| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BA000036 | 1,699,535 | C→T | S288N (AGC→AAC) | Cgl1603 ← | S‑adenosylmethionine synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BA000036 | 1,699,535 | 0 | C | T | 97.9% | 366.9 / NA | 97 | S288N (AGC→AAC) | Cgl1603 | S‑adenosylmethionine synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (47/48); minor base G (0/2); total (47/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCAGTGCGACCAAAGTGGCCGTAGGCAGCAGTGTCAGCGTAGATCGGACGAAGCAGATCAAGCTCACGGATAATTGCTGCTGGACGCAGGTCAAAGACCTCCAACACGGCAGCCTGAATCTGCTCGTCGCTCAGGCCTTCCTTGTTGGTGTCAAAGGTTTCAACGTAAAGTCCGACTGGCTTTGCGCGTCCAATGGCGTATGCAACCTGAACTTCAGCGCGATCAGCAAGGCCTGCTGCCACGATGTTCTTTGCTACCCAACGCATGGCGTATGCAGCAGAGCGGTCCACCTTGCTTGGATCCTTACCGGAGAATGCTCCACCACCATGGCGAGCCATGCCACCGTAGGTATCCACGATGATCTTGCGGCCGGTCAGACCCGCATCACCCATGGGGCCACCCAGAATGAAGGAACCTGAAGGGTTGATCAACACGGTGATCTCACCGGTTGCCAGATCCTCAATGCCTGCGTCTTTGATTACCCAATCAATGACGTGTTCGCGCAGTTGGGTTTCCAACCATGCACGGTCAACTTCTGGGTCGTGCTGGGTGGAGATGACAACGGTATCCAGGTGGCTAGGGCGG > BA000036/1699240‑1699825 | aTCAGTGCGACCAAAGTGGCCGTAGGCAGCAGTGTCAGCGTAGATCGGACGAAGCAGATCAAGCTCACGGATAATTGCTGCTGGACGCAGGTCAAAGACCTCCAACACGGCAGCCTGAATCTGCTCGTCGCTCAGGCCTTCCTTGTTGGTGTCAAAGGTTTCAACGTAAAGTCCGACTGGCTTTGCGCGTCCAATGGCGTATGCAACCTGAACTTCAGCGCGATCAGCAAGGCCTGCTGCCACGATGTTCTTTGCTACCCAACGCATGTCGTATGCAGCAGAGCGGTCCACcttgtttg > 1:4920/1‑299 (MQ=255) aGTGCGACCAAAGTGGCCGTAGGCAGCAGTGTCAGCGTAGATCGGACGAAGCAGATCAAGCTCACGGATAATTGCTGCTGGACGCAGGTCCAAGACCTCCAACACGGCAGCCTGAATCTGCTCGTCGCTCAGGCCTTCCTTGTTGGTGTCAAAGGTTTCAACGTAAAGTCCGACTGGCTTTGCGCGTCCAATGGCGTATGCAACCTGAACTTCAGCGCGATCAGCAAGGCCTGCTGCCACGATGTTCTTTGCTACCCCACGCATGGCGTATGCAGCCGAGCGGTCACCCTTGTTTGGATc > 2:210910/1‑300 (MQ=255) ggCCGTAGGCAGCAGTGTCAGCGTAGATCGGACGAAGCAGATCAAGCCCACGGATAATTGCTGCTGGACGCAGGTCAAAGACCTCCAACACGGCAGCCTGAATCTGCTCGTCGCTCAGGCCTTCCTTGTTGGTGTCAAAGGTTTCAACGTAAAGTCCGACTGGCTTTGCGCGTCCAATGGCGTATGCAACCTGAACTTCAGCGCGATCAGCAAGGCCTGCTGCCACGATGTTCGTTGCTACCCAACGCATGGCGTATGCAGCAGAGCGGTCCACCTTGTTTGGATCCTTACCGGAGAATg > 1:517820/1‑300 (MQ=255) tgtCAGCGTAGATCGGACGAAGCAGATCAAGCTCACGGATAATTGCTGCTGGACGCAGGTCAAAGACCTCCAACACGGCAGCCTGAATCTGCTCGTCGCTCAGGCCTTCCTTGTTGGTGTCAAAGGTTTCAACGTAAAGTCCGACTGGCTTTGCGCGTCCAATGGCGTCTGCAACCTGAACTTCAGCGCGATCAGCAAAGCCTGCTGCCACGATGTTCTTTGCTACCCAACGCATGGCGTATGCAGCAGAGCGGTCCACCTTGTTTGGATCCTTACCGGCGAATGCTCCACCACCATGGc > 2:443691/1‑300 (MQ=255) 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cagAGCGGTCCACCTTGTTTGGATCCTTACCGGAGAATGCTCCACCACCATGGCGAGCCATGCCACCGTAGGTATCCACGATGATCTTGCGGCCGGTCAGACCCGCATCACCCATGGGGCCACCCAGAATGAAGGAACCTGAAGGGTTGATCAACACGGTGATCTCACCGGTTGCCAGATCCTCAATGCCTGCGTCTTTGATTACCCAATCAATGACGTGTTCGCGCAGTTGGGTTTCCAACCATGCACGGTCAACTTCTGGGTCGTGCTGGGTGGAGATGACAACGGTATCCAGGTGGc < 1:294686/300‑1 (MQ=255) gagCGGTCCACCTTGTTTGGATCCTTACCGGAGAATGCTCCACCACCATGGCGAGCCATGCCACCGTAGGTATCCACGATGATCTTGCGGCCGGTCAGACCCGCATCACCCATGGGGCCACCCAGAATGAAGGAACCTGAAGGGTTGATCAACACGGTGATCTCACCGGTTGCCAGATCCTCAATGCCTGCGTCTTTGATTACCCAATCAATGACGTGTTCGCGCAGTTGGGTTTCCAACCATGCACGGTCAACTTCTGGGTCGTGCTGGGTGGAGATGACAACGGTATCCAGGTGGc > 1:157051/1‑298 (MQ=255) gCGGTCCAACTTGGTTGGATCCGTACCGGAGAATGCCCCACCACCATGGCGAGCCATGCCACCGTAGGTATCCACGATGATCTGGCGGCCGGTCAGACCCGAATCACCCATGGGGCCACCCAGAATGAAGGAACCTGAAGGGTTGATCAACACGGTGATCTCACCGGTTGCCAGATCCTCAATGCCTGCGTCTTTGATTACCCAATCAATGACGTGTTCGCGCAGTTGGGTTTCCAACCATGCACGGTCAACTTCTGGGTCGTGCTGGGTGGAGATGACAACGGTATCCAGGTGGCTAgg < 2:255215/300‑1 (MQ=255) tCCACCTTGTTTGGATCCTTACCGGAGAATGCTCCACCCCCATGGCGAGCCATGCCACCGTAGGTATCCACGATGATCTTGCGGCCGGTCAGACCCGCATCACCCATGGGGCCACCCAGAATGAAGGAACCTGAAGGGTTGATCAACACGGTGATCTCACCGGTTGCCAGATCCTCAATGCCTGCGTCTTTGATTACCCAATCAATGACGTGTTCGCGCAGTTGGGTTTCCAACCATGCACGGTCAACTTCTGGGTCGTGCTGGGTGGAGATGACAACGGTATCCAGGTGGCTAGGGCgg > 1:252298/1‑300 (MQ=255) | ATCAGTGCGACCAAAGTGGCCGTAGGCAGCAGTGTCAGCGTAGATCGGACGAAGCAGATCAAGCTCACGGATAATTGCTGCTGGACGCAGGTCAAAGACCTCCAACACGGCAGCCTGAATCTGCTCGTCGCTCAGGCCTTCCTTGTTGGTGTCAAAGGTTTCAACGTAAAGTCCGACTGGCTTTGCGCGTCCAATGGCGTATGCAACCTGAACTTCAGCGCGATCAGCAAGGCCTGCTGCCACGATGTTCTTTGCTACCCAACGCATGGCGTATGCAGCAGAGCGGTCCACCTTGCTTGGATCCTTACCGGAGAATGCTCCACCACCATGGCGAGCCATGCCACCGTAGGTATCCACGATGATCTTGCGGCCGGTCAGACCCGCATCACCCATGGGGCCACCCAGAATGAAGGAACCTGAAGGGTTGATCAACACGGTGATCTCACCGGTTGCCAGATCCTCAATGCCTGCGTCTTTGATTACCCAATCAATGACGTGTTCGCGCAGTTGGGTTTCCAACCATGCACGGTCAACTTCTGGGTCGTGCTGGGTGGAGATGACAACGGTATCCAGGTGGCTAGGGCGG > BA000036/1699240‑1699825 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |