| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BA000036 | 1,457,949 | C→T | T301T (ACC→ACT) | Cgl1389 → | Phenylalanyl‑tRNA synthetase alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BA000036 | 1,457,949 | 0 | C | T | 98.7% | 266.0 / NA | 77 | T301T (ACC→ACT) | Cgl1389 | Phenylalanyl‑tRNA synthetase alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (48/27); total (49/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
GAACTCGATGCAACACACACCCCTGTGTTCCACCAGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGAGTACACCGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACATGGTTGAGGGCGATATTCGCTTCACCCTCCCATTCGGCATTCAGGCATAACT‑CATCCCGCACACGACTTATATATAGGAGCAAAATTCCACCATGTTGATTGCACAAAACTGGGTGACGGGACTGCTGGGCCACGCAAACGAAGGCTGGAA‑GGTGCCATCGTCTGATTTGGACTCAGGTTATGTCCGCGTCGGCTTTGAAACCGAAGGCTACTGGCCAATCCCT > BA000036/1457653‑1458243 | gaACTCGATGCAACACACACCCCTGTGTTCCACCAGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGAGTACACTGGa < 2:310749/300‑1 (MQ=255) aTGCAACACACACCCCTGTGTTCCACCAGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGTGTG‑TTGACCCAGCGGAGTACACTGGATTCGCGt > 1:532015/1‑300 (MQ=255) gCAACACACACCCCTGTGTTCCACCAGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGACCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTc > 1:308633/1‑300 (MQ=255) cacacacCCCTGTGTTCCACCAGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAATGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCa < 1:316561/300‑1 (MQ=255) cacacacCCCTGTGTTCCACCAGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGGG‑TTGACCCAGCGGAGTACACTGGATTCGCGTTCgg > 1:331272/1‑298 (MQ=255) cacccCTCTGTGTTCCACCAGATCCGAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCCCCTGCGCGGCACCTTGCATCACCTGGCCCAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTCCTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATg < 2:441668/300‑1 (MQ=255) tgtgTTCCACCAGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTTACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGAGGGAGTGGGGTGGCTGAGGCATGGTAAACCCACACCTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGCGTACCATGGATTCGATTTCGGCATGGGCATTg > 1:85067/1‑299 (MQ=255) ttCCACCAGATCGAAGGCCTTGCAGTTGGTAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGt < 1:168160/300‑1 (MQ=255) ccaccaGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGTTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGCGGTGGGTGTGTGGTTCCCTAACAGGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGCGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGGGGCGGGGGGG‑TTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTag > 2:165343/1‑299 (MQ=255) ccaccaGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTAc > 2:424141/1‑300 (MQ=255) 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tGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCCCCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCACGACTCATATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGAGCACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCCTTGAACGTACCCTGCCGTTCCGCAAGGGCCTGAg > 2:96605/1‑300 (MQ=255) aTAAGGGTCTGACTATGGCCCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCGGGATCGAGAGGGGTGGCTGTGGCATGGTAAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAAAGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGc > 1:316736/1‑299 (MQ=255) aGGGTCTGGCTATGGCTCACCTGCCCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATCCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGat < 2:448498/300‑1 (MQ=255) ggTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGAGTACAACGGATTCGCGTTCGGCATGGGCAGTGAACGTACCCTGCAGGTCCGCAACGGCCTGAGCGATATg > 1:510367/1‑300 (MQ=255) cTATCGCTCGCCTTCGCGGCACCTTGGATCACCTGCCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCCAGACTCGTTTGCGCTCCACCTACTTCCCATTCACCGGGCCTTCCGCTGAGGTTTATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGTCCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACa < 2:331164/300‑1 (MQ=255) gCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCACAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTGGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGACGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACATGGtt < 2:169799/300‑1 (MQ=255) 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ggCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACCTGGTTGAGGGCGGTAtt > 1:524678/1‑300 (MQ=255) ggCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACATGGTTGATGGCGatcgt > 1:524691/1‑297 (MQ=255) gCACCTGGGATCACCTGGCAAAGGCACTCGTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGGATGCGCGCCAACTACTTCCCATTCACCGGGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGGTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACATGGTTGAGGGCGATATTc < 2:528081/300‑1 (MQ=255) cACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACATGGTTGAGGGCGGTATTCGCTTCACCCTc > 2:336081/1‑300 (MQ=255) aCCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGACGGGTGGTGCAGGCTGGACCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCCGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCACCGGCCTGCGCGATCTGCGCGAGATGCTTTGGGGGCATCTTCGCTTAAcccccc > 2:93750/1‑300 (MQ=255) ggcactggcaccctTCGGCCCATGGACCAAGCCTCCTCTGCGCTCCCACTACTTCCCATTCGCCGAACCTTCCGCTGAGGTTGATTGGTGGTCCCCTATCAAGAAGGGTGGTGCAGCCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCTTGGGTG‑TTGGCCCAGGGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACATGGTTGAGGGCGATATTCGCTTCACCCTCCCAtt < 2:482158/288‑1 (MQ=255) ggCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCAGGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCAAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACATGGTTGAGGGCGATATTCGCTTCACCCTCCCAtt < 2:168853/300‑1 (MQ=255) aaCTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGTGTG‑TTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTCCAGTTCCGCAACGCCCTGAGCGATATGCGCGACCTGGTTGCGTGCGATATTCGCTTCACCCTCCCATGCAGCATTc > 2:514965/1‑300 (MQ=255) ctctTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACATGGTTGAGGGCGATATTCGCTTCACCCTCCCATTCGGCATTCAg > 1:291388/1‑300 (MQ=255) 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aGACTCGTATGCCGTTCAAATACTTCCCATTTACCGGGCCCTCCGCTGAGGTTGATGGGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGGTGGATCGAGTGGGGGGGCTGTGGCATGGTCAAACCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACATGGTTGAGGGCGATATTCGCTTCACCCTCCCATTCGGCATTCAGGCATAACT‑CATCCCGcaca < 1:34222/300‑1 (MQ=255) cTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCCGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACATGGTTGAGGGCGATATTCGCTTCACCCTCCCATTCGGCATTCAGGCATAACT‑CATCCCGCACAAGa > 1:332180/1‑300 (MQ=255) tGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTG‑TTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACATGGTTGAGGGCGATATTCGCTTCACCCTCCCATTCGGCATTCAGGCATAACT‑CATCCCGCACACGACTtata < 1:424141/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |