| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 1485085 | 135 (0.880) | 79 (0.810) +GTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCC |
64/190 | 0.5 | 64.6% | intergenic (‑115/‑74) | gapC/cybB | pseudogene, GAP dehydrogenase; glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase (second fragment)/cytochrome b561 |
| ? | CP009273 | = 1857027 | 0 (0.000) | intergenic (‑341/‑1) | msrB/gapA | methionine sulfoxide reductase B/glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase A | |||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
ATACGACCAAAACCGTTAATACCAACTTTACTCATGGTTTTCTCCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGTGAACAATATTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCAGGAAATGTTATGGAAAATAAATATTCAAGGTTACAAATCAGCATTCACTGGCTGGTCTTTTTACTGGTTATCGCAGCGTATTGCG > CP009273/1484936‑1485234 | tACGACCAAAACCGTTAATACCAACTTTACTCATGGTTTTCTCCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGg > 1:449367‑M1/1‑149 (MQ=255) cGACCAAAACCGTTATTACCAACTTTACTCATGGTTTTCTCCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGGTCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGTg < 1:2068310/149‑1 (MQ=255) cGACCAAAACCGTTAATACCAACTTTACTCATGGTTTTCTCCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGgtg < 1:648299‑M1/150‑4 (MQ=255) 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aaCCGTTAATACCAACTTTACTCATGGTTTTCTCCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGTGAACAatat > 1:918818/1‑150 (MQ=255) aCCGTTAATACCAACTTTACTCATGGTTTTCTCCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAAATGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGTGAACAATAtt < 2:1404870/150‑1 (MQ=255) ttAATACCAACTTTACTCATGGTTTTCTCCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGTGAACAATATTTAAt > 2:1700614/1‑150 (MQ=255) aaTAACAACTTTACTCATGGTTTTCTCCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGAAGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGTGAACAATATTTAATg < 2:525518/149‑1 (MQ=255) tCATGGTTTTCTCCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAACCGTAACGTACTGAAAACGGGgtgatgctgccaacttactgatctagtgtat > 2:1823132‑M1/1‑119 (MQ=255) cATGGTTTTCTCCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGgtgatgctgccaacttactgatttagtgtat > 2:518999‑M1/1‑118 (MQ=255) aTGGTTTTCTCCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAGCGTACTGAAAACGGGgtgatgctgccaacttactgatttagtgtat < 2:2278888‑M1/148‑32 (MQ=255) aTGGTTTTCTCCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGgtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga > 1:1693765‑M1/1‑117 (MQ=255) gTTTTCTCCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGTGAACAATATTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCg < 1:408768/149‑1 (MQ=255) gTTTTCTCCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGTGAACAATATTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGt > 1:1339850/1‑150 (MQ=255) 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ctcCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGgtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtt < 2:1653842‑M1/149‑41 (MQ=255) ctcCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGTGAACAATATTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATg < 2:712593/149‑1 (MQ=255) ctcCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGTGAACAATATTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGt > 1:1549718/1‑150 (MQ=255) cTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGgtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt < 2:2073945‑M1/149‑44 (MQ=255) cTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGgtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt < 1:2132953‑M1/148‑43 (MQ=255) cTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGgtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt < 1:2101200‑M1/148‑43 (MQ=255) cTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGgtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttt < 2:2217928‑M1/147‑42 (MQ=255) tGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGTGAACAATATTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAAc > 1:386188/1‑150 (MQ=255) tCAGGAAGGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGCTGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGTGAACAATATTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACgg < 1:2074218/150‑1 (MQ=255) tCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAGGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGTGAACAATATTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAAc < 1:941054/148‑1 (MQ=255) 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gTGAACAATATTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCAGGAAATGTTATGGAAAATAAATATTCAAGGTTACAAATCAGCATTCACTGGCTGGTCTTTTTACTGGTTATCGCAGCGTATTgcg > 1:953580/1‑150 (MQ=255) | ATACGACCAAAACCGTTAATACCAACTTTACTCATGGTTTTCTCCTGTCAGGAACGTTCGGATGAAAATTGATCCTTTCCAAGCTTAGACCAGGATGGCGGGATGGGCAATCTCCATTCTCACAGTGAAACGTAACGTACTGAAAACGGGTGAACAATATTTAATGAAATTTTGAGAAAAGCCCGTTATGTTAACGGAAAATTATGTTAAAGCAGGAAATGTTATGGAAAATAAATATTCAAGGTTACAAATCAGCATTCACTGGCTGGTCTTTTTACTGGTTATCGCAGCGTATTGCG > CP009273/1484936‑1485234 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |