| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BA000036 | 1114357 = | NA (NA) | 71 (0.770) | 64/594 | 0.6 | 94.7% | intergenic (+35/‑129) | Cgl1065/Cgl1066 | Permeases of the major facilitator superfamily/Transposase |
| ? | BA000036 | = 1413173 | 4 (0.040) | intergenic (‑257/+392) | Cgl1352/codon recognized:TTG | Hypothetical membrane protein/tRNA‑Leu | |||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
CAGTCCATCGCTGTTGGTGTAGTAGACAAAACCGAATTCGGTACGGCCTTCTCCACTTTGTTCCTGTTTGTGGACTTAGGTTTTGGCTTTGGACCTATTATCCTGGGAGCAGTTTCTGCGGCAATTGGTTTCGGACCTATGTATGCAGCACTGGCAGGTGTGGGTGTGATTGCCGGAATCTTCTACCTGTTCACACACGCTCGCACCGATCGAGCTAAGAATGGCTTTGTTAAACACCCAGAGCCTGTCGCTTTAGTTAGCTAGTTCTTTCAGCTTTCCCTCCCGATCAGCGTAAACCGGCCCTTCCGGTTTTGGGGTACATCACAGAACCTGGGCTAGCGGTGTAGACCCGAAAATAAACGAGCCTTTTGTCAGGGTTAAGGTTTAGGTATCTAAGCTAACCAAACACCAACAAAAGGCTCTACCCATGAAGTCTACCGGCAACATCATCGCTGACACCATCTGCCGCACTGCGGAACTAGGACTCACCATCACCGGCGCTTCCGATGCAGGTGATTACACCCTGATCGAAGCAGACGCACTCGACTACACCTCCACCTGCCCAGAATGCTCCCAACCTGGGGTGTTTCGTCATC > BA000036/1114059‑1114654 | cagtCCATCGCTGTTGGTGTAGTAGACAAAACCGAATTCGGTACGGCCTTCTCCACTTTGTTCCTGTTTGTGGACTTAGGTTTTGGCTTTGGACCTATTATCCTGGGAGCAGTTTCTGCGGCAATTGGTTTCGGACCTATGTATGCAGCACTGGCAGGTGTGGGTGTGATTGCCGGAATCTTCTACCTGTTCACACACGCTCGCACCGATCGAGCTAAGAATGGCTTTGTTAAACACCCAGAGCCTGTCGCTTTAGTTAGCTAGTTCTTTCAGCTTTCCCTCCCGATCAGCGTAAACCgg > 2:11076/1‑300 (MQ=255) tGTTGGTGTAGTAGACAAAACCGAATTCGGTACGGCCTTCTCCACTTTGTTCCTGTTTGTGGACTTAGGTTTTGGCTTTGGACCTATTATCCTGGGAGCAGTTTCTGCGGCAATTGGTTTCGGACCTATGTATGCAGCACTGGCAGGTGTGGGTGTGATTGCCGGAATCTTCTACCTGTTCACACACGCTCGCACCGATCGAGCTAAGAATGGCTTTGTTAAACACCCAGAGCCTGTCGCTTTAGTTAGCTAGTTCTTTCAGCTTTCCCTCCCGATCAGCGTAAACCGGCCCTTCCGGtt > 2:146898/1‑300 (MQ=255) ttGGTGTAGTAGACAAAACCGAATTCGGTACGGCCTTCTCCACTTTGTTCCTGTTTGTGGACTTAGGTTTTGGCTTTGGACCTATTATCCTGGGAGCAGTTTCTGCGGCAATTGGTTTCGGACCTATGTATGCAGCACTGGCAGGTGTGGGTGTGATTGCCGGAATCTTCTACCTGTTTACACACGCTCGCACCGATCGAGCTAAGAATGGCTTTGTTAAACACCCAGAGCCTGTCGCTTTAGTTAGCTAGTTCTTTCAGCTTTCCCTCCCGATCAGCGTAAACCGGCCCTTCCGGtttt > 2:300078/1‑300 (MQ=255) gACACATCCGAGTTCTGTACGGCCCGCTCCACTGTGTTCCTGTTTGTGGACTTAGGTTTTGGCTTGGGACCTATTAGCCTGGGAGCAGTTTCTGCGGCAATGGGTTTCGGACCTATGGATGCAGCACTGGCAGGTGTGGGTGTGATTGCCGGAATCTTCTACCTGTTCACACACGCTCGCACCGATCGAGCTAAGAATGGCTTTGTTAAACACCCAGAGCCTGTCGCTTTAGTTAGCTAGTTCTTTCAGCTTTCCCTCCCGATCAGCGTAAACCGGCCCTTCCGGTTTTGGGGTACATca < 2:1655/300‑1 (MQ=255) 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gCGTAAACCGGCCCTTCCGGTTTTGGGGTACATCACAGAACCTGGGCTAGCGGTGTAGACCCGAAAATAAACGAGCCTTTTGTCAGGGTTAAGGTTTAGGTATCTAAGCTAACCAAACACCAACAAAAGGCTCTACCCATGAAGTCTACCGGCAACATCATCGCTGACACCATCTGCCGCACTGCGGAACTAGGACTCACCATCACCGGCGCTTCCGATGCAGGTGATTACACCCTGATCGAAGCAGACGCACTCGACTACACCTCCACCTGCCCAGAATGCTCCCAACCTgg < 1:473647/293‑1 (MQ=32) cGTAAACCGGCCCTTCCGGTTTTGGGGTACATCCCAGAACCTGGGCTAGCGGTGTAGACCCGAAAATAAACGAGCCTTTTGTCAGGGTTAAGGTTTAGGTATCTAAGCTAACCAAACACCAACAAAAGGCTCTACCCATGAAGTCTACCGGCAACATCATCGCTGACACCATCTGCCGCACTGCGGAACTAGGACTCACCATCACCGGCGCTTCCGATTCAGGTGATGACACCCTGCTCGAAGCAGCTGCACTCGCCTACACCTCCACCTGCCCAGAATCATCCGAACCTGGGATGTTTc > 2:406788/1‑300 (MQ=11) ccGGCCCTTCCGGTTTTGGGGTACATCACAGAACCTGGGCTAGCGGTGTAGACCCGAAAATAAACGAGCCTTTTGTCAGGGTTAAGGTTTAGGTATCTAAGCTAACCAAACACCAACAAAAGGCTCTACCCATGAAGTCTACCGGCAACATCATCGCTGACACCATCTGCCGCACTGCGGAACTAGGACTCACCATCACCGGCGCTTCCGATGCAGGTGATTACACCCTGATCGAAGCAGACGCACTCGACTACACCTCCACCTGCCCAGAATGCTCCCAACCTGGGGTGTTTCGtcatc < 2:354234/300‑1 (MQ=11) | CAGTCCATCGCTGTTGGTGTAGTAGACAAAACCGAATTCGGTACGGCCTTCTCCACTTTGTTCCTGTTTGTGGACTTAGGTTTTGGCTTTGGACCTATTATCCTGGGAGCAGTTTCTGCGGCAATTGGTTTCGGACCTATGTATGCAGCACTGGCAGGTGTGGGTGTGATTGCCGGAATCTTCTACCTGTTCACACACGCTCGCACCGATCGAGCTAAGAATGGCTTTGTTAAACACCCAGAGCCTGTCGCTTTAGTTAGCTAGTTCTTTCAGCTTTCCCTCCCGATCAGCGTAAACCGGCCCTTCCGGTTTTGGGGTACATCACAGAACCTGGGCTAGCGGTGTAGACCCGAAAATAAACGAGCCTTTTGTCAGGGTTAAGGTTTAGGTATCTAAGCTAACCAAACACCAACAAAAGGCTCTACCCATGAAGTCTACCGGCAACATCATCGCTGACACCATCTGCCGCACTGCGGAACTAGGACTCACCATCACCGGCGCTTCCGATGCAGGTGATTACACCCTGATCGAAGCAGACGCACTCGACTACACCTCCACCTGCCCAGAATGCTCCCAACCTGGGGTGTTTCGTCATC > BA000036/1114059‑1114654 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |