Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 684,503:1 | +A | 19.4% | intergenic (‑34/+296) | insH1 ← / ← lnt | IS5 transposase and trans‑activator/apolipoprotein N‑acyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 684,503 | 1 | . | A | 19.4% | 164.9 / 58.6 | 62 | intergenic (‑34/+296) | insH1/lnt | IS5 transposase and trans‑activator/apolipoprotein N‑acyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (23/27); new base A (5/7); total (28/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.68e-01 |
GAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTG > CP009273/684362‑684647 | gAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACa < 1:1338110/150‑1 (MQ=32) aaaaTCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACa < 2:548534/150‑1 (MQ=11) aaaaTCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACAt < 1:311013/150‑1 (MQ=32) aaaTCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACAt > 2:303722/1‑150 (MQ=14) aaTCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGTTGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACAtt > 2:316537/1‑149 (MQ=18) aaTCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACAtt > 2:1152747/1‑149 (MQ=33) tctcTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAg > 2:647774/1‑150 (MQ=35) ttttCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAg < 1:301781/146‑1 (MQ=35) tttCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTgg > 2:1095014/1‑150 (MQ=40) ttCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGttt < 2:989864/148‑1 (MQ=255) tCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGc < 2:1361490/149‑1 (MQ=40) gTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTaaa < 1:983150/149‑1 (MQ=255) cTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATg > 1:525445/1‑149 (MQ=255) cgcTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGata > 2:918806/1‑150 (MQ=255) gcTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGata < 1:942438/150‑1 (MQ=255) aCTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGc < 2:1403979/149‑1 (MQ=255) ctgctgAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCt < 2:245818/149‑1 (MQ=255) ctgctgAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCt < 2:1240259/149‑1 (MQ=255) ctgctgAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTg < 1:1099683/150‑1 (MQ=255) gctgAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtt > 1:547817/1‑150 (MQ=255) ctgAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGt < 1:260423/148‑1 (MQ=255) aaTTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTa < 1:157262/149‑1 (MQ=255) ttCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttg > 1:101743/1‑150 (MQ=255) cACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttgtt > 2:1280581/1‑150 (MQ=255) cACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCCCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttgt > 2:284641/1‑150 (MQ=255) aCTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttgttt < 2:564870/150‑1 (MQ=255) tCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATtgtttgtt < 2:931546/149‑1 (MQ=255) cGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGtttt > 1:949670/1‑150 (MQ=255) gAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGc > 2:900306/1‑149 (MQ=255) aaGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATg > 1:159560/1‑150 (MQ=255) aGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATgcg < 2:796946/150‑1 (MQ=255) aGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATgcg < 2:1300541/150‑1 (MQ=255) aGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATgc < 1:644271/149‑1 (MQ=255) gatgaCTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGcgccg > 2:840789/1‑149 (MQ=255) atgaCTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCa < 1:84344/150‑1 (MQ=255) atgaCTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCa > 1:1778/1‑150 (MQ=255) atgatgAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCAt < 2:691437/148‑1 (MQ=255) tgatgaACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTcc > 2:1452893/1‑150 (MQ=255) tgatgaACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCg < 2:797965/150‑1 (MQ=255) tgaACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAg > 2:621669/1‑150 (MQ=255) ttCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCt > 2:95550/1‑150 (MQ=255) tGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTaaaa > 2:284055/1‑150 (MQ=255) gCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAAt < 2:902241/150‑1 (MQ=255) aCATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGc > 1:336888/1‑150 (MQ=255) aCATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGc < 2:1100453/150‑1 (MQ=255) tGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTAc > 1:1311542/1‑150 (MQ=255) gATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTAcc > 2:479166/1‑150 (MQ=255) aTCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTAc < 1:284641/149‑1 (MQ=255) ctcATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCt > 2:656403/1‑150 (MQ=255) tcATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTg > 1:1376115/1‑150 (MQ=255) atatCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCg < 1:479166/145‑1 (MQ=255) atatCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCt < 1:742134/147‑1 (MQ=255) tCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTa < 1:361237/150‑1 (MQ=255) tCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAATGCTACCGCTGGAtt < 1:781838/149‑1 (MQ=255) aGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTAc > 2:1106951/1‑150 (MQ=255) cTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCGCTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTgtggt < 2:266914/150‑1 (MQ=255) gCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTa < 2:525445/150‑1 (MQ=255) gCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTa < 1:647774/150‑1 (MQ=255) cACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAg < 1:458592/150‑1 (MQ=255) cACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAg > 2:1289762/1‑150 (MQ=255) aCCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAg < 1:568833/150‑1 (MQ=255) aCCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAgg > 2:32413/1‑150 (MQ=255) ccttcctt‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGt > 1:234409/1‑150 (MQ=255) cttccttaAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGt > 1:1061670/1‑150 (MQ=255) cttcctt‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGtt < 2:846977/150‑1 (MQ=255) cctt‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTg < 1:181687/148‑1 (MQ=255) | GAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTG > CP009273/684362‑684647 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |