| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 2,564,427 | C→T | 9.1% | Q176* (CAA→TAA) | PP_2248 → | putative transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 2,564,427 | 0 | C | T | 9.1% | 128.4 / 5.0 | 44 | Q176* (CAA→TAA) | PP_2248 | putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/12); new base T (2/2); total (30/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
GAGCATTGCTGGAGCAGCAGTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTATTCTGGGCGGTTCGGCCAAGGGTGAGAAAGCCGCGGTGTGGGGAGGCCTGCTCGGTGGCGCTGCGCTAGGCGGCCTGATGCTGGTGATGAGTGCCGGGCTGCTGTCGCGCCTGGACAGTGTGGCC > AE015451/2564209‑2564636 | gAGCATTGCTGGAGCAGCAGTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGc > 1:1194701/1‑236 (MQ=255) gcagTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGt < 1:480456/235‑1 (MQ=255) gTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCAtt > 2:533730/1‑221 (MQ=255) cGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCt < 1:522273/236‑1 (MQ=255) cATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTg > 1:778840/1‑235 (MQ=255) cATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTg > 1:641323/1‑235 (MQ=255) ggCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGTAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACa > 1:79142/1‑235 (MQ=255) ggCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGTAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACAt > 1:79145/1‑236 (MQ=255) ggCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCAt > 1:1273650/1‑198 (MQ=255) ggtggtggtCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATc > 1:546869/1‑235 (MQ=255) ggTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTg > 1:1031559/1‑228 (MQ=255) ggTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTATTCt > 1:445775/1‑236 (MQ=255) tATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTATTCTgg > 1:734297/1‑236 (MQ=255) tCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTAt < 2:818503/188‑1 (MQ=255) tCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTAt > 1:818508/1‑188 (MQ=255) gCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGTTCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGcc < 2:451473/146‑1 (MQ=255) cTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTATTCTGGGCGGTTCGGc > 1:1236871/1‑236 (MQ=255) cTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTATTCTGGGCGGTTCGGc > 1:94352/1‑236 (MQ=255) gACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGTAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTAt < 2:79144/177‑1 (MQ=255) gACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCAtt > 2:59621/1‑154 (MQ=255) gACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTAt > 1:241460/1‑218 (MQ=255) aaGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACa > 2:367511/1‑128 (MQ=255) aaGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTAt < 2:899575/168‑1 (MQ=255) aaGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTAt > 1:899580/1‑168 (MQ=255) ccgcCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGTTAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGTAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTAt < 2:79141/148‑1 (MQ=255) gATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGctgctg < 2:448595/115‑1 (MQ=255) gATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGctgctg > 1:448600/1‑115 (MQ=255) gATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTg < 1:1073319/119‑1 (MQ=255) gATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTg > 2:1073314/1‑119 (MQ=255) gATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTATTCTGGGCGGTTCGGCCAAGGGTGAGAAAGCCGCGGTGTGGGGAGGCCTGCTCGGTg > 2:531930/1‑227 (MQ=255) ggtggCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGCTCCTGGCTATTCTGGGCgggt > 2:325363/1‑174 (MQ=255) gcgcTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTATTCTGGGCGGTTCGGCCAAGGGTGAGAAAGCCGCGGTGTGGGGAGGCCTGCTCGGTGGCGCTGCGCTAGGCGGCCTGATGCtctgtc > 1:1135961/1‑230 (MQ=255) cACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTATTCTGGGCGGTTCGGCCAAGGGTGCGAATGCCGCGGTGTgggggg > 2:275287/1‑174 (MQ=255) cccGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGGGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTCTTCTGGGCGGTTCGGCCAAGGGCga > 2:256055/1‑154 (MQ=255) aGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTATTCTGGGCGGTTCGGCCAAGGGTGAGAAAGCCGCGGTGTGGGGAGGCCTGCTCGGTGGCGCTGCGCTAGGCGGcc < 1:700618/198‑1 (MQ=255) agagCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTATTCTGGGCGGTTCGGCCAAGGGTGAGAAAGCCGCGGTGTGGGGAGGCCTGCTCGGTGGCGCTGCGCTAggcgg > 1:274884/1‑193 (MQ=255) tgcGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTATTCTGGGCGGTTCGGCCAAGGGTGAGAAAGCCGCGGTGTGGGGAGGCCTGCTCGGTGGCGCTGCGCTAGGCGGCCTGATGCTGGt < 2:1194696/195‑1 (MQ=255) cgcTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTATTCTGGGCGGTTCGGCCAAGGGTGAGAAAGCCGCGGTGTGGGGAGGCCTGCTCGGTGGCGCTGCGCTAGGCGGCCTGATGCTGGTGATGAGTGCCGGGCTGCTGTCGCGCCGGGACAGTGTGGcc > 1:429716/1‑233 (MQ=255) tCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATaa > 2:122791/1‑76 (MQ=255) tCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTATTCTGGGCGGTTCGGCCAAGGGTGAGAAAGCCGCGGTGTGGGGAGGcc > 2:1158359/1‑153 (MQ=255) ggTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTATTCTGGGCGGTTCGGCCAAGGGTGAGAAAGCcgc < 2:641318/132‑1 (MQ=255) ggggccggccAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGt < 1:392362/79‑1 (MQ=255) gccagccaGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTATTCTGGGCGGTTCGGCCAAGGGTGAGAAAGCCGCGGTGTGGGGAGGCCTGCTCGGTGGCGCTGCGCTAGGCGGCCTGATGCTGGTGATGAGTGCCGGGCTGCTGTCGCGCCTggcc > 1:704479/1‑208 (MQ=255) cccagccagCAACGGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTAt < 1:331122/53‑1 (MQ=255) ccagcAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCGTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTATTCTGGGCGGTTCGGCCAAGGGTGAGAAAGCCGCGGTGTGGGGAGGCCTGCTCGGTGGCGCTGCGCTAGGCGGCCTGATGCTGGTGATGAGTTCCGGgctgc < 1:651109/191‑1 (MQ=255) cagcAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTATTCTGGGCGGTTCGGCCAAGGGTGAGAAAGCCGCGGTGTGGGGAGGCCTGCTCGGTGgcgct > 1:964170/1‑150 (MQ=255) cagcAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTATTCTGGGCGGTTCGGCCAAGGGTGAGAAAGCCGCGGTGTGGGGAGGCCTGCTCGGTGgcgct < 2:964165/150‑1 (MQ=255) | GAGCATTGCTGGAGCAGCAGTTCGGCATCCCGGCCTTGACCGGCAGCGTGCTGGTGACGCTGGTGGTGGTCGGTATCGTGTGCCTGGACGTGCGCAAGATGATGCTTGCAATTGGCGCCATCACACCCTTGCTGATCCTGGTGGCTTCGGCGATAGCGCTGTATGCCGTGATCACCCGCGAGCAGAGCTTTGCTGCGCTCGATCAGGTGGCCAGCCAGCAACAGGCCGGCACCCGCCATTGGCTGCTGGGTGCGTTCTTGTATGTGTCGTATAACATCGTCGCGGGTGCGCCGATCCTGGCTATTCTGGGCGGTTCGGCCAAGGGTGAGAAAGCCGCGGTGTGGGGAGGCCTGCTCGGTGGCGCTGCGCTAGGCGGCCTGATGCTGGTGATGAGTGCCGGGCTGCTGTCGCGCCTGGACAGTGTGGCC > AE015451/2564209‑2564636 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |