| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3060603 = | 63 (1.050) | 278 (4.630) | 172/276 | NT | 81.5% | intergenic (‑71/+96) | ygfI/yggE | putative DNA‑binding transcriptional regulator/oxidative stress defense protein |
| ? | CP009273 | = 3124699 | NA (NA) | intergenic (+146/+1) | insH1/yghQ | IS5 transposase and trans‑activator/putative inner membrane polysaccharide flippase | |||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
CCAGTTAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/3060750‑3060603‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTT < CP009273/3124699‑3124553 CCAGTTAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATG < 2:417262/149‑1 CAGTTAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGA < 1:100907/150‑1 CAGTTAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGA < 1:114383/150‑1 TTAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGG < 1:303845/150‑1 AGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTG > 1:980923/1‑150 AACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCG < 1:757815/150‑1 AACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCG < 2:373541/150‑1 GATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCG > 1:679852/1‑150 GATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCG < 1:356199/150‑1 ATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGG > 2:470408/1‑150 ATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGG > 1:1013907/1‑150 ATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCAAGAAGTATGCGTCGGGCAAATGCCTTTACAAGAGATGGCCTCCTTTGTCTGTAATTTTCTGTAAAAACATGACGTAATCACATATGGAAGGTGCGAATAAGCGG > 2:133924/1‑150 CAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATCCGTCGGGCTAATGCCTCTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCACGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGG > 2:505495/1‑149 AACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGG > 1:898011/1‑149 AACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGG > 2:652755/1‑149 ACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGA > 1:956031/1‑149 CCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTC > 2:779049/1‑150 CCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCT > 2:34606/1‑150 CGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTT < 2:250396/150‑1 TAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTC > 2:75233/1‑150 AAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCG < 2:484889/149‑1 AACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGC > 1:536708/1‑150 ACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCT < 2:906700/150‑1 ACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGA > 1:374814/1‑150 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1:585396/150‑1 CACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCA < 2:614556/150‑1 ACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCAT > 1:716303/1‑150 CAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATT > 2:540261/1‑150 ATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTT > 1:869909/1‑149 TATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTT < 2:981041/150‑1 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< 1:41044/149‑1 TTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTC > 1:747462/1‑150 TTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCG > 1:1034209/1‑150 TTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCG > 2:151308/1‑150 CTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGC < 2:865226/149‑1 CTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGC > 2:215075/1‑149 TGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCA > 1:918915/1‑150 TAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATT < 1:849784/150‑1 AAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTT < 2:387633/149‑1 CATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTTCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGC > 2:724570/1‑150 CATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGC > 2:76800/1‑150 TGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGT > 2:729563/1‑150 ACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTT < 2:757966/149‑1 CGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTAT > 2:308761/1‑150 GTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATC > 2:550154/1‑150 GTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATC < 2:123748/150‑1 TAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC > 1:182633/1‑150 ACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGT > 1:431144/1‑150 CTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTT > 1:274500/1‑150 ATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTT > 2:267189/1‑149 CCAGTTAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/3060750‑3060603‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTT < CP009273/3124699‑3124553 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |