| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BA000036 | 2,083,859 | T→A | G444G (GGA→GGT) | Cgl1975 ← | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BA000036 | 2,083,859 | 0 | T | A | 98.4% | 230.2 / NA | 63 | G444G (GGA→GGT) | Cgl1975 | Polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (36/26); minor base C (1/0); total (37/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
TCTTCTGCGCCGAGGATGTCGGTCAGTGCAACGTACTCGGTCTTGCCGTCGATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCGGCGCTTTGGTGAGCCCACACGTCCGGTTTCACCGGTGGAGTATGGAGGGAAGTTGTAGTGGTGCATGTAGCGCTTCGCATCGCCTGGTGCCAGGGAGTCGATTTGCTGTTCCATCTTGAGCATGTCCAGGGTGGTGACACCAAGGATCTGGGTCTCGCCACGCTCGAAGAGGGAGGAACCGTGCGCACGTGGGATGAGCTCAACTTCTACTGCCAGGTCACGGATGTCGGTGACTCCGCGGCCGTCGATGCGGAAGTGATCGGTGAGGATCATGCGGCGCACGATGGCCTTCATGACAGCGTTGTATCCTGCACG > BA000036/2083563‑2084152 | tcttctGCGCCGAGGATGTCGGTCAGTGCAACGTACTCGGTCTTGCCGTCGATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGCCAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCGGCGCTTTGGTGAGCCCACACGACCg > 2:543615/1‑300 (MQ=255) cgcCGAGGATGTCGGTCAGTGCAACGTACTCGGTCTTGCCGTCGTTTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCGGCGCTTTGGTGAGCCCACACGACCGGTTTCa < 2:489512/299‑1 (MQ=255) cGAGGATGTCGGTCAGTGCAACGTACTCGGTCTTGCCGTCGATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCCGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTTGCCACACTGCGCGTTCTTCAAGTGCACCGTGGCCGAGTTCGCGGCGCTTTGGTTGGCCCACACGACCGGTTTCACCgg > 2:68738/1‑300 (MQ=255) tGTCGGTCAGTGCAACGTACTCGGTCTTGCCGTCGATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCGGCGCTTTGGTGAGCCCACACGACCGGTTTCACCGGTGGAg > 1:44604/1‑299 (MQ=255) 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TCTTCTGCGCCGAGGATGTCGGTCAGTGCAACGTACTCGGTCTTGCCGTCGATTTCACCGGAAACAAGTCCCATGGCGATACCTGCAACAGGTGCCTTCAGTGGAACACCAGCGTTGTACAGGGACAGAGTGGATGCACAGACAGAGCCCATGGAGGTGGAGCCGTTGGAGCCCAGAGCTTCAGAGACCTGACGGATTGCGTATGGGAATTCCTCACGGGATGGGATTACTGGCAAAACTGCGCGTTCTGCAAGTGCACCGTGGCCGATTTCGCGGCGCTTTGGTGAGCCCACACGTCCGGTTTCACCGGTGGAGTATGGAGGGAAGTTGTAGTGGTGCATGTAGCGCTTCGCATCGCCTGGTGCCAGGGAGTCGATTTGCTGTTCCATCTTGAGCATGTCCAGGGTGGTGACACCAAGGATCTGGGTCTCGCCACGCTCGAAGAGGGAGGAACCGTGCGCACGTGGGATGAGCTCAACTTCTACTGCCAGGTCACGGATGTCGGTGACTCCGCGGCCGTCGATGCGGAAGTGATCGGTGAGGATCATGCGGCGCACGATGGCCTTCATGACAGCGTTGTATCCTGCACG > BA000036/2083563‑2084152 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |