New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | CP009273 | = 1463497 | NA (NA) | 5 (0.060) | 5/272 | NT | 7.5% | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region |
? | CP009273 | 1747090 = | 62 (0.760) | coding (998/2103 nt) | ydhV | putative oxidoreductase subunit |
TTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACATTTACAGCAGAGGAAA > CP009273/1463356‑1463642 | ttCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAAcccc < 1:94336/148‑1 (MQ=32) ttCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAAccc > 2:1409434/1‑147 (MQ=31) ttCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAAcc < 2:700313/146‑1 (MQ=11) tgtgGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAactta < 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cGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTcc < 1:443792/148‑1 (MQ=255) cGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCg < 2:978573/149‑1 (MQ=255) ttCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGc > 2:537752/1‑150 (MQ=255) ccGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGaa > 1:941849/1‑149 (MQ=255) cTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGtt < 1:250573/150‑1 (MQ=255) aaGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTtaa > 2:423604/1‑150 (MQ=255) aCATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTtaataa < 1:537752/150‑1 (MQ=255) aCATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTtaata > 2:943935/1‑149 (MQ=255) cATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATaaa < 1:928534/150‑1 (MQ=255) cATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATaaa < 1:1343766/150‑1 (MQ=255) 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tttAAGTGATATTGGCTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCg > 2:51806/1‑148 (MQ=255) tAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAgg > 2:639263/1‑150 (MQ=255) tAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAgg > 1:554366/1‑150 (MQ=255) tAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAg < 2:1221465/149‑1 (MQ=255) aGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGtt < 1:283300/150‑1 (MQ=255) 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gagaTTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACa < 1:423604/150‑1 (MQ=255) gaTTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTGCTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACAtt < 2:941849/150‑1 (MQ=255) gaTTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACAtt < 1:173758/150‑1 (MQ=255) aTTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACAtt > 2:855890/1‑149 (MQ=255) aTTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACAtt > 1:850343/1‑149 (MQ=255) ttCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGa > 1:412532/1‑143 (MQ=255) tCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGaa < 2:412532/143‑1 (MQ=255) cAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACATTTAc < 1:12618/149‑1 (MQ=255) aGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACATTTAca < 2:846147/149‑1 (MQ=255) gggggCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTAGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGAGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACATTTAcagc < 2:20924/150‑1 (MQ=255) ggggCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACATTTAcagca < 1:163289/150‑1 (MQ=255) tCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACATTTACAGCAGAGGaaa > 2:275316/1‑149 (MQ=255) | TTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACCCCAGAACTTACTTATGCTGATTCCGGTGCGAAAATTGTTAATAAAGGTACTTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACATTTACAGCAGAGGAAA > CP009273/1463356‑1463642 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |