New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 454243 = | 50 (0.730) | 13 (0.190) | 13/270 | NT | 21.0% | intergenic (+87/‑101) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
? | CP009273 | 603467 = | NA (NA) | intergenic (+23/‑54) | hokE/insL1 | toxic polypeptide, small/IS186 transposase |
TAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGG > CP009273/603323‑603608 | tAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAgc < 2:1044359/150‑1 (MQ=255) aGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAgcg > 1:522886/1‑150 (MQ=255) aGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATACTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAgcg > 2:245161/1‑150 (MQ=255) gTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAgcgc > 1:1044670/1‑150 (MQ=255) gTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAgcgc > 2:614752/1‑150 (MQ=255) gTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAgcgc < 1:326860/150‑1 (MQ=255) tgtTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAAc < 2:709992/148‑1 (MQ=255) tgtTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACtt < 2:188907/150‑1 (MQ=255) tgtTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACt < 2:770138/149‑1 (MQ=255) gtTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACtt > 1:98999/1‑149 (MQ=255) ggTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtg < 2:24086/150‑1 (MQ=255) ggTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtg > 1:1066122/1‑150 (MQ=255) tGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtgtg < 1:1110744/150‑1 (MQ=255) ggATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt < 2:195373/149‑1 (MQ=255) aCGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc < 2:214237/149‑1 (MQ=255) cTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGa > 1:1007126/1‑149 (MQ=255) ggAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTaa > 2:1122571/1‑150 (MQ=255) gCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGcc < 1:24327/148‑1 (MQ=255) gCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGcc < 2:892167/148‑1 (MQ=255) gCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGcc < 2:467591/148‑1 (MQ=255) gCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGa > 2:126572/1‑150 (MQ=255) tgtgtgAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGAt > 1:816550/1‑149 (MQ=255) gtgtgAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATg > 1:174076/1‑149 (MQ=255) tgtgAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATg < 2:218600/148‑1 (MQ=255) tgAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAAt > 1:670233/1‑149 (MQ=255) aGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTAc < 1:558644/150‑1 (MQ=255) tACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTActct > 2:482771/1‑149 (MQ=255) cGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAc < 2:126433/150‑1 (MQ=255) cGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAc < 1:141479/150‑1 (MQ=255) ggTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAc > 1:702713/1‑149 (MQ=255) gTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGa > 2:470697/1‑150 (MQ=255) gTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTgg > 1:360427/1‑150 (MQ=255) tttAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGCGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGc < 2:634858/150‑1 (MQ=255) aaGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGccc < 2:1066122/149‑1 (MQ=255) aaGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCa > 1:235282/1‑150 (MQ=255) aGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCat < 2:872312/150‑1 (MQ=255) aGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCat < 1:519003/150‑1 (MQ=255) gCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCatat > 1:665293/1‑150 (MQ=255) cTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATAtt < 2:877250/150‑1 (MQ=255) cTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATAtt > 2:89479/1‑150 (MQ=255) tctcGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGt > 1:819468/1‑149 (MQ=255) gCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTaa < 2:1044670/147‑1 (MQ=255) aCCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAAc > 1:920134/1‑150 (MQ=255) ccGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACt > 1:481769/1‑150 (MQ=255) ccGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACt < 2:360427/150‑1 (MQ=255) cGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTg > 2:780814/1‑150 (MQ=255) gaagaaGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTgg < 1:188677/150‑1 (MQ=255) aagaagTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGa > 1:215521/1‑150 (MQ=255) aagTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGTTCAGCATTTCTGGCCCATTTTGGTAAGCCCGAGGAACTGGATAc > 2:897795/1‑150 (MQ=255) aagTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATAc > 2:748797/1‑150 (MQ=255) tAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTc < 1:614752/150‑1 (MQ=255) gCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCg < 2:98999/149‑1 (MQ=255) ttGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACg < 2:235282/150‑1 (MQ=40) gtgCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGt > 2:165800/1‑149 (MQ=38) cGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATg < 2:866739/150‑1 (MQ=37) gAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCgg > 2:631668/1‑150 (MQ=34) gTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCgggg > 1:915633/1‑150 (MQ=32) | TAGTGCTGTGTTTAACGGTGCTGGGATTTACGCTTCTGGTCGGAGACTCGCTGTGTGAGTTTACGGTGAAGGAACGTAATATTGAGTTTAAGGCTGTTCTCGCTTACGAACCGAAGAAGTAGCCGTTGTGCGGGGAGTAATCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGG > CP009273/603323‑603608 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |