Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
JC JC | CP009273 | 982,570 | IS5 (–) +4 bp | 52.0% | intergenic (‑132/+468) | ompF ← / ← asnS | outer membrane porin 1a (Ia;b;F)/asparaginyl tRNA synthetase |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 683307 = | NA (NA) | 26 (0.450) | 24/276 | NT | 51.3% | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region |
? | CP009273 | = 982573 | 24 (0.430) | intergenic (‑135/+468) | ompF/asnS | outer membrane porin 1a (Ia;b;F)/asparaginyl tRNA synthetase | |||||
* | ? | CP009273 | = 684501 | NA (NA) | 26 (0.450) | 25/276 | NT | 51.3% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
? | CP009273 | 982570 = | 24 (0.430) | intergenic (‑132/+471) | ompF/asnS | outer membrane porin 1a (Ia;b;F)/asparaginyl tRNA synthetase |
TCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTAC > CP009273/684374‑684650 | tCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGc > 2:96044/1‑150 (MQ=255) cTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGTTGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCCCCCGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATg > 2:900215/1‑149 (MQ=255) tGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATg > 2:343522/1‑149 (MQ=255) ggCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAg < 2:622907/150‑1 (MQ=255) cgcTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGat < 1:934322/150‑1 (MQ=255) cgcTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGat < 2:157646/150‑1 (MQ=255) cTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGatat < 1:893112/150‑1 (MQ=255) ctgctgAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTg > 1:437584/1‑150 (MQ=255) tgctgAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAATTGTAAAGATATTGCTg > 1:360299/1‑150 (MQ=255) ctgAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTg < 2:972687/148‑1 (MQ=255) aTTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAt < 1:290709/150‑1 (MQ=255) aCTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttgttt < 2:265062/150‑1 (MQ=255) gTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATtgtttgtt > 1:427306/1‑150 (MQ=255) tCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATtgtttgtt < 2:383131/149‑1 (MQ=255) gCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGttttt > 2:528784/1‑150 (MQ=255) gAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGc > 2:661598/1‑150 (MQ=255) ggTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGc > 2:253019/1‑146 (MQ=255) gTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGAt < 1:900215/150‑1 (MQ=255) gTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGAt > 2:867927/1‑150 (MQ=255) gTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGAt < 1:571781/150‑1 (MQ=255) atgaCTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGcgccg > 2:750905/1‑149 (MQ=255) tgaCTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCa < 1:688481/150‑1 (MQ=255) aCTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCAcc < 2:539487/150‑1 (MQ=255) cTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCa < 2:819646/150‑1 (MQ=255) cATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCAtt > 1:352854/1‑150 (MQ=255) cATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCAtt > 1:555852/1‑150 (MQ=255) tgaACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGaa < 1:638756/150‑1 (MQ=255) tgaACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAg < 2:575813/150‑1 (MQ=255) aaCCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGc < 1:96044/150‑1 (MQ=255) aCCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGc > 1:624476/1‑149 (MQ=255) cccTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCaa > 2:168567/1‑149 (MQ=255) tGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAAt > 1:257237/1‑150 (MQ=255) tGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCtt < 1:853839/147‑1 (MQ=255) tGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTaa > 2:18264/1‑149 (MQ=255) aTGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCtt > 1:77470/1‑150 (MQ=255) gACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCttt > 2:405330/1‑150 (MQ=255) aCAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCttt > 2:794332/1‑149 (MQ=255) aCATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTg < 1:522398/150‑1 (MQ=255) tGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTa < 2:555852/150‑1 (MQ=255) tctcATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCg > 2:964277/1‑150 (MQ=255) atCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGAt > 2:473523/1‑150 (MQ=255) aGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTa < 2:917328/149‑1 (MQ=255) aCTTGTTCGCACCTTCCTTAAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACtgtg < 2:302097/150‑1 (MQ=255) cGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAAc > 1:225556/1‑149 (MQ=255) cctt‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTG‑TTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTAc > 2:821556/1‑150 (MQ=255) | TCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT‑AGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTGTTTGTTTTTGCGAGATGCGCCGCACCATTCCGAAGCAAAATTCTTAAAATGCACTCTTTTAGTGCTACCGCTGGATTACTGTGGTGCAACTAGGTTGTAC > CP009273/684374‑684650 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |