| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,230,349 | T→C | 19.5% | intergenic (‑176/‑45) | nhaB ← / → fadR | sodium:proton antiporter/fatty acid metabolism regulon transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,230,349 | 0 | T | C | 19.5% | 158.2 / 35.9 | 72 | intergenic (‑176/‑45) | nhaB/fadR | sodium:proton antiporter/fatty acid metabolism regulon transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/26); new base C (5/9); total (37/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.47e-01 | |||||||||||
TCAATGATGTTTTTATGTTTAAACGCAAAGCTTAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAAC > CP009273/1230200‑1230496 | tCAATGATGTTTTTATGTTTAAACGCAAAGCTTAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGt < 1:950767/150‑1 (MQ=255) atgatgTTTTTATGTTTAAACGCAAAGCTTAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTatg < 2:88638/150‑1 (MQ=255) atgatgTTTTTATGTTTAAACGCAAAGCTTAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTat > 1:996632/1‑149 (MQ=255) tGTTTAAACGCAAAGCTTAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACt < 2:214779/150‑1 (MQ=255) tAAACGCAAAGCTTAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTg < 2:590735/149‑1 (MQ=255) cGCAAAGCTTAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTg > 2:875064/1‑150 (MQ=255) cAAAGCTTAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCt < 2:270179/150‑1 (MQ=255) ttAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTa > 2:903583/1‑150 (MQ=255) cGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGCATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGa < 1:1130494/150‑1 (MQ=255) ggTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGaa < 1:879356/150‑1 (MQ=255) ggTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGa > 1:558399/1‑149 (MQ=255) ggTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGCATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGa > 2:1422802/1‑149 (MQ=255) ggcaggAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGCATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAAtctc < 2:453048/150‑1 (MQ=255) gAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTAt > 2:1250779/1‑150 (MQ=255) gAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTAt > 1:1416230/1‑150 (MQ=255) tGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGt > 1:188566/1‑150 (MQ=255) tGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGt < 1:415080/150‑1 (MQ=255) tGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGt < 2:226857/150‑1 (MQ=255) aGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCa > 1:408634/1‑150 (MQ=255) aaGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCAtt > 1:1153571/1‑148 (MQ=255) gTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGCATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAgg < 2:349560/150‑1 (MQ=255) tCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGgc < 1:647502/150‑1 (MQ=255) tCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGgc < 2:1370893/150‑1 (MQ=255) ttGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGCATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGgcg > 2:678199/1‑149 (MQ=255) gATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCC‑TTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGCATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGgcgc < 1:1338863/147‑1 (MQ=255) aTAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCaaa < 1:1179441/150‑1 (MQ=255) gTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGcc > 2:32763/1‑150 (MQ=255) tCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGCATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGccc > 1:769523/1‑150 (MQ=255) aaGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCcgg > 1:598794/1‑150 (MQ=255) gAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGt > 1:763405/1‑150 (MQ=255) aaaGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGtt < 2:1277450/150‑1 (MQ=255) aaaGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGCATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGtt > 1:987594/1‑150 (MQ=255) agagATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTc < 1:1283880/150‑1 (MQ=255) agagATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTc > 2:722152/1‑150 (MQ=255) gaTGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGCATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTcgcg < 1:463315/150‑1 (MQ=255) aTGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACa > 1:424517/1‑150 (MQ=255) tGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACat > 2:918748/1‑150 (MQ=255) tGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGCATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACat < 2:1181571/150‑1 (MQ=255) aGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACattat > 1:1376091/1‑150 (MQ=255) aGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACattat > 1:212627/1‑150 (MQ=255) gCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACattatt > 1:942429/1‑150 (MQ=255) ccTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTg < 2:1153571/150‑1 (MQ=255) cTTGATCCC‑TTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGa > 1:168299/1‑149 (MQ=255) tGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGa > 2:1017458/1‑148 (MQ=255) aTCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAg > 2:1248162/1‑149 (MQ=255) aTCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAg < 1:543502/149‑1 (MQ=255) tCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTa < 1:875064/150‑1 (MQ=255) ccTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATc > 1:1062534/1‑150 (MQ=255) ccTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATc < 1:642003/150‑1 (MQ=255) tcttTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAAc > 2:1110562/1‑150 (MQ=255) cttTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGCATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATa < 1:290784/147‑1 (MQ=255) tttGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAAcc < 2:1416230/147‑1 (MQ=255) tttGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGc < 1:903583/149‑1 (MQ=255) ttGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCt < 1:313796/149‑1 (MQ=255) tGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCtt < 1:32763/149‑1 (MQ=255) tGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTtc > 1:1138792/1‑150 (MQ=255) tGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGCATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCtt < 2:1120102/149‑1 (MQ=255) gTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTtcc > 2:512739/1‑150 (MQ=255) gTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTtc < 2:304980/149‑1 (MQ=255) tCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTtcc < 2:558399/149‑1 (MQ=255) cTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTtccctccc > 1:548208/1‑150 (MQ=255) aTCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCgg > 2:789286/1‑150 (MQ=255) gCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGAc > 1:966869/1‑149 (MQ=255) gCGTAGTTAGCCCTCTGGCATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACt < 2:769523/150‑1 (MQ=255) gTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTAt < 2:996632/150‑1 (MQ=255) aGTTAGCCCTCTGGCATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAAACGCTTTCCTCCCCGGACTtttt > 2:929184/1‑150 (MQ=255) gTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTAttt < 2:424517/149‑1 (MQ=255) aGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGcc > 2:1405677/1‑150 (MQ=255) gCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGccc > 1:253026/1‑150 (MQ=255) ctctGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCg > 2:1383439/1‑148 (MQ=255) tGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGaa > 1:863595/1‑150 (MQ=255) gTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAAc < 2:582516/149‑1 (MQ=255) gTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAAc < 2:1062258/149‑1 (MQ=255) | TCAATGATGTTTTTATGTTTAAACGCAAAGCTTAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAAC > CP009273/1230200‑1230496 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |