| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BA000036 | 3,035,143 | G→A | R321K (AGG→AAG) | Cgl2846 → | Hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BA000036 | 3,035,143 | 0 | G | A | 99.0% | 339.6 / NA | 95 | R321K (AGG→AAG) | Cgl2846 | Hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (52/42); minor base C (1/0); total (53/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
TGGTGCCGATGGTTCACGGAATCAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAGGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCAATGATTTACACCCTGGTGTTGGGCTACACCGGCGCAGCTTTGCCACTGTTGCTGCTGCTTTCCTTGGCAGAGCGTCCGCTGATTCAGACTCTGAGCAGCGATGTTATGGCCGGCGAGCTGCTGCGTTCAGGTGTCGGTGCGCTGACGTTGACACTGGCGGTGCCGATCACGACGCTGATCGCCGCATGGACGGTACCCGGCGATGAGCCTGCCCCAGATGATGGCAAGCCCCGCCTGATCCACCGCCA > BA000036/3034846‑3035437 | tgctaccgtgggTTCAGGGAATCAATTAGAAGTCGGGAGCTGCGTTTGCGGGGACGTGGGGGGCGTTTTTGTGGTCGGCGGTGTTGGCGTGGGCGTCGATCATCACCACGAATTTACGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCAGCGTTCATCATTGGTACCTCCGGTGTGCAAAACGAGGTGACGATCACACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTGGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGc < 2:332430/290‑1 (MQ=255) tgCCGATGGTTCACGGAATCAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTGt > 1:9612/1‑300 (MQ=255) gTTCACGGACTCAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCGgc > 1:400513/1‑300 (MQ=255) aaCGGAATCAATTGGAATGCGGGAGTTGCGTTGGGGGGCACGCTGGTGGCATGGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTGGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCGgcgc < 2:144774/298‑1 (MQ=255) gAATCAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGAGCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCAGCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGGGCTCAACGATGTGACGATATCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGt < 1:230073/300‑1 (MQ=255) aaTCAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGTc > 1:457156/1‑300 (MQ=255) cAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGt > 1:380368/1‑300 (MQ=255) 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gTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGCTGCAGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCGGCGCGTTGTTGGTTGGTCGCGGCCCAAGTTCCTc > 2:534738/1‑300 (MQ=255) ttGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTc > 1:106479/1‑299 (MQ=255) gCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCAATg < 2:247549/300‑1 (MQ=255) cGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCTTCGACCATCAATGAGCCCGCGGAAATCGATGAAGCTGCCACCCCGTGTGAGCCGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGGCCACATTGCCACACTGCTTTaca > 2:318779/1‑300 (MQ=255) ttggCATTGTTGGTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCGCGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCGTCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTGACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCAATGATTTACACCCt < 2:463979/298‑1 (MQ=255) tgttgtCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGACATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGGCCACCTTTCCTCAATGATTTAAATCCTGGTGTTGGGc > 2:212990/1‑299 (MQ=255) 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aaGATGCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCAATGATTTACACCCTGGTGTTGGGCTACACCGGCGCAGCTTTGCCACTGTTGCTGCTGCTTTCCTTGGCAGAGCGTCCGCTGATTCAGACCCTGAGCAGCGATGTTATGGCCGGCGAGCTGCTGCGTTCAGGTGTCGGTGCGCTGACGTTGACACTGGCGGTGACGATCCAGCCGCTGACCGCCGCGTGGACGGTACCCGGCGTTGCGCCTGCACCCGCTGATGGCACGCACCGcc > 2:302314/1‑300 (MQ=255) gCCACACCGTGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCAATGATTTACACCCTGGTGTTGGGCTACACCGGCGCAGCTTTGCCACTGTTGCTGCTGCTTTCCTTGGCAGAGCGTCCGCTGATTCAGACTCTGAGCAGCGATGTTATGGCCGGCGAGCTGCTGCGTTCAGGTGTCGGTGCGCTGACGTTGACACTGGCGGTGCCGATCACGACGCTGATCGCCGCATGGACGGTACCCGGCGATGAGCCTGCCCCAGATGATGGCAAGCCCCGCCTGATc < 1:109765/300‑1 (MQ=255) gTGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGCCCACATTTCCTCAATGATTTACACCCTGGTGTTGGGCTACACCGGCGCAGCTTTGCCACTGTTGCTGCTGCTTTCCTTGGCAGAGCGTCCGCTGATTCAGACTCTGAGCAGCGATGTTATGGCCGGCGAGCTGCTGCGTTCAGGTGTCGGTGCGCTGACGTTGACACTGGCGGTGCCGCTCACGACGCTGCTCGCCGCCTGGACGGTACCCGGCGCTGACCCTGCCCCAGATGCTTGCAAGGCCCGCCCGATCCACCGCCa > 2:15401/1‑300 (MQ=255) gTGGAAGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCAATGATTTACACCCTGGTGTTGGGCTACACCGGCGCAGCTTTGCCACTGTTGCTGCTGCTTTCCTTGGCAGAGCGTCCGCTGATTCAGACTCTGAGCAGCGATGTTATGGCCGGCGAGCTGCTGCGTTCAGGTGTCGGTGCGCTGACGTTGACACTGGCGGTGCCGATCACGACGCTGATCGCCGCATGGACGGTACCCGGCGATGAGCCTGCCCCAGATGATGGCAAGCCCCGCCTGCTCCACCGCCa > 1:177503/1‑300 (MQ=255) | TGGTGCCGATGGTTCACGGAATCAACTGGAAATCGGCAGCTGCGTTGGCGGGCACGCTGGTGGCATTGTTGTTGTCGGCGGTGTTGTCGTGGGCGTCGATCGTCACCACGAATTTGCGCGGACTGGGCGATGAGAATCATCTGAAGATCATCAACTATTTGCCGGAGGTGTCGATCTCTGGGTTGCTGTTGGCATCGTTCATCATTGGTACCTTGGGTGTGCTCAACGATGTGACGATCTCACAGGCGTCGACCATCAATGAGCTCGCGGAAATCGATGAAGATGCCACACCGTGGAGGCTGTTTACCGGCGCGATGTCGGTTGGTCGCGACCACATTTCCTCAATGATTTACACCCTGGTGTTGGGCTACACCGGCGCAGCTTTGCCACTGTTGCTGCTGCTTTCCTTGGCAGAGCGTCCGCTGATTCAGACTCTGAGCAGCGATGTTATGGCCGGCGAGCTGCTGCGTTCAGGTGTCGGTGCGCTGACGTTGACACTGGCGGTGCCGATCACGACGCTGATCGCCGCATGGACGGTACCCGGCGATGAGCCTGCCCCAGATGATGGCAAGCCCCGCCTGATCCACCGCCA > BA000036/3034846‑3035437 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |