| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | AE015451 | 4,348,705 | A→G | 56.0% | intergenic (‑70/+404) | PP_3820 ← / ← galU | Group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 4,348,705 | 0 | A | G | 56.0% | ‑4.7 / 180.5 | 132 | intergenic (‑70/+404) | PP_3820/galU | Group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/32); new base G (30/44); total (56/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
CGCTGACGCCGCCGGCACCTTTGCACTGTCAGGCATCACCCTCGGCTTCTGGCCGGGATTCGGGATGACAGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCG > AE015451/4348501‑4348933 | gCTGACGCCGCCGGCACCTTTGCACTGTCAGGCATCACCCTCGGCTTCTGGCCGGGATTCGGGATGACAGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt < 1:1070773/236‑1 (MQ=11) gACGCCGCCGGCACCTTTGCACTGTCAGGCATCACCCTCGGCTTCTGGCCGGGATTCGGGATGACAGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGt < 2:1135021/233‑1 (MQ=11) 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ccTCGGCTTCTGGCCGGGATTCGGGATGACAGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGAcc < 1:1234065/236‑1 (MQ=18) ccTCGGCTTCTGGCCGGGATTCGGGATGACAGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCCCAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTcgcgc > 2:768735/1‑232 (MQ=17) ccTCGGCTTCTGGCCGGGATTCGGGATGACAGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGAcc < 1:924330/236‑1 (MQ=33) 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CGCTGACGCCGCCGGCACCTTTGCACTGTCAGGCATCACCCTCGGCTTCTGGCCGGGATTCGGGATGACAGTTTCCGCTGTGGGAAATTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCTCACCCCGCTGTGCCGCCTCTATCCGCTTCCTGTTCGTCAGGCCAGCATTTTGCCTCGGGCTTCCTTCAGATTCGCGGTCACCCG > AE015451/4348501‑4348933 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |