| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | BA000036 | 770,809 | G→A | L1112F (CTT→TTT) | Cgl0738 ← | Type II restriction enzyme, methylase subunits |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BA000036 | 770,809 | 0 | G | A | 98.5% | 507.8 / ‑5.3 | 137 | L1112F (CTT→TTT) | Cgl0738 | Type II restriction enzyme, methylase subunits |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (76/59); total (77/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
AAGTATCCCTTTTTCTTATCGGTGGTTTCATTCCAGCCACTGGAGAACTGCAGCCCGAGTTCTTTGATACGAGGTGCAGAAGCCAACTTTTCCAACACTGCTGCTGCTTCCGTGTTGACGGTATAAACCATGCGGGTATCCAAGTATGGCGTTTGTTCATCCTCCAGGATGGACTTCCACACCGTCAAAGTATCGGCATTGACCAGTTGGATACGGTCCTTGTGTGGGCGACGGTCCCAGTTGCCATTGTCGTCTTTAAGACCAGGGAGATTACCTGAACCGTCATGATCAAGTGAATCAAGCACTGTTTGTGGGTGATAAAGCGACGCAGCACTTAAAAAGTTAATAGATTCCTGCGGAGCGCCATAGACATGTACGCCATATTTAACCAAGTCGTGGACGTCAAAAAGAATCAACTCATTAATGAACTGCCAGTGGCGGCGCAGACGCTCATATGCTCCCCGACGTAGCGGGGCAGCTTTTTTCTCAGTGAAGTGGGATTCGGGGTGGATCAGTGAGATCGCACCTGCCGGGGAGGCATTAGACCAAGTCTTTTCCATAAAGCCCCGGTAGAGGTCCGGGCGTTGAT > BA000036/770517‑771105 | aTCCCTTTTTCTTATCGGTGGTTTCATTCCAGCCACTGGAGAACTGCAGCCCGAGTTCTTTGATACGAGGTGCAGAAGCCAACTTTTCCAACACTGCTGCTGCTTCCGTGTTGACGGTATAAACCATGCGGGTATCCAAGTATGGCGTTTGTTCATCCTCCAGGATGGACTTCCACACCGTCAAAGTATCGGCATTGACCAGTTGGATACGGTCCTTGTGTGGGCGACGGTCCCAGTTGCCATTGTCGTCTTTAAGACCAGGGAGATTACCTGAACCGTCATGATCAAATGAATCAAGCa > 1:73913/1‑300 (MQ=255) 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aTGATCAAATGAATCAAGCACTGTTTGTGGGTGATAAAGCGACGCAGCACTTAAAAAGTTAATAGATTCCTGCGGAGCGCCATAGACATGTACGCCATATTTAACCAAGTCGTGGACGTCAAAAAGAATCAACTCATTAATGAACTGCCAGTGGCGGCGCAGACGCTCATATGCTCCCCGACGTAGCGGGGCAGCTTTTTTCTCAGTGAAGTGGGATTCGGGGTGGATCAGTGAGATCGCACCTGCCGGGGAGGCATTAGACCAAGTCTTTTCCATAAAGCCCCGGTAGAGGTCCGGGc < 1:51741/299‑1 (MQ=255) aTGATCAAATGAATCAAGCACTGTTTGTGGGTGATAAAGCGACGCAGCACTTAAAAAGTTAATAGATTCCTGCGGAGCGCCATAGACATGTACGCCATATTTAACCAAGTCGTGGACGTCAAAAAGAATCAACTCATTAATGAACTGCCAGTGGCGGCGCAGACGCTCATATGCTCCCCGACGTAGCGGGGCAGCTTTTTTCTCAGTGAAGTGGGATTCGGGGTGGATCAGTGAGATCGCACCTGCCGGGGAGGCATTAGACCAAGGCTTTTCCATAAAGCCCCGGTAGAGTGCCGGGCg > 2:138367/1‑300 (MQ=255) cAAATGAATCAAGCACTGTTTGTGGGTGATAAAGCGACGCAGCACTTAAAAAGTTAATAGATTCCTGCGGAGCGCCATAGACATGTACGCCATATTTAACCAAGTCGTGGACGTCAAAAAGAATCAACTCATTAATGAACTGCCAGTGGCGGCGCAGACGCTCATATGCTCCCCGACGTAGCGGGGCAGCTTTTTTCTCAGTGAAGTGGGATTCGGGGTGGATCAGTGAGATCGCACCTGCCGGGGAGGCATTAGACCAAGTCTTTTCCATAAAGCCCCGGTAGAGGTCCGGGCGTTGAt > 1:310663/1‑300 (MQ=255) | AAGTATCCCTTTTTCTTATCGGTGGTTTCATTCCAGCCACTGGAGAACTGCAGCCCGAGTTCTTTGATACGAGGTGCAGAAGCCAACTTTTCCAACACTGCTGCTGCTTCCGTGTTGACGGTATAAACCATGCGGGTATCCAAGTATGGCGTTTGTTCATCCTCCAGGATGGACTTCCACACCGTCAAAGTATCGGCATTGACCAGTTGGATACGGTCCTTGTGTGGGCGACGGTCCCAGTTGCCATTGTCGTCTTTAAGACCAGGGAGATTACCTGAACCGTCATGATCAAGTGAATCAAGCACTGTTTGTGGGTGATAAAGCGACGCAGCACTTAAAAAGTTAATAGATTCCTGCGGAGCGCCATAGACATGTACGCCATATTTAACCAAGTCGTGGACGTCAAAAAGAATCAACTCATTAATGAACTGCCAGTGGCGGCGCAGACGCTCATATGCTCCCCGACGTAGCGGGGCAGCTTTTTTCTCAGTGAAGTGGGATTCGGGGTGGATCAGTGAGATCGCACCTGCCGGGGAGGCATTAGACCAAGTCTTTTCCATAAAGCCCCGGTAGAGGTCCGGGCGTTGAT > BA000036/770517‑771105 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |