| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BA000036 | 3,035,143 | G→A | R321K (AGG→AAG) | Cgl2846 → | Hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BA000036 | 3,035,143 | 0 | G | A | 98.2% | 383.0 / ‑5.0 | 110 | R321K (AGG→AAG) | Cgl2846 | Hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (52/55); minor base T (2/0); total (54/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GTGCCGATGGTTCACGGAATCAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAGGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCAATGATTTACACCCTGGTGTTGGGCTACACCGGCGCAGCTTTGCCACTGTTGCTGCTGCTTTCCTTGGCAGAGCGTCCGCTGATTCAGACTCTGAGCAGCGATGTTATGGCCGGCGAGCTGCTGCGTTCAGGTGTCGGTGCGCTGACGTTGACACTGGCGGTGCCGATCACGACGCTGATCGCCGCATGGACGGTACCCGGCGATGAGCCTGCCCCAGATGATGGCAAGCCCCGCCTGATCCACCG > BA000036/3034848‑3035434 | gtgCCGATGGTTCACGGAATCAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTg < 1:89880/300‑1 (MQ=255) gCCGATGGTTCCCGGAATCAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGCTGAGAATCATCTGCAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCCCAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTGtt > 2:467870/1‑300 (MQ=255) ccGATGGTTCACGGAATCAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTGttt > 1:229335/1‑300 (MQ=255) gATGGTTCACGGAATCAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTAc < 2:314224/300‑1 (MQ=255) ggTTCACGGAATCAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCgg > 2:301119/1‑300 (MQ=255) cACGGAATCAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGATTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCCTTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGCTGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGCAGCTGCTTACAGGcgcg > 2:284052/1‑300 (MQ=255) cACGGAATCAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCGGcgcg > 1:137577/1‑300 (MQ=255) 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aaaTCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGCCTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCACCTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGACATCGTTGAAGCTGCCACACAGTGGAAGCTGTTTTCCCGCGCGACGGAGGTTgggtgc > 2:204949/1‑296 (MQ=255) aaaTCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAAAGATGTGACGATATCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCCCGGGGAAATCGAAGAAGAGGCCACACCGGGAAAGAGGTTGACCGGAGCGATGACGGTGGGtggg > 2:101142/1‑297 (MQ=255) aaaTCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGGTGTCGTGGGCGTCGATCGGCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGGCGGTTGGTcgc > 1:72/1‑300 (MQ=255) aaaTCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTCTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGCCTGGGCTATGAGCATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGACCTCCTGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCCCAACCATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGCAGATGCCACACCCTTGCTACTGGCTTCCGGCACGTTGTCGTGTGGTcgc > 2:204952/1‑300 (MQ=255) aTCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGCAGCTCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTGTGGTGTGCTCAACGATGTGACGTGCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGCAATCGATCAAGATGCCACTACGTGGCACCTGTTTACCTGCGCGCCGTCGGTTGGtgtcgc > 2:514990/1‑295 (MQ=255) gCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGCCTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCCACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGTTCTCACAGCCTTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAACTCGATGATGCTGCCACACCGTGGAAGCCACTTACCGGCGCGATGTCAGTCGCTCGCGACcaccat > 2:68923/1‑297 (MQ=255) cGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCGGCGCGCTGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTcat > 1:175227/1‑298 (MQ=255) ggCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGGGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCGCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCaa < 1:321003/299‑1 (MQ=255) gCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTGGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCAAt < 2:193939/299‑1 (MQ=255) 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tgcaGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCAATGATTTACACCCTGGTGTTGGGCTACACCGGCGCAGCTTTGCCACTGTTGCTGCTGCTTTCCTTGGCAGAGCGTCCGCTGATTCAGACTCTGAGCAGCGATGTTATGGCCGGCGAGCTGCTGCGTTCAGGTGTCGGTGCGCTGACGTTGACACTGGCGGTGCCGATCACGACACTGATCGCCGCATGGACGGTACCCGGCGATGAGCCTGCCCCAGATGATGGCAAGCCCCg > 1:369705/4‑300 (MQ=255) aGATGCCACACCGTGGAAGCTTTTTGCCTGCTCTATGTCTGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCAATGATTTACACCCTGGTGTTGGGCTACACCGGCGCAGCTTTGCCACTGTTGCTGCTGCTTTCCTTGGCAGAGCGTCCGCTGATTCAGACTCTGAGCAGCGATGTTATGGCCGGCGAGCTGCTGCGTTCAGGTGTCGGTGCGCTGACGTTGACACTGGCGGTGCCGATCACGACGCTGCTCGCCGCATGGACGGTACCCGGCGATGAGCCTGCCCCAGATGATGGCAAGCCCCGCCt < 1:234960/300‑1 (MQ=255) aGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCAAGGATTTACACCCTGGTGTTGGGCTACACCGGCGCAGCTTTGCCACTGTTGCTGCTGCTTTCCTTGGCAGAGCGGCCGCTGATTCAGACTCTGAGCAGCGATGTTATGGCCGGCGAGCTGCTGCGTTCAGGTGTCGGTGCGCTGACGTTGACACTGGCGGTGCCGACCACGACGCCGATCGCCGCAGGGACGGTACCCGGCGATGAGCCTGCCCCAGATGATGGCAAGGCCCGccg > 2:220685/1‑299 (MQ=255) gATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCAATGATTTACACCCTGGTGTTGGGCTACACCGGCGCAGCTTTGCCACTGTTGCTGCTGCTTTCCTTGGCAGAGCGTCCGCTGATTCAGACTCTGAGCAGCGATGTTATGGCCGGCGAGCTGCTGCGTTCAGGTGTCGGTGCGCTGACGTTGACACTGGCGGTGCCGATCACGACGCTGATCGCCGCATGGACGGTACCCGGCGATGAGCCTGCCCCAGATGATGGCAAGCCCCGCCTg < 1:122420/300‑1 (MQ=255) gATGCCACACCGGGGAGGCTGTTTACGGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCGCAATGATTTACACCCTGGTGTTGGGCTACACCGGCGCAGCTTTGCCACTGTTGCTGCTGCTTTCCTTGGCAGAGCGTCCGCTGATTCAGACTCTGAGCAGCGATGTTATGGCCGGCGAGCTGCTGCGTGCAGGTGTCGGTGCGCTGACGTTGACACTGGCGGTGCCGATCACGACGCTGATCGCCGCATGGACGGTACCCGGCGATGAGCCTGCCCCAGATGATGGCAAGCCCCGCCTg < 2:234744/300‑1 (MQ=255) acCGTGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCAATGATTTACACCCTGGTGTTGGGCTACACCGGCGCAGCTTTGCCACTGTTGCTGCTGCTTTCCTTGGCAGAGCGTCCGCTGATTCAGACTCTGAGCAGCGATGTTATGGCCGGCGAGCTGCTGCGTTCAGGTGTCGGTGCGCTGACGTTGACACTGGCGGTGCCGATCACGACGCTGATCGCCGCATGGACGGTACCCGGCGATGACACCGCCCCCGATGATGGCAAGCCCCGCCTGCTCCCCCg > 2:315669/1‑300 (MQ=255) | GTGCCGATGGTTCACGGAATCAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAGGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCAATGATTTACACCCTGGTGTTGGGCTACACCGGCGCAGCTTTGCCACTGTTGCTGCTGCTTTCCTTGGCAGAGCGTCCGCTGATTCAGACTCTGAGCAGCGATGTTATGGCCGGCGAGCTGCTGCGTTCAGGTGTCGGTGCGCTGACGTTGACACTGGCGGTGCCGATCACGACGCTGATCGCCGCATGGACGGTACCCGGCGATGAGCCTGCCCCAGATGATGGCAAGCCCCGCCTGATCCACCG > BA000036/3034848‑3035434 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |