| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BA000036 | 1,142,255 | T→C | L328S (TTG→TCG) | Cgl1095 → | Hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BA000036 | 1,142,255 | 0 | T | C | 98.9% | 332.3 / NA | 91 | L328S (TTG→TCG) | Cgl1095 | Hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (47/43); minor base G (1/0); total (48/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTTGATCATCATCAGTGCGCTAACACTGTTCGCCACCGTGGAAGAAGTTGGCCAAGATGATATGCCTATGCTGACGATCATCAACAATTTGAACCCGCTGGCTGGCCAAGTAATGGCAGTGGTTATCTACGGAATGATCTTCAACACGGCACTGGGTATGTTCTACGCATTGGGCCGTCGTCTCACTGCGAAAAACCCACAGCGATTCCGTCCGGTTTATGTGGTCACAGTGCTGATTGGTTTTGTGTTGAGCTTTGTGGGATTCAAGAACTTGGTGGGCTATGTGTACCCAGTCTTGGGATACATTGGCCTGCTGCTGATTGCAGTGATGATGGTGGCGTGGGTGAGGGGACGCGTACGCATCTACAAGGAATCCGAACGCCGCATGCGGATCGCAGACTTGTTGCAGATCGGCCATGACGGAGCGTTGAGTGGAGCAGAGCTGGCGGTGCTCAACCAGGAAATCCAAGATTCAAACTTGGATGAGGAACAAATTAAAGCAGCGGTTAGGAAGTAGTTACTCTGCAGGGACGAGCTCTACCTGGCTGGCGTCAGCCCAGGTGAGTTCGATTCCCTTGGAGCGCAGCCACTG > BA000036/1141959‑1142550 | cTTGATCATCATCAGTGCGCTCACACTGTTCGCCACCGTGGAAGAAGTTGGCCAAGATGAGATGCCTATGCTGACGATCATCAACAATTTGAACCCGCTGACTGGCCAAGTAATGGCAGTGGTTATCTACGGAATGATCTTCAACACGGCACTGGGTATGTTCTACGCATTGGGCCGTCGTCTCACTGCGAAAAACCCACAGCGATTCCGTCCGGTTTATGTGGTCACAGTGCTGATTGGTTTTGTGTTGAGCTTTGTGGGATTCAAGAACTTGGTGGGCTATGTGTACCCAGTCTCgg < 2:485888/299‑1 (MQ=255)cTTGATCATCATCAGTGCGCTAACACTGTTCGCCACCGTGGAAGAAGTTGGCCAAGATGATATGCCTATGCTGACGATCATCAACAATTTGAACCCGCTGGCTGGCCAAGTAATGGCAGTGGTTATCTACGGAATGATCTTCAACACGGCACTGGGTATGTTCTACGCATTGGGCCGTCGTCTCACTGCGAAAAACCCACAGCGATTCCGTCCGGTTTATGTGGTCACAGTGCTGATTGGTTTTGTGTTGAGCTTTGTGGGATTCAAGAACTTGGTGGGCTATGTGTACCCAGTCTCgg < 2:485897/299‑1 (MQ=255) tGATCATCATCAGTGCGCTAACACTGTTCGCCACCGTGGAAGAAGTTGGCCAAGATGATATGCCTATGCTGACGATCATCAACAATTTGAACCCGCTGGCTGGCCAAGTAATGGCAGTGGTTATCTACGGAATGATCTTCAACACGGCACTGGGTATGTTCTACGCATTGGGCCGTCGTCTCACTGCGAAAAACCCACAGCGATTCCGTCCGGTTTATGTGGTCACAGTGCTGATTGGTTTTGTGTTGAGCTTTGTGGGATTCAAGAACTTGGTGGGCTATGTGTACCCAGTCTCGGGa < 2:256256/299‑1 (MQ=255) atcatcaGTGCGCTAACACTGTTCGCCACCGTGGAAGAAGTTGGCCAAGATGATATGCCTATGCTGACGATCATCAACAATTTGAACCCGCTGGCTGGCCAAGTAATGGCAGTGGTTATCTACGGAATGATCTTCAACACGGCACTGGGTATGTTCTACGCATTGGGCCGTCGTCTCACTGCGAAAAACCCACAGCGATTCCGTCCGGTTTATGTGGTCACAGTGCTGATTGGTTTTGTGTTGAGCTTTGTGGGATTCAAGAACTTGGTGGGCTATGTGTACCCAGTCTCGGGATACAtt < 1:512198/300‑1 (MQ=255) atcatcaGTGCGCTAACACTGTTCGCCACCGTGGAAGAAGTTGGCCAAGATGATATGCCTATGCTGACGATCATCAACAATTTGAACCCGCTGGCTGGCCAAGTAATGGCAGTGGTTATCTACGGAATGATCTTCAACACGGCACTGGGTATGTTCTACGCATTGGGCCGTCGTCTCACTGCGAAAAACCCACAGCGATTCCGTCCGGTTTATGTGGTCACAGTGCTGATTGGTTTTGTGTTGAGCTTTGTGGGATTCAAGAACTTGGTGGGCTATGTGTACCCAGTCTCGGGATACAtt > 2:395566/1‑300 (MQ=255) atcatcaGTGCGCTAACACTGTTCGCCACCGTGGAAGAAGTTGGCCAAGATGATATGCCTATGCTGACGATCATCAACAATTTGAACCCGCTGGCTGGCCAAGTAATGGCAGTGGTTATCTACGGAATGATCTTCAACACGGCACTGGGTATGTTCTACGCATTGGGCCGTCGTCTCACTGCGAAAAACCCACAGCGATTCCGTCCGGTTTATGTGGTCACAGTGCTGATTGGTTTTGTGTTGAGCTTTGTGGGATTCAAGAACTCGGTGGGCTATGTGTACCCAGTCTCGGGATACAtt > 2:395574/1‑300 (MQ=255) tcatcaGTGCGCTAACACTGTTCGCCACCGTGGAAGAAGTTGGCCAAGATGATATGCCTATGCTGACGATCATCAACAATTTGAACCCGCTGGCTGGCCAAGTAATGGCAGTGGTTATCTACGGAATGATCTTCAACACGGCACTGGGTATGTTCTACGCATTGGGCCGTCGTCTCACTGCGAAAAACCCACAGCGATTCCGTCCGGTTTATGTGGTCACAGTGCTGATTGGTTTTGTGTTGAGCTTTGTGGGATTCAAGAACTTGGTGGGCTATGTGTACCCAGTCTCGGGATACATTg < 2:57876/300‑1 (MQ=255) atcaGTGCGCTAACACTGTTCGCCACCGTGGAAGAAGTTGGCCAAGATGATATGCCTATGCTGACGATCATCAACAATTTGAACCCGCTGGCTGGCCAAGTAATGGCAGTGGTTATCTACGGAATGATCTTCAACACGGCACTGGGTATGTTCTACGCATTGGGTCGTCGTCTCACTGCGAAACTCCCACAGCGATTCCGTCCGGTTTATGTGGTCACAGTGCTGATCGGCTTTGTGTTGAGCTTTGTGGGATTCAAGACCTTGGTGGGCTTTGTGTACCCAGTCTGGGGCGACATTGGc > 2:42782/1‑300 (MQ=255) aaCACTGTTCGCCACCGTGGAAGAAGTTGGCCAAGATGATATGCCTATGCTGACGATCATCAACAATTTGAACCCGCTGGCTGGCCAAGTAATGGCAGTGGTTATCTACGGAATGATCTTCAACACGGCACTGGGTATGTTCTACGCATTGGGCCGTCGTCTCACTGCGAAAAACCCACAGCGATTCCGTCCGGTTTATGTGGTCACAGTGCTGATTGGTTTTGCGTTGAGCTTTGTGGGATTCAAGAACTTGGTGGGCTATGTGTACCCAGTCTCGGGATACATTGGCCTGCTGCTGAt > 1:155842/1‑300 (MQ=255) acacTGGTCGCCACCGTGTAAGAAGTTGGCCAAGATGATATGCCTATGCTGACGATCATCAACAATTTGAACCCGCTGGCTGGCCAAGTAATGGCAGTGGTTATCTACGGAATGATCTTCAACACGGCACTGGGTATGTTCTACGCATTGGGCCGTCGTCTCACTGCGAAAAACCCACAGCGATTCCGTCCGGTTTATGTGGTCACAGTGCTGATTGGTTTTGTGTTGAGCTTTGTGGGATTCAAGAACTTGGTGGGCTATGTGTACCCAGTCTCGGGATACATTGGCCTGCTGCTGAt < 1:299252/299‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |