| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | BA000036 | 1,699,535 | C→T | S288N (AGC→AAC) | Cgl1603 ← | S‑adenosylmethionine synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BA000036 | 1,699,535 | 0 | C | T | 97.5% | 298.9 / NA | 81 | S288N (AGC→AAC) | Cgl1603 | S‑adenosylmethionine synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (38/41); minor base G (0/2); total (38/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
AATCAGTGCGACCAAAGTGGCCGTAGGCAGCAGTGTCAGCGTAGATCGGACGAAGCAGATCAAGCTCACGGATAATTGCTGCTGGACGCAGGTCAAAGACCTCCAACACGGCAGCCTGAATCTGCTCGTCGCTCAGGCCTTCCTTGTTGGTGTCAAAGGTTTCAACGTAAAGTCCGACTGGCTTTGCGCGTCCAATGGCGTATGCAACCTGAACTTCAGCGCGATCAGCAAGGCCTGCTGCCACGATGTTCTTTGCTACCCAACGCATGGCGTATGCAGCAGAGCGGTCCACCTTGCTTGGATCCTTACCGGAGAATGCTCCACCACCATGGCGAGCCATGCCACCGTAGGTATCCACGATGATCTTGCGGCCGGTCAGACCCGCATCACCCATGGGGCCACCCAGAATGAAGGAACCTGAAGGGTTGATCAACACGGTGATCTCACCGGTTGCCAGATCCTCAATGCCTGCGTCTTTGATTACCCAATCAATGACGTGTTCGCGCAGTTGGGTTTCCAACCATGCACGGTCAACTTCTGGGTCGTGCTGGGTGGAGATGACAACGGTATCCAGGTGGCTAGGGCGGTCTT > BA000036/1699239‑1699829 | aaTCAGTGCGACCAAAGTGGCCGTAGGCAGCAGTGTCAGCGTAGATCGGACGAAGCAGATCAAGCTCACGGATAATTGCTGCTGGACGCAGGTCAAAGACCTCCAACACGGCAGCCTGAATCTGCTCGTCGCTCAGGCCTTCCTTGTTGGTGTCAAAGGTTTCAACGTAAAGTCCGACTGGCTTTGCGCGTCCAATGGCGTATGCAACCTGAACTTCAGCGCGATCAGCAAGGCCTGCTGCCACGGTGTTCTTTGCTACCCAACGCATGGCGTATGCAGCAGAGCGGTCCACcttgtttg > 1:488998/1‑300 (MQ=255) aGTGCGACCAAAGTGGCCGTAGGCAGCAGTGTCAGCGTAGATCGGACGAAGCAGATCAAGCTCACGGATAATTGCTGCTGGACGCAGGTCAAAGACCTCCAACACGGCAGCCTGAATCTGCTCGTCGCTCAGGCCTTCCTTGGTGGTGTCAAAGGTTTCAACGTAAAGTCCGACTGGCTTTGCGCGTCCAATGGCGTATGCAACCTGAACTTCAGCGCGATCAGCAAGGCCTGCTGCCACGATGTTCTTTGCTACCCAACGCATGGCGTATGCAGCAGAGCGGTCCACCTTGTTTGGATc < 1:33127/300‑1 (MQ=255) tGCGACCAAAGTGGCCGTAGGCAGCAGTGTCAGCGTAGATCGGACGAAGCAGATCAAGCTCACGGATAATTGCTGCTGGACGCAGGTCAAAGACCTCCAACACGGCAGCCTGAATCTGCTCGTCGCTCAGGCCTTCCTTGTTGGTGTCAAAGGTTTCAACGTAAAGTCCGACTGGCTTTGCGCGTCCAATGGCGTATGCAACCTGAACTTCAGCGCGATCAGCAAGGCCTGCTGCCACGATGTTCTGTGCTACCCAACGCATGGCGTATGCAGCAGAGCGGTCCACCTTGTTTGGATCCt < 2:320234/300‑1 (MQ=255) ccaCCAAAAGGGCAGTAGTCAGCAGTGTCAGCGAAGATCGGACGGAGAAGAGCAAGCTCACGGATAATTGCGACTGGACGCAAGACAAAGCCCTCCAACCCGGCAGCCTGAATCGGCTCGTCGCTCAGGCCTTCCTTGTTGGTGTCAAAGGTTACAACGTAAAGTCCGACTGGCTTTGCGCGTCCAATGGCGTATGCAACCTGAACTTCAGCGCGATCAGCAAGGCCTGCTGCCACGATGTTCTTTGCTACCCAACGCATGGCGTATGCAGCAGAGCGGTCCACCTTGTTTGGATCCtt < 2:537153/297‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |