| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BA000036 | 3,189,874 | C→T | intergenic (‑221/‑4) | Cgl2987 ← / → Cgl2988 | Hypothetical protein/Transcriptional regulators |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BA000036 | 3,189,874 | 0 | C | T | 97.7% | 319.9 / NA | 87 | intergenic (‑221/‑4) | Cgl2987/Cgl2988 | Hypothetical protein/Transcriptional regulators |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (43/41); minor base G (0/2); total (44/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACCAACCCCGCCCGAAACTGACGGAGAGTCTGCCTACGAGCTAGTTGGTGACTGATCTCATTTTGATATTGCACCACGATTAAAAAGTGTAGCCGTAAGCCGACCAATGAAACGACCCTCTAGAAGCATCGTTTAGAATTGCTTTTAAGTGAATAAGGAACAGCACAGAATTAAGGCCTCGGAGTTATCGCTCACGCTACTTCTCAAGTGACGCCAAGGTAAGTTGTACTTTTTCTGTCCAAATTATTGCTTTTTCCGTAGATAGGTTATCGAACGGAAATTACTTGGCAATACCGCTATGCTGGCAGGCATGCCTAATTTAAACGCTGAGGAGCTAGCAGTCCGCGTGCGACCCGCGCTGACAAAACTCTACGTTCTCTATTTCCGCCGCTCTGTGAATTCTGACCTCTCGGGTCCACAGCTCACTATTTTGAGTCGCCTGGAAGAAAACGGCCCATCCCGAATTAGTCGCATCGCGGAACTTGAAGATATTCGTATGCCAACCGCTTCGAATGCTCTGCATCAGCTGGAGCAACTCAACCTGGTTGAGCGTATCCGCGACACCAAAGACCGCCGAGGCGTGCAG > BA000036/3189579‑3190165 | cACCAACCCCGCCCGAAACTGACGGAGAGTCTGCCTACGAGCTAGTTGGTGACTGATCTCATTTTGATATTGCACCACGATTAAAAAGTGTAGCCGTAAGCCGACCAATGAAACGACCCTCTAGAAGCATCGTTTAGAATTGCTTTTAAGTGAATAAGGAACAGCACAGAATTAAGGCCTCGGAGTTATCGCTCACGCTACTTCTCAAGTGACGCCAAGGTAAGTTGTACTTTTTCTGTCCAAATTATTGCTTTTTCCGTAGATAGGTTATCGAACGGAAATTACTTGGCAATACTGCTa < 1:172440/300‑1 (MQ=255) cAACCCCGCCCGAAACTGACGGAGAGTCTGCCTACGAGCTAGTTGGTGACTGATCTCATTTTGATATTGCACCACGATTAAAAAGTGTAGCCGTAAGCCGACCAATGAAACGACCCTCTAGAAGCATCGTTTAGAATTGCTCTTAAGTGCATAAGGCACAGCACAGAATCAAGGCCTCGGAGTTATCGCTCACGCTACTTCTCAAGTGACGCCCAGGTCAGTTGTACTTTTTCTGTCCAAATTATTGCTTTTTCCGTCGATAGGTTATCGAACGGAACTTACTTGGCAATACTGCTATGc > 2:191038/1‑300 (MQ=255) ccccGCCCGAAACTGACGGAGAGTCTGCCTACGAGCTAGTTGGTGACTGATCTCATTTTGATATTGCACCACGATTAAAAAGTGTAGCCGTAAGCCGACCAATGAAACGACCCTCTAGAAGCATCGTTTAGAATTGCTTTTAAGTGAATAAGGAACAGCACAGAATTAAGGCCTCGGAGTTATCGCTCACGCTACTTCTCAAGTGACGCCAAGGTAAGTTGTACTTTTTCTGTCCAACTTATTGCTTTTTCCGTAGATAGGTTTTTGAACGGAAATTACTTGGCAATACTGCTATGCTgg > 2:463764/1‑300 (MQ=255) acccgcccgAGACTGACCGAGAGTCTGCCTACGAGCTAGTTGGTGACTGATCTCATTTTGATATTGCACCACGATTAAAAAGTGTAGCCGTAAGCCGACCAATGAAACGACCCTCTAGAAGCATCGTTTAGAATTGCTTTTAAGTGAATAAGGAACAGCACAGAATTAAGGCCTCGGAGTTATCGCTCACGCTACTTCTCAAGTGACGCCAAGGTAAGTTGTACTTTTTCTGTCCAAATTATTGCTTTTTCCGTAGATAGGTTATCGAACGGAAATTACTTGGCAATACTGCTATGCTgg < 2:308583/299‑1 (MQ=255) 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tttGATATTGCACCACGATTAAAAAGTGTAGCCGTAAGCCGACCAATGAAACGACCCTCTAGAAGCATCGTTTAGAATTGCTTTTAAGTGAATAAGGAACAGCACAGAATTAAGGCCTCGGAGTTATCGCTCACGCTACTTCTCAAGTGACGCCAAGGTAAGTTGTACTTTTTCTGTCCAAATTATTGCTTTTTCCGTAGATAGGTTATCGAACGGAAATTACTTGGCAATACTGCTATGCTGGCAGGCATGCCTAATTTAAACGCTGAGGAGCTAGCAGTCCGCGTGCGACCCGCGCt > 2:171330/1‑299 (MQ=255) tGATATTGCACCACGATTAAAAAGTGTAGCCGTAAGCCGACCAATGAAACGACCCTCTAGAAGCATCGTTTAGAATTGCTTTTAAGTGAATAAGGAACAGCACAGAATTAAGGCCTCGGAGTTATCGCTCACGCTACTTCTCAAGTGACGCCAAGGTAAGTTGTACTTTTTCTGTCCAAATTATTGCTTTTTCCGTAGATAGGTTATCGAACGGAAATTACTTGTCAATCCTGCTATGCTGGCAGGCATGCCTAATTTAAACGCTGAGGAGCTAGCAGTCCGCGTGCGACCCgtgcgta > 1:5862/1‑296 (MQ=255) gATATTTGACCACGATTAAAAAGTGTAGCCGTAAGCCGACCAATGCAACGACCCTCTAGAAGCATCGTTTAGAATTGCTTTTAAGTGAACAAGGAACAGCACAGAATTAAGGCCTCGGAGTTATCGCTCACGCTACTTCTCAAGTGACGCCAAGGTAAGTTGTACTTTTTCTGTCCAAATTATTGCTTTTTCCGTAGATAGGTTATCGAACGGAAATTACTTGGCAATACTGCTATGCTGGCAGGCATGCCTAATTTAAACGCTGAGGAGCTAGCAGTCCGCGTGCGACCCGCGCTGAc < 2:439453/299‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |