| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AE015451 | 204,224 | T→C | 8.3% | L3244L (TTG→CTG) | PP_0168 → | putative surface adhesion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451 | 204,224 | 0 | T | C | 8.3% | 363.6 / 4.0 | 114 | L3244L (TTG→CTG) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/55); new base C (4/7); total (51/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CGAGAACGTCAAACCGACCTTCACTGTTCACGTCAACCAGCCGCTGGCTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCTTGCCGATCAATAACCACAGTGCATTGACCTTCACGCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCCAACGGCACCGTGGGCACTGCAACCGTGACTGCCCC > AE015451/203998‑204459 | cGAGAACGTCAAACCGACCTTCACTGTTCACGTCAACCAGCCGCTGGCTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCg < 2:700335/233‑1 (MQ=34) cGTCAAACCGACCTTCACTGTTCACGTCAACCAGCCGCTGGCTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGa < 1:545616/236‑1 (MQ=38) tgcACGTCAACCAGCCGCTGGCTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGtt < 1:289885/200‑1 (MQ=18) tCACGTCAACCAGCCGCTGGCTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGAt > 1:409915/1‑223 (MQ=40) gCCGCTGGCTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGGGCCGCGAAGGTGGATg > 1:233105/1‑212 (MQ=255) cACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGGGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTggggg > 2:405438/1‑182 (MQ=25) cTGGGCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACcg < 1:406939/235‑1 (MQ=255) tGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCt < 1:1138004/236‑1 (MQ=255) cTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGTGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCg > 1:951172/1‑190 (MQ=255) gCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGGGGATGt > 1:401269/1‑181 (MQ=255) 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ggCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTac < 1:1053250/232‑1 (MQ=255) ggCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACAcc > 1:521141/1‑235 (MQ=255) ccGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTCGGCGGTGGACGTAGCTGGTGCCACCTTCGAGAACCTCGAGCTGGGCGGTGCcg > 2:906244/1‑141 (MQ=11) ggTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTg < 1:299295/136‑1 (MQ=37) 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gTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCTTGCCGATCAATAACCACAGTGCATTGACCTTCACGCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGcc < 2:523611/233‑1 (MQ=255) tGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGGAGCTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCTTGCCGATCAATAACCACAGTGCATTGACCTTCACGCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGcc < 1:1038279/232‑1 (MQ=255) aCGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGGGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCTTGCCGATCAATAACCACAGTGCATTGACCTTCACGCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCCAAc > 1:357444/1‑236 (MQ=255) gCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGGAGCTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCtt < 2:1103064/161‑1 (MQ=255) gCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTGGAGCTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTCGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGCGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCtt > 1:1103069/1‑161 (MQ=255) gCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACg > 2:960733/1‑157 (MQ=255) gCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCTTGCCGATCaa < 2:1263955/170‑1 (MQ=255) cACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCtt < 2:1252983/159‑1 (MQ=255) cTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGa < 2:596750/58‑1 (MQ=35) cTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCTTGCCGATCAATAACCACAGTGCATTGACCTTCACGCTGAGCGACGGc < 2:1200941/203‑1 (MQ=255) cTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCTTGCCGATCAATAACCACAGTGCATTGACCTTCACGCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCCa < 1:508013/228‑1 (MQ=255) cTGGTGCGACCGTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCTTGCCg < 2:108345/161‑1 (MQ=255) tGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCt < 2:686322/155‑1 (MQ=255) tGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCt > 1:686327/1‑155 (MQ=255) ggTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCTTGCCGATCAATAACCACAGTGCATTGACCTTCACGCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCCa < 2:1085972/226‑1 (MQ=255) ggTGCGACCTCCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCg < 2:62883/106‑1 (MQ=255) gTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGACGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCAtt < 2:997591/131‑1 (MQ=255) tGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTacac > 2:112578/1‑126 (MQ=255) tGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGCATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCAc 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(MQ=255) ttCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCTTGCCGATCAATAACCACAGTGCATTGACCTTCACGCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTg < 2:1091537/210‑1 (MQ=255) aaCCTCGGGCTGGGCGGGGCCGCGACGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCCACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCTTGCCGATCAATAACCACAGTGCATTGACCTTCACGCTGAGCGACGGc < 2:286938/186‑1 (MQ=255) aCCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCTTGCCGATCAATAACCACAGTGCATTGACCTTCACGCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCCAACGGCACCGTGGGCACTGCAACCg < 2:1108844/234‑1 (MQ=255) cgcGAGGTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCTTGCCGATCAATAACCACAGTGCATTGACCTTCACGCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCCAACGGCACCGTGGGCACTGCAACCg < 2:231039/230‑1 (MQ=255) ggAGCTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGt < 2:847106/93‑1 (MQ=255) cGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCTTGCCGATCAATAACCACAGTGCATTGACCTTCACGCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCCa < 2:519812/206‑1 (MQ=255) cGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCTTGCCGATCAATAACCACAGTGCATTGACCTTCACGCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCCCACGCCCCCGGGGGCAc > 2:346415/1‑222 (MQ=255) ttGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCTTGCCGATCAATAACCACAGTGCATTGACCTTCACGCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCCAACGGCACCGTGGGCACTGCAACCGTGACTGcccc < 1:1101438/236‑1 (MQ=255) | CGAGAACGTCAAACCGACCTTCACTGTTCACGTCAACCAGCCGCTGGCTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAACTCGGCGGTGGACGCCACTGGTGCGACCTTCGAGAACCTCGAGTTGGGCGGTGCCGCGAAGGTGGATGTCACCGACACCACCGACGAAGTGGTGGCCAAGTTGACCGCGACCCCTTCGGTGACCGAAGGCGGTGAGATCACTTACACCATTACCCTGACCAACAAAGACGGCTTGCCGATCAATAACCACAGTGCATTGACCTTCACGCTGAGCGACGGCAAAACCGTCATCACCGTGCCGGCCAACGGCACCGTGGGCACTGCAACCGTGACTGCCCC > AE015451/203998‑204459 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |