGGCGAATACCAGGTCGCTGGGGCTGGCAGGCGCAGTGGTGACCGGGACTTCGAATTGCAGTGCCGAGGAAGCGTTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGGTCAACTGCTCGCCCGGCTGCGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCTcc < 1:521472/236‑1 (MQ=255) aCGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGTCTTCGGCGAATACCAGGTCGCTGGGGCTGGCAGGCGCAGTGGTGACCGGGACTTCGAATTGCAGTGCCGAGGAAGCGTTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGGTCAACTGCTCGCCCGGCTGCGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCTcc < 1:994710/235‑1 (MQ=255) | CCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGTCTTCGGCGAATACCAGGTCGCTGGGGCTGGCAGGCGCAGTGGTGACCGGGACTTCGAATTGCAGTGCCGAGGAAGCGTTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGGTCAACTGCTCGCCCGGCTGCGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCTCC > AE015451/939933‑940386 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |