| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BA000036 | 1,457,949 | C→T | T301T (ACC→ACT) | Cgl1389 → | Phenylalanyl‑tRNA synthetase alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BA000036 | 1,457,949 | 0 | C | T | 98.6% | 264.8 / NA | 73 | T301T (ACC→ACT) | Cgl1389 | Phenylalanyl‑tRNA synthetase alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (35/37); minor base A (1/0); total (36/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
CGATGCAACACACACCCCTGTGTTCCACCAGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACCGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACATGGTTGAGGGCGATATTCGCTTCACCCTCCCATTCGGCATTCAGGCATAACTCATCCCGCACACGACTTATATATAGGAGCAAAATTCCACCATGTTGATTGCACAAAACTGGGTGACGGGACTGCTGGGCCACGCAAACGAAGGCTGGAAGGTGCCATCGTCTGATTTGGACTCAGGTTATGTCCGCGTCGGCTTTGAAACCGAAGGCTACTGGC > BA000036/1457658‑1458235 | cGATGCAACACACACCCCTGTGTTCCACCAGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTcgc > 1:294004/1‑300 (MQ=255) tGCAACACACACCCCTGTGTTCCACCAGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGtt > 1:263699/1‑300 (MQ=255) cccttggtcccaccaCATCGAAGGCCATGCCGTTGATAAGGGTCTGACGATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGAGCAACTGGCGAAGGAAATCCTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTGCCGCTGAGGTTGATGGGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGTGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCAt < 1:223290/291‑1 (MQ=255) cccTGTGTTCCACCAGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACCCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCAt < 1:223298/300‑1 (MQ=255) 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tGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACATGGTTGAGGGCGATATTCGCTTCACCCTCCCAt > 1:325018/1‑300 (MQ=255) aGACCCGTATGCGCTCCCACCACCTCCCATTCGCCGGGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAGGGGTGGGGCAGGCTGGTGCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACATGGTTGAGGGCGATATTCGCTTCACCCTCCCATTCGGCATTCAGGCATAACTCATCCCGcaca < 2:486204/300‑1 (MQ=255) gACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACATGGTTGAGGGCGATATTCGCTTCACCCTCCCATTCGGCATTCAGGCATAACTCATCCCGCacac < 2:420689/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |