| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 378045 | NA (NA) | 138 (0.910) | 108/294 | 0.2 | 96.5% | intergenic (+10/+2) | insD1/yaiX | IS2 transposase TnpB/pseudogene, interrupted by IS2A, acetyltransferase homolog; nonfunctional; interruped by IS2; putative transferase |
| ? | CP009273 | = 750111 | 5 (0.030) | intergenic (‑187/‑522) | gltA/sdhC | citrate synthase/succinate dehydrogenase, membrane subunit, binds cytochrome b556 | |||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
GGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACTGTCCCGAATGAATTGGTCAATACTTCCACACTGTTACATAAGTTAATCTTAGGTGAAATACCGACTTCATAACTTTTACGCATTATATGCTTTTCCTGGTAATGTT > CP009273/749962‑750260 | tttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctATCAAGTa > 1:640037‑M2/143‑150 (MQ=255) tttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctATCAAGTa > 1:1303494‑M2/143‑150 (MQ=255) gAACTTAAATTTGCATTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTg > 1:1020850‑M2/1‑149 (MQ=255) ttAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTggatt < 2:2370755‑M2/150‑6 (MQ=255) tggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctATCAAGTACTTAGCAAt < 2:1921734‑M2/17‑1 (MQ=255) ttGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTggatttgcccc < 1:1890749‑M2/150‑12 (MQ=255) tacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctATCAAGTACTTAGCAATCCg < 1:1095154‑M2/20‑1 (MQ=255) cTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTggatttgcccctata < 1:577492‑M2/150‑16 (MQ=255) cTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTggatttgccc < 1:973940‑M2/145‑11 (MQ=255) gccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctATCAAGTACTTAGCAATCCGAat < 2:1985030‑M2/23‑1 (MQ=255) cgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctATCAAGTACTTAGCAATCCGAatta > 1:931690‑M2/126‑150 (MQ=255) cacaTCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTggatttgcccctatatttcc > 1:2322299‑M2/1‑130 (MQ=255) acaTCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTggatttgcccctatatttcca > 1:1310331‑M2/1‑129 (MQ=255) tctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGt > 1:1243447‑M2/116‑150 (MQ=255) ccTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTggatttgcccctatatttccagacatct > 2:1867515‑M2/1‑122 (MQ=255) ctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTc > 1:348418‑M2/115‑150 (MQ=255) gCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTggatttgcccctatatttccagacatctgtta < 2:848567‑M2/150‑33 (MQ=255) gCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTggatttgcccctatatttccagacatctgt > 1:77724‑M2/1‑118 (MQ=255) gCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTggatttgcccctatatttccagacatctgt > 1:2141674‑M2/1‑118 (MQ=255) cTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTggatttgcccctatatttccagacatctgttat < 1:290423‑M2/150‑34 (MQ=255) tACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcac < 2:968963‑M2/150‑37 (MQ=255) tACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTggatttgcccctatatttccagacatctgttatc > 2:1038370‑M2/1‑114 (MQ=255) ctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACt > 1:1613286‑M2/107‑149 (MQ=255) ctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACt > 1:955327‑M2/107‑149 (MQ=255) ctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACt > 1:1714840‑M2/107‑149 (MQ=255) agacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACtaat < 2:640037‑M2/46‑1 (MQ=255) agacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACtaat < 2:1592131‑M2/46‑1 (MQ=255) gTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaac > 1:32283‑M2/1‑109 (MQ=255) gTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGAACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaac < 2:2280905‑M2/150‑42 (MQ=255) catcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctATCAAGTACTTAGCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACt < 2:931690‑M2/50‑1 (MQ=255) catcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagactcagggggccagtctATCAAGTACTTATCAATCCGAATTATTAAACTTGTCTACCACTAATAACt > 2:2177024‑M2/101‑150 (MQ=255) ttttATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaaccca < 1:2012884‑M2/150‑45 (MQ=255) tATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACGAATAAATGGCGAATCAAGTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccatt > 1:100111‑M2/1‑103 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |