Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
MC JC | CP009273 | 4,303,167 | Δ450 bp | 100% | coding (1‑450/450 nt) | rpiB → | ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | CP009273 | 4303167 | 4303616 | 450 | 72 [0] | [0] 71 | rpiB | ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 4303166 | 0 (0.000) | 68 (1.010) | 55/270 | NT | 100% | intergenic (‑358/‑1) | alsR/rpiB | d‑allose‑inducible als operon transcriptional repressor; autorepressor; repressor of rpiR/ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
? | CP009273 | 4303617 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑68) | rpiB/yjdP | ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase/putative periplasmic protein |
ATGGTGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAATGAAAAAGATTGCATTTGGCTGTGATCATGTCGGTTTCATTTTAAAACATGAAATAGTGGCACATTTAGTTGAGCGTGGCGTTGAAGTGATTGATAAAGGAACCTGGTCGTCAGAGCGTACTGATTATCCACATTACGCCAGTCAAGT > CP009273/4303017‑4303315 | aTGGTGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGA < 2:1039338‑M1/150‑1 (MQ=255) gTGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACATATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAga < 2:534694‑M1/149‑3 (MQ=255) gtgtCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcat > 1:315382‑M1/1‑143 (MQ=255) cTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccac > 2:280896‑M1/1‑139 (MQ=255) ttAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccacta > 2:43045‑M1/1‑137 (MQ=255) aaCGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactact > 1:39964‑M1/1‑135 (MQ=255) aaCGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactact > 1:169924‑M1/1‑135 (MQ=255) aCGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactactt > 1:866049‑M1/1‑134 (MQ=255) aCGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactact < 1:788537‑M1/149‑16 (MQ=255) cGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttg > 2:73696‑M1/1‑133 (MQ=255) cgcTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggat < 2:406432‑M1/149‑25 (MQ=255) cgcTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggat < 1:1187153‑M1/149‑25 (MQ=255) gcTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggat > 1:145838‑M1/1‑124 (MQ=255) 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cAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtt > 1:1090361‑M1/1‑100 (MQ=255) aGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttcttt < 1:214720‑M1/149‑56 (MQ=255) ggAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttcttttt > 2:286565‑M1/1‑93 (MQ=255) ggAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttcttttt > 1:1172342‑M1/1‑93 (MQ=255) aGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgag < 2:315382‑M1/150‑61 (MQ=255) 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ATGGTGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAATGAAAAAGATTGCATTTGGCTGTGATCATGTCGGTTTCATTTTAAAACATGAAATAGTGGCACATTTAGTTGAGCGTGGCGTTGAAGTGATTGATAAAGGAACCTGGTCGTCAGAGCGTACTGATTATCCACATTACGCCAGTCAAGT > CP009273/4303017‑4303315 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |