Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
JC JC | CP009273 | 3,034,316 | IS2 (+) +5 bp | 17.1% | coding (110‑114/267 nt) | sdhE ← | flavinator of succinate dehydrogenase; antitoxin of CptAB toxin‑antitoxin pair |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 2063752 | NA (NA) | 12 (0.200) | 10/276 | NT | 20.1% | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region |
? | CP009273 | = 3034320 | 46 (0.790) | coding (110/267 nt) | sdhE | flavinator of succinate dehydrogenase; antitoxin of CptAB toxin‑antitoxin pair | |||||
* | ? | CP009273 | 2989720 = | NA (NA) | 7 (0.120) | 7/276 | NT | 12.8% | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region |
? | CP009273 | 3034316 = | 46 (0.790) | coding (114/267 nt) | sdhE | flavinator of succinate dehydrogenase; antitoxin of CptAB toxin‑antitoxin pair |
TCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAGGTCCATATTCCG > CP009273/2063607‑2063896 | tCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTgg > 2:349449/1‑150 (MQ=31) tttCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCg > 2:817822/1‑149 (MQ=32) ttCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTg < 1:260081/145‑1 (MQ=11) ttCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCg > 1:520414/1‑148 (MQ=32) ccTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAg > 1:295949/1‑149 (MQ=35) cTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCCCTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGaacc < 1:734743/149‑3 (MQ=21) gtgtgGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTTGCGatggg > 2:133809/1‑144 (MQ=14) tACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCg < 1:419675/150‑1 (MQ=255) tCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGtttt > 2:825114/1‑149 (MQ=255) cGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATtc > 2:761211/1‑150 (MQ=255) gTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATtct > 2:43028/1‑150 (MQ=255) tttCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATtctc < 2:818002/150‑1 (MQ=255) tttCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATtct > 2:591028/1‑149 (MQ=255) cGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCAtt < 1:754248/147‑1 (MQ=255) 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aaTGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGga < 2:696001/150‑1 (MQ=255) aCTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATa < 1:993764/150‑1 (MQ=255) cTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATaa > 1:783386/1‑150 (MQ=255) gTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAAtt < 2:917812/149‑1 (MQ=255) aCTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTgg < 1:633042/150‑1 (MQ=255) gTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACt < 1:997635/150‑1 (MQ=255) tATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTg > 1:156526/1‑150 (MQ=255) ttAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGt < 2:434610/149‑1 (MQ=255) aGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGa < 2:741566/149‑1 (MQ=255) cTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGa > 1:47975/1‑146 (MQ=255) 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gTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTg > 1:752429/1‑148 (MQ=255) gATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGc > 2:54126/1‑150 (MQ=255) gATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGc > 2:563727/1‑150 (MQ=255) atatTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCg > 1:398842/1‑150 (MQ=255) atTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCgtg > 1:1010072/1‑150 (MQ=255) gTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGtt > 2:297607/1‑148 (MQ=255) gTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAgg > 1:839258/1‑149 (MQ=255) gagaTTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAg < 1:349449/147‑1 (MQ=255) agaTTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGa > 2:579563/1‑149 (MQ=255) ttCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAgg > 2:543318/1‑150 (MQ=255) cAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAGGTc > 2:76655/1‑150 (MQ=255) aGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAGGTCCATATTCCg < 2:1010072/150‑1 (MQ=255) gTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAGGTCCATATTCCg > 2:499549/1‑149 (MQ=255) | TCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAGGTCCATATTCCG > CP009273/2063607‑2063896 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |