| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 940,159 | A→G | 5.9% | N1821N (AAT→AAC) | PP_0806 ← | putative Surface adhesion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 940,159 | 0 | A | G | 5.9% | 232.2 / 3.8 | 68 | N1821N (AAT→AAC) | PP_0806 | putative Surface adhesion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/29); new base G (2/2); total (37/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.17e-01 | |||||||||||
CCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGTCTTCGGCGAATACCAGGTCGCTGGGGCTGGCAGGCGCAGTGGTGACCGGGACTTCGAATTGCAGTGCCGAGGAAGCGTTGCCGCTTGGGTCGGTCTGCACCAGGGTCAACTGCTCGCCCGGCTGCGCGGCTGGGGCGAGGTCGATCAGGAAGGTGCCGTTGGCTCCCA > AE015451/939933‑940388 | ccGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTc < 1:1064808/235‑1 (MQ=255) gTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGATGACGGTGAAGGTGCCACCGGCACCTACCACCACACTGCCGACCAGTGTGCCGTTGGCATCGTg < 1:862911/235‑1 (MQ=11) ggCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCAc > 2:684934/1‑234 (MQ=255) gcgGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTcc < 1:729893/235‑1 (MQ=255) ggcGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGcc < 2:401549/223‑1 (MQ=255) cggtcggtGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGcc > 1:619396/1‑235 (MQ=255) ggtcggtGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGa > 2:1022107/1‑224 (MQ=255) tcggtGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTc < 1:928241/181‑1 (MQ=255) tcggtGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGt > 2:942930/1‑234 (MQ=255) tcggtGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCTGATGCTGCTGCCGTCt > 1:762088/1‑236 (MQ=255) gCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATg > 2:538054/1‑176 (MQ=255) gTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTc > 2:884887/1‑173 (MQ=255) gTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGTCTGGGCCGGGTCGAGGGTGACGGTGAAGCTACCGTCGGGGCCCGCCACCACAGTGCCAATCAACGTGCCATTGGCGTCATGCACTTCCACACGGGTGCCGGCAGGTGCGGTACCGCt > 2:901726/1‑203 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |