Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,582,841 | G→T | 7.4% | M456I (ATG→ATT) | tsr → | methyl‑accepting chemotaxis protein I, serine sensor receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,582,841 | 0 | G | T | 7.4% | 186.2 / 6.6 | 54 | M456I (ATG→ATT) | tsr | methyl‑accepting chemotaxis protein I, serine sensor receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/23); new base T (2/2); total (29/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01 |
CCCAGCGCAGCGCCCAGGCGGCTCGTGAAATTAAAAGCCTGATTGAAGACTCGGTGGGGAAAGTGGATGTTGGCTCTACGCTGGTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCAGGTTGGCTTAGCGGTTGCTGAGATGGACCGGGTAACTCAACAGAACGCCGCGCTGGTGGAAGAGTCTGCCGCTGCCGCCGCCGCGCTGGAAGAGCAGGCCA > CP009273/4582693‑4582989 | cccAGCGCAGCGCCCAGGCGGCTCGTGAAATTAAAAGCCTGATTGAAGACTCGGTGGGGAAAGTGGATGTTGGCTCTACGCTGGTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATgg > 1:819016/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCAGCGCCCAGGCGGCTCGTGAAATTAAAAGCCTGATTGAAGACTCGGTGGGGAAAGTGGATGTTGGCTCTACGCTGGTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATggg > 2:344114/1‑150 (MQ=255) cagcgcagcgCCCAGGCGGCTCGTGAAATTAAAAGCCTGATTGAAGACTCGGTGGGGAAAGTGGATGTTGGCTCTACGCTGGTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGc < 1:64092/150‑1 (MQ=255) agcgcagcgcCCAGGCGGCTCGTGAAATTAAAAGCCTGATTGAAGACTCGGTGGGGAAAGTGGATGTTGGCTCTACGCTGGTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGc > 1:594264/1‑149 (MQ=255) gcagcgcCCAGGCGGCTCGTGAAATTAAAAGCCTGATTGAAGACTCGGTGGGGAAAGTGGATGTTGGCTCTACGCTGGTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGaaa > 1:25679/1‑150 (MQ=255) agcgcCCAGGCGGCTCGTGAAATTAAAAGCCTGATTGAAGCCTCGGTGGGGAAAGTGGATGTTGGCTATACGCCGGTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGAGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAAtt < 1:72933/150‑1 (MQ=255) gcgcCCAGGCGGCTCGTGAAATTAAAAGCCTGATTGAAGACTCGGTGGGGAAAGTGGATGTTGGCTCTACGCTGGTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATtg < 2:697896/150‑1 (MQ=255) gcgcCCAGGCGGCTCGTGAAATTAAAAGCCTGATTGAAGACTCGGTGGGGAAAGTGGATGTTGGCTCTACGCTGGTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATtg < 1:351406/150‑1 (MQ=255) 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aGACTCGGTGGGGAAAGGGGATGTTGGCTCTACGCTGGTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGCGGTATCGAt > 2:525688/1‑148 (MQ=255) ggTGGGGAAAGTGGATGTTGGCTCTACGCTGGTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCAGGTTgg > 1:845152/1‑150 (MQ=255) aGTGGATGTAGGAAAAACGCTGGAAGAAAGCGACGGGGAAACAATGGCGGAGAATGAAAGCGAAGAGAAAAGAGAGAAGGACATTATGGGCGAAAATGATAAAGAAACTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCAGGTTGGCTTAGCGGt < 1:847011/150‑1 (MQ=255) tGGATGTTGGCTCTACGCTGGTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCAGGTTGGCTTAGCGGTTg < 1:545374/150‑1 (MQ=255) gATGTTGGCTCTACGCTGGTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCAGGTTGGCTTAGCGGTTGc < 2:208036/149‑1 (MQ=255) cGCTGGTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCAGGTTGGCTTAGCGGTTGCTGAGATGGAcc < 1:880710/147‑1 (MQ=255) cGCTGGTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCAGGTTGGCTTAGCGGTTGCTGAGATGGACCg < 1:175553/148‑1 (MQ=255) cTGGTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCAGGTTGGCTTAGCGGTTGCTGAGATGGACCGGGt > 2:61386/1‑149 (MQ=255) ggTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCAGGTTGGCTTAGCGGTTGCTGAGATGGACCGGGTAAc > 1:422979/1‑150 (MQ=255) gTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCAGGTTGGCTTAGCGGTTGCTGAGATGGACCGGGTAACt > 1:150380/1‑150 (MQ=255) 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gaTTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCAGGTTGGCTTAGCGGTTGCTGAGATGGACCGGGTAACTCAACAGAACGCCGCGCTGGTGGAAGAGTc > 1:833592/1‑150 (MQ=255) aTTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCAGGTTGGCTTAGCGGTTGCTGAGATGGACCGGGTAACTCAACAGAACGCCGCGCTGGTGGAAGAGTct > 2:278152/1‑150 (MQ=255) tCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCAGGTTGGCTTAGCGGTTGCTGAGATGGACCGGGTAACTCAACAGAACGCCGCGCTGGTGGAAGAGTctgcc < 1:239590/149‑1 (MQ=255) aGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCAGGTTGGCTTAGCGGTTGCTGAGATGGACCGGGTAACTCAACAGAACGCCGCGCTGGTGGAAGAGTctgccgct > 1:850792/1‑150 (MQ=255) ccGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCAGGTTGGCTTAGCGGTTGCTGAGATGGACCGGGTAACTCAACAGAACGCCGCGCTGGTGGAAGAGTctgccgctgccg < 2:40192/150‑1 (MQ=255) 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cGGACATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCAGGTTGGCTTAGCGGTTGCTGAGATGGACCGGGTAACTCAACAGAACGCCGCGCTGGTGGAAGAGTCTGCCGCTGCCGCCGCCGCGCTGGAag < 2:150380/150‑1 (MQ=255) ggATATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGCATCGATCAGGTTGGCTTAGCGGTTGCTGAGATGGACCGGGTAACTCAACAGAACGCCGCGCTGGTGGAAGAGTCTGCCGCTGCCGCCGCTGCGCTGGaa > 2:599182/1‑148 (MQ=255) tGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCATGTTGGCTTAGCGGTTGCTGAGATGGACCGGGTAACTCAACAGAACGCCGCGCTGGTGGAAGAGTCTGCCGCTGCCGCCGCCGCGCTGGAAGAGCAGGCCa < 1:278152/150‑1 (MQ=255) | CCCAGCGCAGCGCCCAGGCGGCTCGTGAAATTAAAAGCCTGATTGAAGACTCGGTGGGGAAAGTGGATGTTGGCTCTACGCTGGTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCAGGTTGGCTTAGCGGTTGCTGAGATGGACCGGGTAACTCAACAGAACGCCGCGCTGGTGGAAGAGTCTGCCGCTGCCGCCGCCGCGCTGGAAGAGCAGGCCA > CP009273/4582693‑4582989 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |