| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,484,919 | C→G | 100% | pseudogene (52/750 nt) | gapC ← | pseudogene, GAP dehydrogenase; glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase (second fragment) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,484,919 | 0 | C | G | 100.0% | 442.2 / NA | 120 | pseudogene (52/750 nt) | gapC | pseudogene, GAP dehydrogenase; glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase (second fragment) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (65/55); total (65/55) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
ATAAGTGAATCTTCCGTAAAATCAACGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTATGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACCCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAACCGTTAATACCAACTTTACTCATGGTTTTCTCCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAA > CP009273/1484774‑1485065 | aTAAGTGAATCTTCCGTAAAATCAACGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCaa > 2:475375/1‑149 (MQ=255)aTAAGTGAATCTTCCGTAAAATCAACGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGCAGGTGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCaa > 2:746248/1‑149 (MQ=255) tAAGTGAATCTTCCGTAAAATCAACGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAaca > 2:666549/1‑150 (MQ=255) aGTGAATCTTCCGTAAAATCAACGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAacac < 2:798617/149‑1 (MQ=255) gTGAATCTTCCGTAAAATCAACGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGATAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCa < 2:888149/150‑1 (MQ=255) aaTCTTCCGTAAAATCAACGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCa > 2:942373/1‑147 (MQ=255) aaTCTTCCGTAAAATCAACGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGta < 1:174952/150‑2 (MQ=255) aaTCTTCCGTAAAATCAACGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTc < 2:602549/150‑1 (MQ=255) aTCTTCCGTAAAATCAACGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAg < 1:942373/147‑1 (MQ=255) ttCCGTAAAATCAACGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGAcc > 1:870878/1‑150 (MQ=255) ttCCGTAAAATCAACGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGAcc > 2:361157/1‑150 (MQ=255) ccGTAAAATCAACGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCGACACCAGTCGACCGa > 1:563774/1‑150 (MQ=255) ccGTAAAATCAACGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGAcc < 2:782691/148‑1 (MQ=255) ccGTAAAATCAACGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGAcc < 2:498409/148‑1 (MQ=255) 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aTCAACGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGAc > 1:735693/1‑149 (MQ=255) cAACGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCa > 2:1002775/1‑149 (MQ=255) cAACGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCa > 2:119196/1‑149 (MQ=255) cGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAAc < 2:469821/150‑1 (MQ=255) cGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAAc > 2:538964/1‑150 (MQ=255) gCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGTATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAAcc > 1:672189/1‑150 (MQ=255) gCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAAcc < 2:1009409/150‑1 (MQ=255) cTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAACCg < 1:686326/150‑1 (MQ=255) ccAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAACCGt > 1:497143/1‑149 (MQ=255) cAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAACCGTTa < 1:644802/150‑1 (MQ=255) tGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAACCGTTAATACCAAc < 2:722358/150‑1 (MQ=255) gTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAACCGTTAATACCAACtt > 1:518246/1‑150 (MQ=255) gTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAACCGTTAATACCAACtt > 2:745991/1‑150 (MQ=255) tCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAACCGTTAATACCAACttt < 1:398606/150‑1 (MQ=255) cGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAACCGTTAATACCAACTTTAc < 1:620900/150‑1 (MQ=255) cGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAACCGTTAATACCAACTTTAc > 2:869113/1‑150 (MQ=255) gTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAACCGTTAATACCAACTTTACt > 1:466752/1‑150 (MQ=255) gTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAACCGTTAATACCAACTTTACt > 1:18186/1‑150 (MQ=255) tAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAACCGTTAATACCAACTTTACTc < 2:829572/150‑1 (MQ=255) aGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTTTGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAACCGTTAATACCAACTTTACTCa > 1:456177/1‑150 (MQ=255) 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gACGCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAACCGTTAATACCAACTTTACTCATGGTTTTCTCCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGaaa < 1:653802/150‑1 (MQ=255) | ATAAGTGAATCTTCCGTAAAATCAACGCTCCAGGGGAATGGTCCGTAGTTTGAATCATGTTTCAGCAGGTAGGCGAGAATTTATGGGGAAGTGAGATCATTAATAGCGACAACGTCTATGTTGCTTTTGACTTCAAGTAATCGACCCAACACCAGTCGACCGATACGACCAAAACCGTTAATACCAACTTTACTCATGGTTTTCTCCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAA > CP009273/1484774‑1485065 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |