| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BA000036 | 2,981,696 | T→A | T2S (ACT→TCT) | Cgl2796 ← | NAD‑dependent aldehyde dehydrogenases |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BA000036 | 2,981,696 | 0 | T | A | 98.1% | 383.7 / NA | 104 | T2S (ACT→TCT) | Cgl2796 | NAD‑dependent aldehyde dehydrogenases |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (58/44); minor base C (1/1); total (59/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CTGCGATTTCTTCCAGGTGCTCTTCCATGCGGTCCGCAATGCGGTGCAGGATCAGAGCACGTTCAGCGACAGAAGTCTTGCCCCACGCATCAGCGGCTGCATGTGCAGCATCCAGTGCAAGCTCCACGTCCGCTGCGGTGCCACGTGCGACCTCACAGAAAACTTCACCAGTGACAGGTGAAATGTTCTCAAGGTACTGGCCCTCTACCGGTGGAACCCACTTGCCACCAATGTAGTTCTCGTAGCGCTTTTCATAGTTAACGATCGAGCCTTCGGTTCCTGGATTTGCGTAGACAGTCATTGGGTCTCCTTTGGGCCACCTCCACCTGAGCACTACCTGTGCGTCAGGTGACACTTGGTCAACGATTGTGACAACGCGCACATTCGCACGCTTAGCAGCCACCATATTCACGAAAATCAATCCGCGCTAGAACCCCCGTTAAATTCACCCCCTTTTCTCAAAATTCTCGCAGCTCAACGCCGAAAGCCTTTCAAAAGTTATTACCCCTGTTCGGGTGGTTATACATGTATCTAATTGGCGAAAGCACGAAACGGGCACCTCCAAAAGATAAATGGAGGTGCCCGCTTAATTTG > BA000036/2981399‑2981992 | gatcccatcggttttgccggcatccaatatgacggcatccatggcactgatcccaccgctgccctattcggtgcaacagtgtgggattcgccctcaacgcattccggttattggaatgaccaggagttcctgggcaatgtggcggaggtggttcgcggcaaatagaaaagccgccgcacactggaggatgtgtgaggcagcttttctaggacttaacgcttagatcagaacagtccggttgggtttggatcgtaggagaccccatcatttaaattaaacattaATTTGCGTAgacagaca < 1:274075‑M2/17‑1 (MQ=255) tcccatcggtattgccggcacccaatttgacggcatccatggcactgatcccaccgctgccctattcggtgcaacagtgtgggattcgccctcaacgcattccggttattggaatgaccaggagttcctgggcaatgtggcggaggtggttcgcggcaaatagaaaagccgccgcacactggaggatgtgtgaggcagcttttctaggacttaacgcttagatcagaacagtccggttgggtttggatcgtaggagaccccatcatttaaattaaacattaATTTGCGTAGACAGACAtt < 2:490789‑M2/19‑1 (MQ=255) ccatcggttttgccgtaacacacaagggcggcagccatggcactgatcccaccgcggccctattcggtgcaacagtgtgggatgcgccctcagcgcattccggttattggaatgaccaggagttcctgggcaatgtggcggaggtggttcgcggcaaatagaaaagccgccgcacactggaggatgtgtgaggcagcttttctaggacttaacgcttagatcagaacagtccggttgggtttggatcgtaggagaccccatcatgtaaattaaacattaATTTGCGTAGACAGACATTgg < 2:103931‑M2/21‑1 (MQ=255) catcggttttgccggcacccaatatgacggcctccatggcactgatcccaccgctgccctattcggtgcaacagtgtgggattcgccctcaacgcattccggttattggaatgaccaggagttcctgggcaatgtggcggaggtggttcgcggcaaatagaaaagccgccgcacactggaggatgtgtgaggcagcttttctaggacttaacgcttagatcagaacagtccggttgggtttggatcgtaggagaccccatcctttaaattaaacattaATTTGCGTAGACAGACAttgag > 2:236218‑M2/279‑298 (MQ=255) 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CTGCGATTTCTTCCAGGTGCTCTTCCATGCGGTCCGCAATGCGGTGCAGGATCAGAGCACGTTCAGCGACAGAAGTCTTGCCCCACGCATCAGCGGCTGCATGTGCAGCATCCAGTGCAAGCTCCACGTCCGCTGCGGTGCCACGTGCGACCTCACAGAAAACTTCACCAGTGACAGGTGAAATGTTCTCAAGGTACTGGCCCTCTACCGGTGGAACCCACTTGCCACCAATGTAGTTCTCGTAGCGCTTTTCATAGTTAACGATCGAGCCTTCGGTTCCTGGATTTGCGTAGACAGTCATTGGGTCTCCTTTGGGCCACCTCCACCTGAGCACTACCTGTGCGTCAGGTGACACTTGGTCAACGATTGTGACAACGCGCACATTCGCACGCTTAGCAGCCACCATATTCACGAAAATCAATCCGCGCTAGAACCCCCGTTAAATTCACCCCCTTTTCTCAAAATTCTCGCAGCTCAACGCCGAAAGCCTTTCAAAAGTTATTACCCCTGTTCGGGTGGTTATACATGTATCTAATTGGCGAAAGCACGAAACGGGCACCTCCAAAAGATAAATGGAGGTGCCCGCTTAATTTG > BA000036/2981399‑2981992 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |