New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 15387 = | NA (NA) | 7 (0.110) | 7/268 | NT | 28.0% | noncoding (1/1345 nt) | IS186 | repeat region |
? | CP009273 | = 454251 | 18 (0.290) | intergenic (+95/‑93) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
CGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATGGTGTGAAGAAGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGC > CP009273/15240‑15533 | cgcgCTCAAAGAGCTTCTTTGATGGTGTGAAGAAGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGCAAAGTGGCGGGGATCACTcc < 1:809303/150‑1 (MQ=255) cgcTCAAAGAGCTTCTTTGATGGTGTGAAGAAGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCa < 2:956827/150‑1 (MQ=255) gcTCAAAGAGCTTCTTTGATGGTGTGAAGAAGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCa > 1:453915/1‑149 (MQ=255) agCTTCTTTGATGGTGTGAAGAAGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTa < 2:815515/150‑1 (MQ=255) cttcttTGATGGTGTGAAGAAGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAAc < 1:224454/150‑1 (MQ=255) cttTGATGGTGTGAAGAAGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACt < 1:136232/148‑1 (MQ=255) tGATGGTGTGAAGAAGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACCCCCCTAAG‑CGCTAACTTaaag > 1:250392/1‑148 (MQ=255) tgtgAAGAAGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTtgtg < 2:762701/150‑1 (MQ=255) aagaagTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTa < 1:532522/149‑1 (MQ=255) agaagTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACCCCCCATAG‑AGGTAAATTAAAGGGTGTggggtt > 2:546469/1‑146 (MQ=255) aagTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAc < 1:1091763/150‑1 (MQ=255) ttttttGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGcc < 1:22728/150‑1 (MQ=255) gacgacCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTTACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGata < 2:727454/149‑1 (MQ=255) gacCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCCTAAG‑AGCTAACTTAAGGGGTGGGGGGTTTCGCCCGGTTTGAt > 1:693393/1‑150 (MQ=255) acCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTAACTCCCCTAAA‑AGCTGAATTAAAGGGTGGGGGATTAAGGCTGGTATGaat > 2:233326/1‑148 (MQ=255) acCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGAtt < 1:747082/150‑1 (MQ=255) ccTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGAttt < 1:752995/150‑1 (MQ=255) ccTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGAttt < 1:66125/150‑1 (MQ=255) cTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGGCACCCCCCTAAA‑CGCTAACTTAAAGGGTGTGGGGTTACGCCTGATATGAttt > 1:697894/1‑149 (MQ=255) cccGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGt < 1:1088945/150‑1 (MQ=255) cTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCg < 1:539249/150‑1 (MQ=255) aCCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGAt < 2:447784/149‑1 (MQ=255) cTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCCTAAA‑CGCTCACTTAAAGGGTGTGGGGTTAAGCCTGATATGATTTTAAGTGCCGATGa > 1:627272/1‑149 (MQ=255) cccAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTa < 2:1006744/150‑1 (MQ=255) aaaaGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCTAAA‑AGCTAACTTTAGGGGTGTGGGATTACGCCTGGTATGATTTTAAGTGCCGATGAAATActc > 1:84034/1‑150 (MQ=255) gCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCCATCCCCCAAG‑AGCTAACATTAGCGGTGTGGGATTTTGCCTGCTGTTATTTTAAATGCCCATGAATTACtctctc > 2:813329/1‑148 (MQ=255) gCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCAc < 2:666265/150‑1 (MQ=255) cccGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATa < 2:1049468/149‑1 (MQ=255) ccGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAAc < 2:325658/150‑1 (MQ=255) cGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACTCCCCTAAA‑CGCTAACTTAAGGGGTGTGGGATTAAGCCTGATATGATTTTACGTGCCGATGAATTAATCTCACGATaaat > 1:452308/1‑148 (MQ=255) cGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACt < 2:839210/150‑1 (MQ=255) gTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCCTAAA‑CGCTAACTTAAAGGGTGTGGGATTTCGCCTGATATGATTTTACGTGCCGATGAATTACTCTCACCATAAATg > 1:1070210/1‑150 (MQ=25) tGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGAGGCGGGGGTGACTCCCTTAAGTTGCTAA‑TTAAAAGACGCGGTATTACTCCTGAAATTTTTTAAAATGCGCAGGAAATACTCTTACGATTAcatg > 1:382651/1‑147 (MQ=255) gCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCa < 2:528129/150‑1 (MQ=255) ggTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTg < 2:453915/150‑1 (MQ=255) aaaaTAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGccc < 1:340110/150‑1 (MQ=255) aaaaTAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCAATCCCCTAAA‑CGCTAACTTAAGGGGTGTGGTGTTACGCCTGGTATTATTTTAAATGGCGATGAAATACTCTCACAATAAATGGGCAGCAATTTTTGccc > 2:103707/1‑150 (MQ=255) aaaTAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCCAACTTAAGGGGTGTGGGATTACGCCCGATATGATTTAACGTGCCGATGAAATACTCTCACGATAAATGGTCAGCAATTCTTGcccc > 1:581989/1‑149 (MQ=21) aGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCgaa < 1:673634/150‑1 (MQ=255) tGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGTCACCCCCCTAAA‑CGCTAACTTAAAGGGTGTGGGATTAAGCCTGATATGATTTAAAATGCCGATGAATTACTCTCACGATAAATGGGCAGCAAATTTTGCCCCTATTTGTAAACCCgaagaaat > 1:325965/1‑148 (MQ=17) tGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGGAATCGCCCATAAG‑CGCGTACACAAGGGTTGTGGGGTTTAGGCTGCATTGATATTACCTGGCGACCGAGTAATCTCACCATAAATGGATCGCACTTCTGGCGCATATTTGTAAACGCGCAGAAc > 2:167515/1‑149 (MQ=255) aGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGAt < 1:965719/150‑1 (MQ=255) gCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATa < 1:871438/150‑1 (MQ=255) aCCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACt < 2:250392/150‑1 (MQ=255) aCCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACt < 2:1070210/150‑1 (MQ=255) cTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTc < 1:372802/150‑1 (MQ=255) cTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTc < 2:627272/150‑1 (MQ=255) gCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAAt < 2:382651/150‑1 (MQ=35) gCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAAt < 2:1060102/150‑1 (MQ=35) ggggATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGc < 2:320630/150‑1 (MQ=34) gggATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGcc > 1:936262/1‑150 (MQ=34) tCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCgggg > 2:680684/1‑150 (MQ=32) tCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCgggg > 1:1766/1‑150 (MQ=32) cACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGc > 1:383215/1‑150 (MQ=32) | CGCGCTCAAAGAGCTTCTTTGATGGTGTGAAGAAGTTTTTTGACGACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAG‑CGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGC > CP009273/15240‑15533 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |