| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BA000036 | 1,457,949 | C→T | T301T (ACC→ACT) | Cgl1389 → | Phenylalanyl‑tRNA synthetase alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BA000036 | 1,457,949 | 0 | C | T | 98.9% | 313.2 / NA | 88 | T301T (ACC→ACT) | Cgl1389 | Phenylalanyl‑tRNA synthetase alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (45/41); minor base G (0/1); total (46/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
GAACTCGATGCAACACACACCCCTGTGTTCCACCAGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACCGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACATGGTTGAGGGCGATATTCGCTTCACCCTCCCATTCGGCATTCAGGCATAACTCATCCCGCACACGACTTATATATAGGAGCAAAATTCCACCATGTTGATTGCACAAAACTGGGTGACGGGACTGCTGGGCCACGCAAACGAAGGCTGGAAGGTGCCATCGTCTGATTTGGACTCAGGTTATGTCCGCGTCGGCTTTGAAACCGAAGGCTACTGGCCAATCC > BA000036/1457653‑1458241 | gaACTCGATGCAACACACACCCCTGTGTTCCACCAGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGCTGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCCGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTTCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCATAGGAGTCCACTGGa > 1:255652/1‑300 (MQ=255) gATGCCACACAAACCCCTTTGTTCCCACAGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTcg < 2:544336/298‑1 (MQ=255) ccccccccccTGTGTTCCACCCGTTCGCAGTCCTTGCAGTTGCTCCGGGTCTGCCTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGCTCCCCGGGCCAAGGAGCTCTTCGGCCCAGAGCCCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATGCACCGCGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTCACAAGACGGGTGGTGCCGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCa < 2:507827/294‑1 (MQ=255) cacacCCCTGTGTTCCACCAGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATg > 1:10916/1‑300 (MQ=255) ccgtggtTCCACCAGTGCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGTGTCTGACTATGCCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGTCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCAtt < 2:450049/295‑1 (MQ=255) gtgtTCCACCAGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGGGTACACTGGATTCGCGTTCGGCCTGGGCCTTGaa > 2:519939/1‑300 (MQ=255) ttCCACCAGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGTGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACg > 1:122435/1‑299 (MQ=255) ttCCACCAGATCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACg < 2:124546/299‑1 (MQ=255) aGATCGAAGTCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGACTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAATGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGTCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTTACCCAGAGGAGTACACTGGCTTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGc < 1:254872/300‑1 (MQ=255) gATCGCAGGCCTTGCAGTTGATAAGGTTCTGACTATGGCTCCCCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCa < 1:136697/300‑1 (MQ=255) aTCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCACACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAg > 2:53918/1‑300 (MQ=255) tCGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGt < 2:39796/300‑1 (MQ=255) cGAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGtt > 1:44106/1‑300 (MQ=255) gAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTTGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGACGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCCCGTTCGGCATGGGCATTTGACGTAGCCGGCAGCTc > 2:534376/1‑300 (MQ=255) gAAGGCCTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCCGAGGAGGACACTGGATTCGCGTTCGGCGTGGGCACTGAACGTACCCTGGCGTTc > 2:283759/1‑300 (MQ=255) gCCTTGCAGTTGATAAGGGGCTGACTATGGCTCCACTGCGCGGCACCAGGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTGCAGCCCAGAAACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCa < 2:344338/300‑1 (MQ=255) ccTTGCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCTCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAACCGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGCTTCGCGTTCGCCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCaa > 1:92783/1‑300 (MQ=255) gCAGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACg < 2:44106/298‑1 (MQ=255) aGTTGATAAGGGTCTGACTATGGCTCACCTGCGCGGCACCTTGGATCACCTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGGGTACACTGGATTCGCGTGCGGCCTGGGCATTGAAAGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGccg > 2:448227/1‑299 (MQ=255) 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ccTGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACATGGTTGAGGGCGATATTCGCTTCACCCTcc > 1:367886/1‑299 (MQ=255) tGGCCAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGCCCGGAGCGATATGCGCGACATGGTTAAGGGCGATATTCGCTTCACCCTCCCAt > 1:99680/1‑300 (MQ=255) gCCAAGGCACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATAGGAGCGACCTGGTTGAGGGCGATATTCGCTTCACCCCCCCATTc > 1:522005/1‑300 (MQ=255) 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cAAGGAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTCCGCAACGGCCTGAGCGATATGCGCGACATGGTTGAGGGCGATATTCGCTTCACCCTCCCATTCgg > 1:125604/1‑300 (MQ=255) ggAACTCTTCGGCCCAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCCTCCGCTGAGGTTGATGCGTGGTTTCCTCACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGCGGCATGGTCAATCCAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGCTCGGCTTGGGCATTGAACGTACCCTGCAGTTTCTCCACCGCCTGAGCGATAACCGCGACATGGCTGTGGGTGTTATCCGCTTCACTCTCCCTTTCGGCAt > 2:546777/1‑300 (MQ=255) cccAGAGACCAAGACTCGTATGCGCTCCAACTACTTCCCATTCACCGAGCCTTCCGCTGAGGTTGATGTGTGGTTCCCTAACAAGAAGGGTGGTGCAGGCTGGATCGAGTGGGGTGGCTGTGGCATGGTCAACACAAACGTGCTTCGTGCCGTGGGTGTTGACCCAGAGGAGTACACTGGATTCGCGTTCGGCATGGGCATTGAATGTACCGCGCAGTTCCGCATCGGCCTGAGCGATATGCGCGACATGGTTGAGGGCGATATTCGCTTCATCCTCCCATTCGGTATGCTGGCATaatt > 1:477152/1‑298 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |