| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BA000036 | 2,981,696 | T→A | T2S (ACT→TCT) | Cgl2796 ← | NAD‑dependent aldehyde dehydrogenases |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BA000036 | 2,981,696 | 0 | T | A | 99.1% | 415.7 / ‑4.3 | 110 | T2S (ACT→TCT) | Cgl2796 | NAD‑dependent aldehyde dehydrogenases |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (45/64); minor base G (1/0); total (46/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TGCGATTTCTTCCAGGTGCTCTTCCATGCGGTCCGCAATGCGGTGCAGGATCAGAGCACGTTCAGCGACAGAAGTCTTGCCCCACGCATCAGCGGCTGCATGTGCAGCATCCAGTGCAAGCTCCACGTCCGCTGCGGTGCCACGTGCGACCTCACAGAAAACTTCACCAGTGACAGGTGAAATGTTCTCAAGGTACTGGCCCTCTACCGGTGGAACCCACTTGCCACCAATGTAGTTCTCGTAGCGCTTTTCATAGTTAACGATCGAGCCTTCGGTTCCTGGATTTGCGTAGACAGTCATTGGGTCTCCTTTGGGCCACCTCCACCTGAGCACTACCTGTGCGTCAGGTGACACTTGGTCAACGATTGTGACAACGCGCACATTCGCACGCTTAGCAGCCACCATATTCACGAAAATCAATCCGCGCTAGAACCCCCGTTAAATTCACCCCCTTTTCTCAAAATTCTCGCAGCTCAACGCCGAAAGCCTTTCAAAAGTTATTACCCCTGTTCGGGTGGTTATACATGTATCTAATTGGCGAAAGCACGAAACGGGCACCTCCAAAAGATAAATGGAGGTGCCCGCTTAATTT > BA000036/2981400‑2981991 | atcccatcggttttgccggcacccaatatgacggcatccatggcactgatcccaccgctgccctattcggtgcaacagtgtgggattcgccctcaacgcattccggttattggaatgaccaggagttcctgggcaatgtggcggaggtggttcgcggcaaatagaaaagccgccgcacactggaggatgtgtgaggcagcttttctaggacttaacgcttagatcagaacagtccggttgggtttggatcgtaggagaccccatcatttaaattaaacattaATTTGCGTAGACAGACAt < 1:73271‑M2/18‑1 (MQ=255) tcggttttgccggcacccaatatgacggcatccatggcactgatcccaccgctgccctattcggtgcaacagtgtgggattcgccctcaacgcattccggtgattggaatgaccaggagttcctgggcaatgtggcggaggtggttcgcggcaaatagaaaagccgccgcacactggaggatgtgtgaggcagcttttctaggacttaacgcttagatcagaacagtccggttgggtttggatcgtaggagaccccatcatttaaattaaacattaATTTGCGTAGACAGACATTGGGtc < 2:126916‑M2/24‑1 (MQ=255) ccggcacccaatatgacggcatccatggcactgatcccaccgctgccctattcggtgcaacagtgtgggattcgccctcaacgcattccggttattggaatgaccaggagttcctgggcaatgtggcggaggtggttcgcggcaaatagaaaagccgccgcacactggaggatgtgtgaggcagcttttctaggacttaacgcttagatcagaacagtccggttgggtttggatcgtaggagaccccagcatttaaattaaacattaATTTGCGTAGACAGACATTGGGGCTCCTTTggg < 2:220007‑M2/33‑1 (MQ=255) cccaatctgacggcatccatggcactgatcccaccgctgccctattcggtgcaacagtgtgggattcgccctcaacgcattccggttattggaatgaccaggagttcctgggcaatgtggcggaggtggttcgcggcaaatagaaaagccgccgcacactggaggatgtgtgaggcagcttttctaggacttaacgcttagatcagaacagtccggttgggtttggatcgtaggagaccccatcatttaaattaaacattaATTTGCGTAGACAGACATTGGGTCTCCTTTGGGccacct < 1:386645‑M2/39‑1 (MQ=255) 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TGCGATTTCTTCCAGGTGCTCTTCCATGCGGTCCGCAATGCGGTGCAGGATCAGAGCACGTTCAGCGACAGAAGTCTTGCCCCACGCATCAGCGGCTGCATGTGCAGCATCCAGTGCAAGCTCCACGTCCGCTGCGGTGCCACGTGCGACCTCACAGAAAACTTCACCAGTGACAGGTGAAATGTTCTCAAGGTACTGGCCCTCTACCGGTGGAACCCACTTGCCACCAATGTAGTTCTCGTAGCGCTTTTCATAGTTAACGATCGAGCCTTCGGTTCCTGGATTTGCGTAGACAGTCATTGGGTCTCCTTTGGGCCACCTCCACCTGAGCACTACCTGTGCGTCAGGTGACACTTGGTCAACGATTGTGACAACGCGCACATTCGCACGCTTAGCAGCCACCATATTCACGAAAATCAATCCGCGCTAGAACCCCCGTTAAATTCACCCCCTTTTCTCAAAATTCTCGCAGCTCAACGCCGAAAGCCTTTCAAAAGTTATTACCCCTGTTCGGGTGGTTATACATGTATCTAATTGGCGAAAGCACGAAACGGGCACCTCCAAAAGATAAATGGAGGTGCCCGCTTAATTT > BA000036/2981400‑2981991 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |