| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3060603 = | 140 (0.920) | 454 (2.970) | 223/296 | -0.0 | 76.4% | intergenic (‑71/+96) | ygfI/yggE | putative DNA‑binding transcriptional regulator/oxidative stress defense protein |
| ? | CP009273 | = 3124699 | NA (NA) | intergenic (+146/+1) | insH1/yghQ | IS5 transposase and trans‑activator/putative inner membrane polysaccharide flippase | |||||
Only 100 of 454 total aligned reads displayed.
TCCAGTTAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/3060751‑3060603‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTA < CP009273/3124699‑3124551 CAGTTAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGG < 1:741783/149‑1 GTTAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAG > 2:2163110/1‑150 TAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGT > 1:1193132/1‑150 AGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGT < 2:535458/149‑1 GAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGC < 2:1773036/150‑1 GAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGC < 1:870930/150‑1 GAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGC > 2:2201364/1‑150 AACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCG < 1:1257548/150‑1 CTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAAT < 1:627513/150‑1 CTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAA > 1:1820515/1‑149 TGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAAT > 2:863850/1‑149 ATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGG < 2:245664/150‑1 CAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAA < 1:320089/150‑1 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1:83430/1‑150 ATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTGATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCAT < 2:1328531/149‑1 ATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATT > 1:1448934/1‑150 ATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCAT < 1:1891874/149‑1 ATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATAGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATT < 1:2191265/150‑1 ATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATCTTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTC > 2:370193/1‑150 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TCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGATCCGATTTTTTCTCCCGTAAGTGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCG < 1:2112992/149‑1 TCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGC > 2:623199/1‑150 TCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCG < 2:1226677/149‑1 TGTAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCA > 1:10041/1‑150 TAAAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATT > 1:967914/1‑150 AAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTCAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGTCCGTTTCTTCGCCATTT > 2:1075897/1‑149 AAACCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTT > 2:1149304/1‑149 CCATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGG < 2:2086206/150‑1 CATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGC > 2:2377358/1‑150 ATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCG > 2:1103259/1‑150 ATGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCG < 1:1120122/150‑1 TGACGTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGT > 2:1835456/1‑150 GTAATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATC < 1:1799331/150‑1 AATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC > 2:786084/1‑150 ATCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC > 2:893830/1‑149 TCACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA < 1:1026030/150‑1 CACCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAG > 2:1875080/1‑150 CCTATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTT < 2:1379370/150‑1 ATGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTT < 1:290031/149‑1 TGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTA < 2:1699866/150‑1 TGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTT < 1:715236/149‑1 TCCAGTTAGAACCTGTGGATCAACAACCCGCTAAAACACCTGCAGCACAATAATATTTGTAGCCCGACGTATTCGTCGGGCTAATGCCTTTACCCGATATTGCCTCCTTTTTCTGTAATTTTCTGTAAAACCATGACGTAATCACCTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/3060751‑3060603‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTA < CP009273/3124699‑3124551 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |