| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 5,680,585 | T→C | 5.1% | L214P (CTT→CCT) ‡ | rsmE → | 16S rRNA m3U1498 methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 5,680,585 | 0 | T | C | 5.1% | 271.6 / 3.8 | 78 | L214P (CTT→CCT) ‡ | rsmE | 16S rRNA m3U1498 methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/32); new base C (2/2); total (43/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.66e-01 | |||||||||||
GCCTGTGAACAATGCGGGCGTTCTACCTTGCCCGTCATCCACCCACCCGTGACCCTGGCCGAATGGTTGAGCAGCACCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCATCAGGCTGCCAGCGATGACGAACAGGTGCCAGATGCCATGCCAGTGGCGGAAACGGCTGTCGAAGGCGAAGAAAATGATGCCGACGGTGTAGAACACGCCGCCGGCAGCCAGCCAGGCG > AE015451/5680353‑5680818 | gcCTGTGAACAATGCGGGCGTTCTACCTTGCCCGTCATCCACCCGCCCGTGACCCTGGCCGAATGGTTGAGCAGCACCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTg < 1:270374/235‑1 (MQ=255) aaTGCGGGCGTTCTACCTTGCCCGTCATCCACCCGCCCGTGACCCTGGCCGAATGGTTGAGCAGCACCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGtg < 1:380653/236‑1 (MQ=255) aTGCGGGCGTTCTACCTTGCCCGTCATCCACCCACCCGTGACCCTGGCCGAATGGTTGAGCAGCACCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGtg < 1:1110328/235‑1 (MQ=255) gggCGTTCTACCTTGCCCGTCATCCACCCACCCGTGACCCTGGCCGAATGGTTGAGCAGCACCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCGCGGGCCAAGGCGTGCTgcg > 1:61711/1‑236 (MQ=255) ggCGTTCTACCTTGCGCGTCATCCACCCACCCGTGACCCTGGCCGAATGGTTGAGCAGCACCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTgcg < 1:675431/235‑1 (MQ=255) cTTGCCCGTCATCCACCCCCCCGTGACCCTGGCCGAATGGGTGAGCAGCACCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACcg < 1:381348/236‑1 (MQ=255) ttGCCCGTCATCCACCCACCCGTGACCCTGGCCGAATGGTTGAGCAGCACCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGAcc < 1:946523/234‑1 (MQ=255) gTCATCCACCCACCCGTGACCCTGGCCGAATGGTTGAGCAGCACCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCgg > 2:1044753/1‑235 (MQ=255) gTGACCCTGGCCGAATGGTTGAGCAGCACCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGt < 1:1254501/236‑1 (MQ=255) gTGACCCTGGCCGAATGGTTGAGCAGCACCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGt > 1:909296/1‑236 (MQ=255) aCCCTGGCCGAATGGTTGAGCAGCACCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTgg < 1:424987/235‑1 (MQ=255) cGAATGGTTGAGCAGCACCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCga > 1:313687/1‑198 (MQ=255) ggTTGAGCAGCACCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTgg < 1:831054/236‑1 (MQ=255) ggTTGAGCAGCACCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTgg > 1:1205376/1‑236 (MQ=255) gTTGAGCAGCACCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTggg > 1:1123786/1‑236 (MQ=255) gAGCAGCACCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTgcgtggaagc < 2:851656/190‑8 (MQ=255) caCCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACttt > 1:563086/1‑235 (MQ=255) aCCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTa < 1:622708/236‑1 (MQ=255) ccAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGTCTTGGCCCGCGCGTGCTgcgc < 2:1195921/176‑1 (MQ=255) cgaGGCTGACCTGAAGCTCGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAAc < 1:1062065/234‑1 (MQ=255) aGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACGTTTAACt > 1:341798/1‑235 (MQ=255) gCTGCCCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAgc < 1:407727/236‑1 (MQ=255) cTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGtt > 1:107889/1‑209 (MQ=255) cTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTgggg > 2:873064/1‑215 (MQ=255) tGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCAc > 2:1207684/1‑233 (MQ=255) ccTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGGTGTGGGGCGACtt > 2:517630/1‑210 (MQ=255) 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tGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTggg > 2:610074/1‑192 (MQ=255) ggCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCGCGGGCCAAGGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTg > 1:239985/1‑235 (MQ=255) ggCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGt > 2:584351/1‑234 (MQ=255) cTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCAt < 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gTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCATCAGGCTGCCAGCGATGACGAACAGGTGCCAGATGCCATGCCAGTGGCGGAAACGGCTGTCGAAGGCGAAGAAAATGATGc < 1:1020360/236‑1 (MQ=255) gTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCATCAGGCTGCCAGCGATGACGAACAGGTGCCAGATGCCATGCCAGTGGCGGAAACGGCTGTCGAAGGCGAAGAAAATGATGc < 1:1207689/236‑1 (MQ=255) tCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCATCAGGCTGCCAGCGATGACGAACAGGTGCCAGATGCCATGCCAGTGGCGGAAACGGCTGTCGAAGGCGAAGAAAATGATGc > 1:619618/1‑235 (MQ=255) aGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCTGTCGTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCATCAGGCTGCCAGCGATGACGAACAGGTGCCAGATGCCATGCCAGTGGCGGAAACGGCTGTCGAAGGCGAAGAAAATGATGc < 1:965365/232‑1 (MQ=255) ggCCAACGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAgcgc < 2:35676/119‑1 (MQ=255) aaGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACAcc > 1:473541/1‑129 (MQ=255) aaGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACAcc < 2:473536/129‑1 (MQ=255) aGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCATCAGGCTGCCAGCGATGACGAACAGGTGCCAg > 2:873414/1‑173 (MQ=255) ccgccgGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCcgcgc < 2:1036386/35‑1 (MQ=255) ggCTTCCACGCAGCACGCCGTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCATCAGGCTGCCAGCGATGACGAACAGGTGCCAGATGCCATGCCAGTGGCGGAAACGGCTGTCGAAGGCGAAGAAAATGATGCCg < 1:1146063/217‑1 (MQ=255) gCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACCGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCAc > 2:79015/1‑125 (MQ=255) gCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGcc < 2:951451/123‑1 (MQ=255) gCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGcc > 1:951456/1‑123 (MQ=255) gCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCATCAGGCTGCCAGCGATGACGAACAGGTGCCAGATGCCATGCCAGTGGCGGAAACGGCTGTCGAAGGCGAAGAAAATGATGCCGACGGTGTAGAACAcgccgc > 1:1129467/1‑235 (MQ=255) gCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCATCAGGCTGCCAGCGATGACGAACAGGTGCCAGATGCCATGCCAGTGGCGGAAACGGCTGTCGAAGGCGAAGAAAATGATGCCGACGGTGTAGAACACgccgcc > 1:1220741/1‑236 (MQ=255) cTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCATCAGGCTGCCAGCGATGACGAACAGGTGCCAGATGCCATGCCAGTGGCGGAAACGGCTGTCGAAGGCGAAGAAAATGATGc < 1:1177243/213‑1 (MQ=255) cGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCg > 1:1036391/1‑35 (MQ=255) gcagcaCGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCATCAGGCTGCCAGCGATGACGAACAGGTGCCAGATGCCATGCCAGTGGCGGAAACGGCTGTCGAAGGCGAAGAAAATGATGCCGACGGTGTAGAACACGCCGCCGGcagcc < 1:873069/235‑1 (MQ=255) cgcGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACCGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCATCAg > 2:517181/3‑125 (MQ=255) caCGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCATCAGGCTGCCAGCGATGACGAACAg > 2:409826/1‑146 (MQ=255) caCGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCATCAGGCTGCCAGCGATGACGAACAGGTGCCAGATGCCATGCCAGTGGCGGAAACGGCTGTCGAAGGCGAAGAAAATGATGCCg < 1:198446/204‑1 (MQ=255) aCGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCATCAGGCTGCCAGCGATGACGAACAGGTGCCAGATGCCATGCCAGTGGCGGAAACGGCTGTCGAAGGCGAAGAAAATGATGCCGACGGTGTAGAacac > 1:623027/1‑217 (MQ=255) cTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGCAGTGCATCAGGCTGCCAGAGATGACGAACAGGTGCCAGATGCCATGCCAGTGGCGGAAACGGCTGTCGAAGGCGAAGAAAATGATGCCGACGGTGTAGAACACGCCGCCGGCAGCCAGCCAGGCg > 1:713286/1‑235 (MQ=255) cTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCATCAGGCTGCCAGCGATGACGAACAGGTGCCAGATGCCATGCCAGTGGCGGAAACGGCTg > 1:144619/1‑175 (MQ=255) ttGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCATCAGGCTGCCAGCGATGACGAACAGGTGCCAGATGCCATGCCAGTGGCGGAAACGGCTGTCGAAGGCGAAGAAAATGATGCCGa > 2:1278760/1‑199 (MQ=255) ttGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCATCAGGCTGCCAGCGATGACGAACAGGTGCCAGATGCCATGCCAGTGGCGGAAACGGCTGTCGAAGGCGAAGAAAATGATGCCGACGGTGTAGAACACGCCGCCGGCAGCCAGCCAGGCg > 1:787491/1‑234 (MQ=255) ttGGCCCGCGCGGGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGcg > 2:1023961/1‑55 (MQ=255) | GCCTGTGAACAATGCGGGCGTTCTACCTTGCCCGTCATCCACCCACCCGTGACCCTGGCCGAATGGTTGAGCAGCACCAAGGCTGACCTGAAGCTGGTCCTGCACCCGGTGGCTGAGCCGCTTATCAGCCATGAAAAGCCCGCCACCCTGGCCTTCGTGATCGGCCCCGAAGGCGGCCTTAGCGAAGCCGAGGTCGAGCAGGCCAAAGCCGCCGGCTTCCACGCAGCACGCCTTGGCCCGCGCGTGCTGCGCACCGAGACCGCGCCGGTGGTGGCGCT‑‑‑GTCGGTGGCACAGCAGTTGTGGGGCGACTTTTAACTAGCGCACGTAGAGCGACACCGCCACGAAGTGCATCAGGCTGCCAGCGATGACGAACAGGTGCCAGATGCCATGCCAGTGGCGGAAACGGCTGTCGAAGGCGAAGAAAATGATGCCGACGGTGTAGAACACGCCGCCGGCAGCCAGCCAGGCG > AE015451/5680353‑5680818 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |