New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 3060603 = | 64 (1.040) | 314 (5.080) | 180/276 | NT | 83.1% | intergenic (‑71/+96) | ygfI/yggE | putative DNA‑binding transcriptional regulator/oxidative stress defense protein |
? | CP009273 | = 3124699 | NA (NA) | intergenic (+146/+1) | insH1/yghQ | IS5 transposase and trans‑activator/putative inner membrane polysaccharide flippase |
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
CCAGTTAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/3060750‑3060603 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTA < CP009273/3124699‑3124551 CCAGTTAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATG > 2:44936/1‑149 CCAGTTAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATG > 1:270816/1‑149 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2:185582/1‑150 TAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTC > 1:826002/1‑150 AACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGC > 1:488881/1‑150 CACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCT > 1:166976/1‑149 CAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAG > 1:888886/1‑150 CACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCA > 1:476342/1‑150 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1:458073/150‑1 ACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTA > 2:637982/1‑150 CGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTAT < 2:551515/150‑1 GTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTT < 2:411804/86‑1 TAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC > 1:1233/1‑150 CCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTT < 2:171018/150‑1 CCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAACCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTT > 1:353655/1‑150 ATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTT > 2:330908/1‑149 ATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTT > 2:472699/1‑149 TGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTT > 1:293259/1‑148 CCAGTTAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/3060750‑3060603 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTA < CP009273/3124699‑3124551 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |