| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3060603 = | 176 (1.270) | 150 (1.080) | 112/296 | 0.1 | 46.0% | intergenic (‑71/+96) | ygfI/yggE | putative DNA‑binding transcriptional regulator/oxidative stress defense protein |
| ? | CP009273 | = 3124699 | NA (NA) | intergenic (+146/+1) | insH1/yghQ | IS5 transposase and trans‑activator/putative inner membrane polysaccharide flippase | |||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TCCAGTTAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/3060751‑3060603‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTA < CP009273/3124699‑3124551 TCCAGTTAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATG > 1:1716848/1‑150 CCAGTTAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATG > 2:1590850/1‑149 TTAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGG < 1:856412/150‑1 GAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGC < 1:1233070/150‑1 CTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAAT < 2:1812953/150‑1 TGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAAT > 1:1470476/1‑149 TGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAA < 1:422176/149‑1 GATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCG > 1:2166730/1‑150 GATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGC < 2:2062078/149‑1 ACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAA < 1:1004444/150‑1 AACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTGTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAAT < 1:1161927/150‑1 CGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT < 2:216698/150‑1 GCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTC > 1:2103472/1‑150 TAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTC > 1:822818/1‑150 AAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCG > 2:1296648/1‑150 AAACTCCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGG < 1:570443/150‑1 AAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGG > 1:2024122/1‑150 ACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCT < 2:1312577/150‑1 ACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCT < 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TATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAAT < 1:1304502/121‑1 TAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCA < 1:1860042/149‑1 GCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGT < 1:1603034/150‑1 GCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATG < 2:1562072/149‑1 CCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTT > 1:846729/1‑150 CGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTT > 2:814164/1‑149 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TAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATT > 2:524888/1‑150 TAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCAT < 1:789510/149‑1 AACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAA < 2:2152951/150‑1 CCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGG < 1:1185427/150‑1 CATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGC > 2:878517/1‑150 ACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTT < 1:1685875/149‑1 GTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATC > 2:840665/1‑150 TAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC > 1:2077619/1‑150 AATCACCTATGGACGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGCGCCGAGTTTTTCTCCTGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC > 2:1741391/1‑150 ATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCC < 1:1284536/150‑1 TCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA < 2:2103472/150‑1 TCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC > 1:1331878/1‑148 ACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGT > 1:1457224/1‑150 ACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGT < 1:568988/150‑1 CCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTT > 1:280449/1‑150 CTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTT < 2:2058442/150‑1 CTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTT > 2:564424/1‑150 TATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTT > 1:1642137/1‑150 ATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTT > 1:677104/1‑149 TGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTA < 1:1502343/150‑1 TCCAGTTAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/3060751‑3060603‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTA < CP009273/3124699‑3124551 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |