| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,001,588 | G→A | 5.9% | V240V (GTG→GTA) | ygeX → | 2,3‑diaminopropionate ammonia lyase, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,001,588 | 0 | G | A | 5.9% | 223.3 / 3.8 | 68 | V240V (GTG→GTA) | ygeX | 2,3‑diaminopropionate ammonia lyase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/28); new base A (2/2); total (38/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.71e-01 | |||||||||||
GCATGGGAAGGTTACACCAAAATCCCAACCTGGATCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACAAAGCTGACTGTATTTATCGCTCCGGCGTCAAAGGCGACATCGTCAACGTTGGCGGTGATATGGCCACCATCATGGCAGGCCT > CP009273/3001439‑3001734 | gCATGGGAAGGTTACACCAAAATCCCAACCTGGATCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGtgtg < 1:1138711/150‑1 (MQ=255) cATGGGAAGGTTACACCAAAATCCCAACCTGGATCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGc > 1:285043/1‑150 (MQ=255) tGGGAAGGTTACACCAAAATCCCAACCTGGATCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTg > 1:630220/1‑150 (MQ=255) gggAAGGTTACACCAAAATCCCAACCTGGATCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTgg > 1:1159361/1‑150 (MQ=255) ggAAGGTTACACCAAAATCCCAACCTGGATCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTggg > 2:1089413/1‑150 (MQ=255) aGGTTACACCAAAATCCCAACCTGGATCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTa < 1:240364/150‑1 (MQ=255) aGGTTACACCAAAATCCCAACCTGGATCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTa < 2:91664/150‑1 (MQ=255) tACACCAAAATCCCAACCTGGATCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTg > 2:526787/1‑150 (MQ=255) tACACCAAAATCCCAACCTGGATCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTg > 1:311525/1‑150 (MQ=255) aaaaTCCCAACCTGGATCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGAc > 1:773103/1‑150 (MQ=255) aTCCCAACCTGGATCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGCTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGGGCTGGGTTATCTGGTCGACgcc > 1:1119070/1‑148 (MQ=255) aCCTGGATCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGc > 2:370079/1‑150 (MQ=255) ccTGGATCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCtata > 2:176153/1‑147 (MQ=255) ccTGGATCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGcc > 1:814572/1‑150 (MQ=255) cTGGATCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAg < 1:176153/147‑1 (MQ=255) cTGGATCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGccc < 1:1119533/150‑1 (MQ=255) cTGGATCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGccc < 2:235217/150‑1 (MQ=255) aTCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCaa < 1:383746/150‑1 (MQ=255) aTCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCa > 1:479797/1‑149 (MQ=255) cATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTACTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCaaaa > 1:806731/1‑150 (MQ=255) aGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGca < 2:918217/150‑1 (MQ=255) gCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGca > 2:515933/1‑148 (MQ=255) aCGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCa > 1:778697/1‑150 (MQ=255) aaCCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCattat > 2:326430/1‑150 (MQ=255) aCCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCattatt < 1:794764/150‑1 (MQ=255) cccTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTAttg < 2:435455/150‑1 (MQ=255) cTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTAttgtt < 1:752674/150‑1 (MQ=255) tGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGAGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTAttgtt > 1:1024819/1‑149 (MQ=255) gCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTAttgttg < 1:678949/148‑1 (MQ=255) gCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGa < 1:453678/149‑1 (MQ=255) aGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAAcc > 1:1111994/1‑150 (MQ=255) aTGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCt > 2:169419/1‑149 (MQ=255) aGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACaa < 1:418084/150‑1 (MQ=255) gCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACaaa < 1:908008/150‑1 (MQ=255) cGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACAAAGc > 1:1106887/1‑150 (MQ=255) gTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTACTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACAAAGCt > 1:174348/1‑150 (MQ=255) aaaTGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACAAAGCTGACTGTa < 1:451142/150‑1 (MQ=255) tGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACAAAGCTGACTGTAtt > 2:295017/1‑149 (MQ=255) gTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACAAAGCTGACTGTATTTATc < 2:475400/150‑1 (MQ=255) tGAAATGGGAGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACAAAGCTGACTGTATTTATCg < 2:1024819/150‑1 (MQ=255) aaTGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACAAAGCTGACTGTATTTATCGCTc > 2:521055/1‑150 (MQ=255) tGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACAAAGCTGACTGTATTTATCGCTCCg > 2:769578/1‑150 (MQ=255) tGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACAAAGCTGACTGTATTTATCGCTCCg < 2:311525/150‑1 (MQ=255) cGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACAAAGCTGACTGTATTTATCGCTCCGGCGt > 2:281385/1‑150 (MQ=255) aaCCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACAAAGCTGACTGTATTTATCGCTCCGGCGTCa > 2:221229/1‑149 (MQ=255) ccccGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTACTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACAAAGCTGACTGTATTTATCGCTCCGGCGTCAAAg < 2:806731/150‑1 (MQ=255) ccGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACAAAGCTGACTGTATTTATCGCTCCGGCGTCAAAGGc < 2:778697/150‑1 (MQ=255) cGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACAAAGCTGACTGTATTTATCGCTCCGGCGTCAAAGGCg < 1:352329/150‑1 (MQ=255) 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gtgtGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACAAAGCTGACTGTATTTATCGCTCCGGCGTCAAAGGCGACATCGTCAACGTTGGCGGTGATATGGCCACCATCATGGCAggc < 2:479797/149‑1 (MQ=255) tgtgCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACAAAGCTGACTGTATTTATCGCTCCGGCGTCAAAGGCGACATCGTCAACGTTGGCGGTGATATGGCCACCATCATGGCAggcct < 2:1127413/150‑1 (MQ=255) | GCATGGGAAGGTTACACCAAAATCCCAACCTGGATCATGCAAGGCTACGCAACCCTGGCAGATGAAGCCGTCGAGCAAATGCGTGAAATGGGCGTAACCCCGACGCACGTTCTGCTGCAAGCCGGTGTCGGAGCAATGGCCGGTGGTGTGCTGGGTTATCTGGTCGACGTCTATAGCCCGCAAAATCTGCACAGCATTATTGTTGAACCTGACAAAGCTGACTGTATTTATCGCTCCGGCGTCAAAGGCGACATCGTCAACGTTGGCGGTGATATGGCCACCATCATGGCAGGCCT > CP009273/3001439‑3001734 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |