| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 374,648 | Δ1 bp | 7.7% | coding (380/1110 nt) | frmA ← | alcohol dehydrogenase class III/glutathione‑dependent formaldehyde dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 374,648 | 0 | T | . | 7.7% | 181.0 / 8.6 | 52 | coding (380/1110 nt) | frmA | alcohol dehydrogenase class III/glutathione‑dependent formaldehyde dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/21); new base . (2/2); total (29/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.84e-01 | |||||||||||
GCCAATACCGGTGGTCACGCCACAGCCCAGCAGGCAGACGTGTTCATGGTTTGCTTCTGGATTAATTTTTGCCAGAGACACTTCCGCGACTACGGTGTATTCACTGAATGTAGAGCACCCCATGTAGTGATAAAGCGGCTGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTCGCCGCACTCCGCGGTGTAAAGCGGGATCACATGGTCGCCAGGTTTGACG > CP009273/374500‑374797 | ataccggtggtcacgccacagcccagcaggcagacgtgttcatggtttgcttctggattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTa < 2:653825‑M2/10‑1 (MQ=255) accggtggtcacgccacagcccagcaggcagacgtgttcatggtttgcttctggattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGt > 1:831947‑M2/139‑147 (MQ=255) gtggtcacgccacagcccagcaggcagacgtgttcatggtttgcttctggattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTG‑AAGaaaaa < 2:770801‑M2/16‑1 (MQ=255) tggtcacgccacagcccagcaggcagacgtgttcatggtttgcttctggattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTG‑AAGAAAAAc > 1:1035675‑M2/134‑150 (MQ=255) ccacagcccagcaggcagacgtgttcatggtttgcttctggattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGggtggt < 1:758038‑M2/25‑1 (MQ=255) cacagcccagcaggcagacgtgttcatggtttgcttctggattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGgtggtg > 1:832095‑M2/125‑150 (MQ=255) cagcccagcaggcagacgtgttcatggtttgcttctggattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGcc < 2:256732‑M2/28‑1 (MQ=255) cccagcaggcagacgtgttcatggtttgcttctggattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattccctgaatgtagagccccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAACCGGGTGGTGCCGTc < 1:391695‑M2/31‑1 (MQ=255) ccagcaggcagacgtgttcatggtttgcttctggattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCt < 2:937337‑M2/32‑1 (MQ=255) aggcagacgtgttcatggtttgcttctggattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCAt < 1:398452‑M2/37‑1 (MQ=255) cagACGTGTTCATGGTTTGCTTCTGGATTAATTTTTGCCAGAGACACTTCCGCGACTACGGTGTATTCACTGAATGTAGAGCACCCCATGTAGTGATAAAGCGGCTGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCt > 1:999164/1‑150 (MQ=255) gtgttcatggtttgcttctggattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCtt < 1:392404‑M2/45‑1 (MQ=255) gtgttcatggtttgcttctggattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTG‑AAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCttt < 1:358993‑M2/45‑1 (MQ=255) tgttcatggtttgcttctggattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCtt > 1:961049‑M2/105‑149 (MQ=255) tgttcatggtttgcttctggattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCtt > 1:236939‑M2/105‑149 (MQ=255) ttcatggtttgcttctggattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTAc < 1:328240‑M2/48‑1 (MQ=255) gtttgcttctggattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTgg < 2:1020613‑M2/53‑1 (MQ=255) ttgcttctggattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGtt > 1:265391‑M2/95‑150 (MQ=255) tgcttctggattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGttt > 1:839160‑M2/94‑150 (MQ=255) cttctggattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTc < 2:109109‑M2/58‑1 (MQ=255) gattaatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAAcc > 1:533347‑M2/86‑150 (MQ=255) taatttttgccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGc > 1:494718‑M2/83‑149 (MQ=255) gccagagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACaga < 2:662303‑M2/75‑1 (MQ=255) gagacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTa < 2:102355‑M2/80‑1 (MQ=255) agacacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAg > 1:540421‑M2/70‑150 (MQ=255) acacttccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTG‑AAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGttt > 2:619083‑M2/68‑150 (MQ=255) ccgcgactacggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGc > 1:172327‑M2/62‑148 (MQ=255) acggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGa > 1:187484‑M2/54‑148 (MQ=255) cggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGAc < 1:436346‑M2/96‑1 (MQ=255) ggtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAg > 2:46050‑M2/52‑149 (MQ=255) gtgtattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGaa > 2:847280‑M2/51‑150 (MQ=255) tattcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACt > 1:7397‑M2/48‑149 (MQ=255) attcactgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTca > 1:219783‑M2/47‑150 (MQ=255) actgaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCacac < 2:831947‑M2/107‑1 (MQ=255) gaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTcgc > 1:877478‑M2/40‑150 (MQ=255) gaatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTcgc > 2:367918‑M2/40‑150 (MQ=255) aatgtagagcaccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTcg < 2:274594‑M2/110‑1 (MQ=255) caccccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTCGCCGCACTCcgc > 1:115936‑M2/30‑150 (MQ=255) ccatgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTCGCCGCACTCCGCGgtg > 1:454625‑M2/26‑150 (MQ=255) atgtagtgataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTCGCCGCACTCCGCGGTGTa < 2:265391‑M2/127‑1 (MQ=255) ataaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTCGCCGCACTCCGCGGTGTAAAGCGGGa < 2:532925‑M2/135‑1 (MQ=255) aaagcggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTCGCCGCACTCCGCGGTGTAAAGCGGGAt > 1:122873‑M2/14‑149 (MQ=255) ggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTCGCCGCACTCCGCGGTGTAAAGCGGGATCACATg > 2:503589‑M2/9‑150 (MQ=255) ggctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTCGCCGCACTCCGCGGTGTAAAGCGGGATCACATg < 1:367918‑M2/142‑1 (MQ=255) gctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTCGCCGCACTCCGCGGTGTAAAGCGGGATCACATgg > 1:855831‑M2/8‑150 (MQ=255) gctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTCGCCGCACTCCGCGGTGTAAAGCGGGATCACATgg > 1:765788‑M2/8‑150 (MQ=255) ctgcccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTCGCCGCACTCCGCGGTGTAAAGCGGGATCACATGGt > 2:352693‑M2/7‑150 (MQ=255) cccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTCGCCGCACTCCGCGGTGTAAAGCGGGATCACATGGTCg < 2:219783‑M2/146‑1 (MQ=255) ccGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTCGCCGCACTCCGCGGTGTAAAGCGGGATCACATGGTCGcc < 2:839160‑M2/148‑1 (MQ=255) gCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTCGCCGCACTCCGCGGTGTAAAGCGGGATCACATGGTCGCCAg > 2:577188/1‑150 (MQ=255) ccGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTCGCCGCACTCCGCGGTGTAAAGCGGGATCACATGGTCGCCAGGt > 1:270391/1‑150 (MQ=255) gTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTCGCCGCACTCCGCGGTGTAAAGCGGGATCACATGGTCGCCAGGttt > 2:121481/1‑150 (MQ=255) gTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTCGCCGCACTCCGCGGTGTAAAGCGGGATCACATGGTCGCCAGGTTTGa < 1:240392/149‑1 (MQ=255) tAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTCGCCGCACTCCGCGGTGTAAAGCGGGATCACATGGTCGCCAGGTTTGACg < 1:577188/150‑1 (MQ=255) | GCCAATACCGGTGGTCACGCCACAGCCCAGCAGGCAGACGTGTTCATGGTTTGCTTCTGGATTAATTTTTGCCAGAGACACTTCCGCGACTACGGTGTATTCACTGAATGTAGAGCACCCCATGTAGTGATAAAGCGGCTGCCCGTTGTAAGAAAAACGGGTGGTGCCGTCTGGCATCAGGCCTTTACCCTGGGTTTCGCGAACCGCAACACAGAGGTTAGTTTTGCCAGAACGACAGAACTCACACTCGCCGCACTCCGCGGTGTAAAGCGGGATCACATGGTCGCCAGGTTTGACG > CP009273/374500‑374797 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |