Predicted mutation | ||||||
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RA | BA000036 | 3,189,874 | C→T | intergenic (‑221/‑4) | Cgl2987 ← / → Cgl2988 | Hypothetical protein/Transcriptional regulators |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BA000036 | 3,189,874 | 0 | C | T | 99.1% | 406.7 / NA | 109 | intergenic (‑221/‑4) | Cgl2987/Cgl2988 | Hypothetical protein/Transcriptional regulators |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (59/48); total (60/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CCAACCCCGCCCGAAACTGACGGAGAGTCTGCCTACGAGCTAGTTGGTGACTGATCTCATTTTGATATTGCACCACGATTAAAAAGTGTAGCCGTAAGCCGACCAATGAAACGACCCTCTAGAAGCATCGTTTAGAATTGCTTTTAAGTGAATAAGGAACAGCACAGAATTAAGGCCTCGGAGTTATCGCTCACGCTACTTCTCAAGTGACGCCAAGGTAAGTTGTACTTTTTCTGTCCAAATTATTGCTTTTTCCGTAGATAGGTTATCGAACGGAAATTACTTGGCAATACCGCTATGCTGGCAGGCATGCCTAATTTAAACGCTGAGGAGCTAGCAGTCCGCGTGCGACCCGCGCTGACAAAACTCTACGTTCTCTATTTCCGCCGCTCTGTGAATTCTGACCTCTCGGGTCCACAGCTCACTATTTTGAGTCGCCTGGAAGAAAACGGCCCATCCCGAATTAGTCGCATCGCGGAACTTGAAGATATTCGTATGCCAACCGCTTCGAATGCTCTGCATCAGCTGGAGCAACTCAACCTGGTTGAGCGTATCCGCGACACCAAAGACCGCCGAGGCGTGCAGGTT > BA000036/3189581‑3190168 | ccAACCCCGCCAGAAACTGACGGAGAGTCTGCCGACGAGCTAGTTGGTGACTGATCTCATTTTGATAGTGCACCACGATTAAAAAGTGTAGCCGTAAGCCGACCAATGAAACGACCCTCTAGAAGCATCGTTTAGAATTGCTTTTAAGTGAATAAGGAACAGCACAGAATTAAGGCCTCGGAGTTATCGCTCACGCTACTTCTCAAGTGACGCCAAGGTAAGTTGTACTTTTTCTGTCCAAATTATTGCTTTTTCCGTAGATAGGTTATCGAACGGAAATTACTTGGCAATACTGCTATg < 2:155818/300‑1 (MQ=255) gcccgAAACTGACGGAGAGTCTGCCTACGAGCTAGTTGGTGACTGATCTCATTTTGATATTGCACCACGATTAAAAAGTGTAGCCGTAAGCCGACCAATGAAACGACCCTCTAGAAGCATCGTTTAGAATTGCTTTTAAGTGAATAAGGAACAGCACAGAATTAAGGCCTCGGAGTTATCGCTCACGCTACTTCTCAAGTGACGCCAAGGTAAGTTGTACTTTTTCTGTCCAAATTATTGCTTTTTCCGTAGATAGGTTATCGAACGGAAATTACTTGGCAATACTGCTATGCTggcagg < 1:368655/300‑1 (MQ=255) cccgAAACTGACGGAGAGTCTGCCTACGAGCTAGTTGGTGACTGATCTCATTTTGATATTGCACCACGATTAAAAAGTGTAGCCGTAAGCCGACCAATGAAACGACCCTCTAGAAGCATCGTTTAGAATTGCTTTTAAGTGAATAAGGAACAGCACAGAATTAAGGCCTCGGAGTTATCGCTCACGCTACTTCTCAAGTGACGCCAAGGTAAGTTGTACTTTTTCTGTCCAAATTATTGCTTTTTCCGTAGATAGGTTATCGAACGGAAATTACTTGGCAATACTGCTATGCTggcagg > 1:426923/1‑299 (MQ=255) aaaCTGACGGAGAGTCTGCCTACGAGCTAGTTGGTGACTGATCTCATTTTGATATTGCACCACGATTAAAAAGTGTAGCCGTAAGCCGACCAATGAAACGACCCTCTAGAAGCATCGTTTAGAATTGCTTTTAAGTGAATAAGGAACAGCACAGAATTAAGGCCTCGGAGTTATCGCTCACGCTACTTCTCAAGTGACGCCAAGGTAAGTTGTACTTTTTCTGTCCAAATTATTGCTTTTTCCGTAGATAGGTTATCGAACGGAAATTACTTGGCAATACTGCTATGCTGGCAGGCATGc > 1:290029/1‑300 (MQ=255) 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ggCAATACTGCTATGCTGGCAGGCATGCCTAATTTAAACGCTGAGGAGCTAGCAGTCCGCGTGCGACCCGCGCTGACAAAACTCTACGTTCTCTATTTCCGCCGCTCTGTGAATTCTGACCTCTCGGGTCCACAGCTCACTATTTTGAGTCGCCTGGAAGAAAACGGCCCATCCCGAATTAGTCGCATCGCGGAACTTGAAGATATTCGTATGCCAACCGCTTCGAATGCTCTGCATCAGCTGGAGCAACTCAACCTGGTTGAGCGTATCCGCGACACCAAAGACCGCCGAGGCGTGCa < 2:521697/299‑1 (MQ=255) gCAATACTGCTATGCTGGCAGGCATGCCTAATTTAAACGCTGAGGAGCTAGCAGTCCGCGTGCGACCCGCGCTGACAAAACTCTACGTTCTCTATTTCCGCCGCTCTGTGAATTCTGACCTCTCGGGTCCACAGCTCACTATTTTGAGTCGCCTGGAAGAAAACGGCCCATCCCGAATTAGTCGCATCGCGGAACTTGAAGATATTCGTATGCCAACCGCTTCGAATGCTCTGCATCAGCTGGAGCAACTCAACCTGGTTGAGCGTATCCGCGACACCAAAGACCGCCGAGGCGTGCAgg > 1:85977/1‑300 (MQ=255) aTACTGCTATGCTGGCAGGCATGCCTAATTTAAACGCTGAGGAGCTAGCAGTCCGCGTGCGACCCGCGCTGACAAAACTCTACGTTCTCTATTTCCGCCGCTCTGTGAATTCTGACCTCTCGGGTCCACAGCTCACTATTTTGAGTCGCCTGGAAGAAAACGGCCCATCCCGAATTAGTCGCATCGCGGAACTTGAAGATATTCGTATTCCAACCGCTTCGAATGCTCTGCCTCAGCTGGAGCAACTCAACCTGGTTGACCGTATCCGCGACACCAAAGACCGCCTAGGCGTTCAGGtt > 1:415224/1‑299 (MQ=255) | CCAACCCCGCCCGAAACTGACGGAGAGTCTGCCTACGAGCTAGTTGGTGACTGATCTCATTTTGATATTGCACCACGATTAAAAAGTGTAGCCGTAAGCCGACCAATGAAACGACCCTCTAGAAGCATCGTTTAGAATTGCTTTTAAGTGAATAAGGAACAGCACAGAATTAAGGCCTCGGAGTTATCGCTCACGCTACTTCTCAAGTGACGCCAAGGTAAGTTGTACTTTTTCTGTCCAAATTATTGCTTTTTCCGTAGATAGGTTATCGAACGGAAATTACTTGGCAATACCGCTATGCTGGCAGGCATGCCTAATTTAAACGCTGAGGAGCTAGCAGTCCGCGTGCGACCCGCGCTGACAAAACTCTACGTTCTCTATTTCCGCCGCTCTGTGAATTCTGACCTCTCGGGTCCACAGCTCACTATTTTGAGTCGCCTGGAAGAAAACGGCCCATCCCGAATTAGTCGCATCGCGGAACTTGAAGATATTCGTATGCCAACCGCTTCGAATGCTCTGCATCAGCTGGAGCAACTCAACCTGGTTGAGCGTATCCGCGACACCAAAGACCGCCGAGGCGTGCAGGTT > BA000036/3189581‑3190168 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |