Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
JC JC | CP009273 | 4,053,617 | IS4 (+) +12 bp | 7.4% | intergenic (+27/‑179) | typA → / → yihL | GTP‑binding protein/putative DNA‑binding transcriptional regulator |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 4053617 = | 219 (2.890) | 15 (0.180) | 15/276 | NT | 5.9% | intergenic (+27/‑190) | typA/yihL | GTP‑binding protein/putative DNA‑binding transcriptional regulator |
? | CP009273 | 4491907 = | NA (NA) | noncoding (1426/1426 nt) | IS4 | repeat region | |||||
* | ? | CP009273 | = 4053628 | 219 (2.890) | 20 (0.240) | 20/276 | NT | 7.7% | intergenic (+38/‑179) | typA/yihL | GTP‑binding protein/putative DNA‑binding transcriptional regulator |
? | CP009273 | = 4493332 | NA (NA) | noncoding (1/1426 nt) | IS4 | repeat region |
CGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCACTCTCGGGAAGGCCCTTTCCCTTCTTGTCGGTAATTTCACAAGTTGTCCCATACTTGCAAGATCGCGCATCAGCT > CP009273/4491762‑4492056 | cGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAAt < 1:80096/149‑1 (MQ=255) ggCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCcag > 1:1403368/1‑150 (MQ=255) aaaaagaaagcaattaacggcgtatgactttgcagataattgtgacaaagctctctattgacgtaaccacagacttataagggagatactcgcattggtgtgcgctcacgacaggcaaaaaaaaacctgccatcgctggcTAATGCcagt > 1:631880‑M2/141‑150 (MQ=255) ccTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCcagt > 1:65839/1‑149 (MQ=255) ccTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCcagt > 2:559528/1‑149 (MQ=255) cGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCcagtcagt < 2:37107/149‑1 (MQ=255) cGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGtt < 2:307083/150‑1 (MQ=255) gggCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGtt > 2:258251/1‑149 (MQ=255) gggCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGtt > 1:1382558/1‑149 (MQ=255) agcaattaacggcgtatgactttgcagataattgtgacaaagctctctattgacgtaaccacagacttataagggagatactcgcattggtgtgcgctcacgacaggcaaaaaaaaacctgccatcgctggcTAATGCCAGTCAGTTAAg < 1:510149‑M2/18‑1 (MQ=255) aTGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGc > 2:1227154/1‑149 (MQ=255) aattaacggcgtatgactttgcagataattgtgacaaagctctctattgacgtaaccacagacttataagggagatactcgcattggtgtgcgctcacgacaggcaaaaaaaaacctgccatcgctggcTAATGCCAGTCAGTTAAGCaa > 2:1074813‑M2/130‑150 (MQ=255) cAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAactg < 2:1440839/150‑1 (MQ=255) 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aaaGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCg > 1:959053/1‑150 (MQ=255) aaaGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCg > 1:94469/1‑150 (MQ=255) tgcagataattgtgacaaagctctctattgacgtaaccacagacttataagggagatactcgcattggtgtgcgctcacgacaggcaaaaaaaaacctgccatcgctggcTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTc < 1:29109‑M2/38‑1 (MQ=255) aaGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCgg < 1:1159802/150‑1 (MQ=255) aGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCggg > 2:1224757/1‑150 (MQ=255) ttGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCt < 2:1403368/150‑1 (MQ=255) tgtgGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCtg > 2:1090201/1‑150 (MQ=255) tgtgGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCtg > 2:1387557/1‑150 (MQ=255) tgGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCtgt < 2:1339945/149‑1 (MQ=255) tgGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCtgt < 2:618082/149‑1 (MQ=255) gCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTggg > 2:524983/1‑150 (MQ=255) gCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTgg < 1:803085/149‑1 (MQ=255) cGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTgggg < 2:780205/150‑1 (MQ=255) tgacaaagctctctattgacgtaaccacagacttataagggagatactcgcattggtgtgcgctcacgacaggcaaaaaaaaacctgccatcgctggcTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTa > 1:1060692‑M2/99‑150 (MQ=255) gTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTc > 1:1175276/1‑148 (MQ=255) 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tAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCACTCTCGGGAAGGCCCTTTCCCTTCTTGTCGGTAAt > 2:1379202/1‑150 (MQ=255) aaCAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCACTCTCGGGAAGGCCCTTTCCCTTCTTGTCGGTAAtt > 1:584989/1‑150 (MQ=255) cAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCACTCTCGGGAAGGCCCTTTCCCTTCTTGTCGGTAATTTc < 1:393115/150‑1 (MQ=255) ttGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCACTCTCGGGAAGGCCCTTTCCCTTCTTGTCGGTAATTTcaca < 2:1382558/150‑1 (MQ=255) ttGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCACTCTCGGGAAGGCCCTTTCCCTTCTTGTCGGTAATTTcac > 2:66964/1‑149 (MQ=255) 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tCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCACTCTCGGGAAGGCCCTTTCCCTTCTTGTCGGCAATTTCACAAGTTGTCCCATACTTGCAAGATCGCGGAt > 2:396635/1‑149 (MQ=255) tAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCACTCTCGGGAAGGCCCTTTCCCTTCTTGTCGGTAATTTCACAAGTTGTCCCATACTTGCAAGATCGCGCATCAg < 1:1379202/148‑1 (MQ=255) tAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCACTCTCGGGAAGGCCCTTTCCCTTCTTGTCGGTAATTTCACAAGTTGTCCCATACTTGCAAGATCGCGCATCAGCt < 1:1224757/150‑1 (MQ=255) | CGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCACTCTCGGGAAGGCCCTTTCCCTTCTTGTCGGTAATTTCACAAGTTGTCCCATACTTGCAAGATCGCGCATCAGCT > CP009273/4491762‑4492056 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |