Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | BA000036 | 2,083,859 | T→A | G444G (GGA→GGT) | Cgl1975 ← | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BA000036 | 2,083,859 | 0 | T | A | 97.8% | 313.6 / NA | 90 | G444G (GGA→GGT) | Cgl1975 | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (48/40); minor base C (2/0); total (50/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCGCCGAGGATGTCGGTCAGTGCAACGTACTCGGTCTTGCCGTCGATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCG‑GCGCTTTGGTGAGCCCACACGTCCGGTTTCACCGGTGGAGTATGGAGGGAAGTTGTAGTGGTGCATGTAGCGCTTCGCATCGCCTGGTGCCAGGGAGTCGATTTGCTGTTCCATCTTGAGCATGTCCAGGGTGGTGACACCAAGGATCTGGGTCTCGCCACGCTCGAAGAGGGAGGAACCGTGCGCACGTGGGATGAGCTCAACTTCTACTGCCAGGTCACGGATGTCGGTGACTCCGCGGCCGTCGATGCGGAAGTGATCGGTGAGGATCATGCGGCGCACGATGGCCTTCATGACAGCGTTGTATCCTGCA > BA000036/2083568‑2084150 | tGCGCCGAGGATGTCGGTCAGTGCAACGTACTCGGTCTTGCCGTCGATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCCTGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCG‑GCGCTTTGGTGAGCCCACACGACCGGTTTc > 1:16352/1‑300 (MQ=255) cgcggATGTCGGTCAGTGCAACGTACTCGGTCTTGCCGTCGATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCG‑GCGCTTTGGTGAGCCCACACGACCGGTTTCACCgg > 1:375928/4‑300 (MQ=255) tCGGTCAGTGCAACGTACTCGGTCTTGCCGTCGATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCG‑GCGCTTTGGTGAGCCCACACGACCGGTTTCACCGGTGGAGTa < 1:111686/299‑1 (MQ=255) gTCAGTGCAACGTACTCGGTCTTGCCGTCGATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCG‑GCCCTTTGGTGAGCCAACACGACCGGTTTCACCGGTGGAGTATg > 1:520485/1‑298 (MQ=255) gTGCAACGTACTCGGTCTTGCCGTCGATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCACGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATGTCGCG‑GCGCTGTGGTGAGCCCACACGACCGGCTCCACCGGTGGCGTGTGGAgg > 2:340767/1‑298 (MQ=255) tACTCGGTCTTGCCGTCGATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCG‑GCGCTTTGGTGAGCCCACACGACCGGTTTCACCGGTGGAGTATGGAGGGAAGTTGTAg > 1:495510/1‑300 (MQ=255) aCTCGGTCTTGCCGTCGATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGGGCACCGTGGCCGATGTCGGG‑GCGCTTGGGGGAGCCCACACGACCGGGTTCACCGGGGGAGGAGGGAGGGAAggggtggg > 2:86752/1‑293 (MQ=255) aCTCGGTCTTGCCGTCGATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGAGGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGCGCACCGTGGCCGATGTCGCG‑GCGCTTGGGTGAGCCCACACGACCGGTGTCACCGGGGGAGCATGGAGGGAGGTGGTAgg > 2:86741/1‑299 (MQ=255) tCGGTCTTGCCGTCGATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTCCTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCG‑GCGCTTTGTTGAGCCCACACGCCCGGTTTCACCGGTGGAGTATGGAGGGCAGTTGTAgtgg > 2:247315/1‑300 (MQ=255) ggctttGCCGTCGATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACAAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCAAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCG‑GCGCTTTGGTGAGCCCACACGACCGGTTTCACCGGTGGAGTATGGAGGGAAGTTGTAgtggtg < 2:386495/296‑1 (MQ=255) 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aaCAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCG‑GCGCTTTGGTGAGCCCACACGACCGGTTTCACCGGTGGAGTATGGAGGGAAGTTGTAGTGGTGCATGTAGCGCTTCGCATCGCCTgg < 2:64598/300‑1 (MQ=255) aaGTCCCATGGCGATACCTGGAACAGGTGACTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGGGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCG‑GCGCTTTGGTGAGCCCACACGACCGGTTTCACCGGTGGAGTATGGAGGGAAGTTGTAGTGGTGCATGTAGCGCTTCGCATCGCCTGGTGc < 1:21927/300‑1 (MQ=255) cATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCG‑GCGCTTTGGTGAGCCCACACGACCGGTTTCACCGGTGGAGTATGGAGGGAAGTTGTAGTGGTGCATGTAGCGCTTCGCATCGCCTGGTGCCAgg > 1:47992/1‑298 (MQ=255) 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aTACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCG‑GCGCTTTGGTGAGCCCACACGACCGGTTTCACCGGTGGAGTATGGAGGGAAGTTGTAGTGGTGCATGTAGCGCTTCGCATCGCCTGGTGCCAGGGAGTCGAtt < 2:477891/300‑1 (MQ=255) ccTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACCGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCG‑GCGCTTTGGTGAGCCCACACGACCGGTTTCACCGGTGGAGTATGGAGGGAAGCTGTACTGGTGCATGTACCGCTTCGCCTCGCCTCGTGCACGGGAGTCGATTTga > 1:517143/1‑299 (MQ=255) cggCAACAGGTGCCTACAGTGGAACACCAGCTGTGTACAGGGACAGAGTGGAAGCACAGACAGAGCCCATGGAGGGGGAGCCGTGGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGGGCACCGTGGCCGATTTCGCG‑GCGCTTTGGTGAGCCCACACGACCGGTTTCACCGGTGGAGTATGGAGGGAAGTTGTAGTGGTGCATGTAGCGCTTCGCATCGCCTGGTGCCAGGGAGTCGATTTGCt < 2:186284/298‑1 (MQ=255) 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ccTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCG‑GCGCTTTGGTGAGCCCACACGACCGGTTTCACCGGTGGAGTATGGAGGGAAGTTGTAGTGGTGCATGTAGCGCTTCGCATCGCCTGGTGCTGGGGAGTCGATTTGCTGTGCCATCtt > 1:11284/1‑298 (MQ=255) cTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCG‑GCGCTTTGGTGAGCCCACACGACCGGTTTCACCGGTGGAGTATGGAGGGAAGTTGTAGTGGTGCATGTAGCGCTTCGCATCGCCTGGTGCCAGGGAGTCGATTTGCTGTTCCATCTTGAg > 1:444208/1‑300 (MQ=255) tCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGCCCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCG‑GCGCTTTGGTGAGCCCACACGACCGGTTTCACCGGTGGAGTATGGAGGGAAGTTGTAGTGGTGCATGTAGCGCTTCGCATCGCCTGGTGCCAGGGAGTCGATTTGCTGTTCCATCTTGAGcc > 1:207395/1‑299 (MQ=255) 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TGCGCCGAGGATGTCGGTCAGTGCAACGTACTCGGTCTTGCCGTCGATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCG‑GCGCTTTGGTGAGCCCACACGTCCGGTTTCACCGGTGGAGTATGGAGGGAAGTTGTAGTGGTGCATGTAGCGCTTCGCATCGCCTGGTGCCAGGGAGTCGATTTGCTGTTCCATCTTGAGCATGTCCAGGGTGGTGACACCAAGGATCTGGGTCTCGCCACGCTCGAAGAGGGAGGAACCGTGCGCACGTGGGATGAGCTCAACTTCTACTGCCAGGTCACGGATGTCGGTGACTCCGCGGCCGTCGATGCGGAAGTGATCGGTGAGGATCATGCGGCGCACGATGGCCTTCATGACAGCGTTGTATCCTGCA > BA000036/2083568‑2084150 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |