| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | BA000036 | 2,981,696 | T→A | T2S (ACT→TCT) | Cgl2796 ← | NAD‑dependent aldehyde dehydrogenases |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BA000036 | 2,981,696 | 0 | T | A | 99.0% | 361.9 / NA | 99 | T2S (ACT→TCT) | Cgl2796 | NAD‑dependent aldehyde dehydrogenases |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (60/37); minor base G (0/1); total (60/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TGCGATTTCTTCCAGGTGCTCTTCCATGCGGTCCGCAATGCGGTGCAGGATCAGAGCACGTTCAGCGACAGAAGTCTTGCCCCACGCATCAGCGGCTGCATGTGCAGCATCCAGTGCAAGCTCCACGTCCGCTGCGGTGCCACGTGCGACCTCACAGAAAACTTCACCAGTGACAGGTGAAATGTTCTCAAGGTACTGGCCCTCTACCGGTGGAACCCACTTGCCACCAATGTAGTTCTCGTAGCGCTTTTCATAGTTAACGATCGAGCCTTCGGTTCCTGGATTTGCGTAGACAGTCATTGGGTCTCCTTTGGGCCACCTCCACCTGAGCACTACCTGTGCGTCAGGTGACACTTGGTCAACGATTGTGACAACGCGCACATTCGCACGCTTAGCAGCCACCATATTCACGAAAATCAATCCGCGCTAGAACCCCCGTTAAATTCACCCCCTTTTCTCAAAATTCTCGCAGCTCAACGCCGAAAGCCTTTCAAAAGTTATTACCCCTGTTCGGGTGGTTATACATGTATCTAATTGGCGAAAGCACGAAACGGGCACCTCCAAAAGATAAATGGAGGTGCCCGCTTAATT > BA000036/2981400‑2981990 | atcccatcggttttgccggcacccaatatgacggcatccatggcactgatcccaccgctgccctattcggtgcaacagtgtgggattcgccctcaacgcattccggttattggaatgaccaggagttcctgggcaatggggcggaggtggttcgcggcaaatagaaaagccgccgcacactggaggatgtgtgaggcagcttttctaggacttaacgcttagatcagaacagtccggttgggtttggatcgtaggagaccccatcatttaaattaaacattaATTTGCGTAgacagaca < 2:54265‑M2/17‑1 (MQ=255) 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aattaaacattaATTTGCGTAGACAGACATTGGGTCTCCTTTGGGCCACCTCCACCTGAGCACTACCTGTGCGTCAGGTGACACTTGGTCAACGATTGTGACAACGCGCACATTCGCACGCTTAGCAGCCACCATATTCACGAAAATCAATCCGCGCTAGAACTCCCGTTAAATTCACCCCCTTTTCTCAAAATTCTCGCAGCTCAACGCCGAAAGCCTTTCAAAAGTTATTACCCCTGTTCGGGTGGTTATACATGTATCTAATTGGCGAAAGCACGAAACGGGCACCTCCAAAAGAt > 1:140250‑M2/13‑299 (MQ=255) aacattaATTTGCGTAGACAGGCATGGTGTCTCCTTTGGGCCACCTCCACCTGAGCACTACCTGTGCGTCAGGTGACACTTGGTCAACGATTGTGACAACGCGCACATTCGCACGCTTAGCAGCCACCATATTCACGAAAATCAATCCGCGCTAGAACCCCCGTTAAATTCACCCCCTTTTCTCAAAATTCTCGCAGCTCAACGCCGAAAGCCTTTCAAAAGTTATTACCCCTGTTCGGGTGGTTATACATGTATCGAATTGGCGAAAGCACGAAACGGGCACCTCCAAAAGATAAATg < 2:372112‑M2/292‑1 (MQ=255) taATTTGCGTAGACAGACATTGGGTCTCCTTTGGGCCACCTCCACCTGAGCACTACCTGTGCGTCAGGTGACACTTGGTCAACGATTGTGACAACGCGCACATTCGCACGCTTAGCAGCCACCATATTCACGAAAATCAATCCGCGCTAGAACCCCCGTTAAATTCACCCCCTTTTCTCAAAATTCTCGCAGCTCAACGCCGAAAGCCTTTCAAAAGTTATTACCCCTGTTCGGGTGGTTATACATGTATCTAATTGGCGAAAGCACGAAACGGGCACCTCCAAAAGATAAATGGAGGTg > 2:265650‑M2/3‑300 (MQ=255) 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TGCGATTTCTTCCAGGTGCTCTTCCATGCGGTCCGCAATGCGGTGCAGGATCAGAGCACGTTCAGCGACAGAAGTCTTGCCCCACGCATCAGCGGCTGCATGTGCAGCATCCAGTGCAAGCTCCACGTCCGCTGCGGTGCCACGTGCGACCTCACAGAAAACTTCACCAGTGACAGGTGAAATGTTCTCAAGGTACTGGCCCTCTACCGGTGGAACCCACTTGCCACCAATGTAGTTCTCGTAGCGCTTTTCATAGTTAACGATCGAGCCTTCGGTTCCTGGATTTGCGTAGACAGTCATTGGGTCTCCTTTGGGCCACCTCCACCTGAGCACTACCTGTGCGTCAGGTGACACTTGGTCAACGATTGTGACAACGCGCACATTCGCACGCTTAGCAGCCACCATATTCACGAAAATCAATCCGCGCTAGAACCCCCGTTAAATTCACCCCCTTTTCTCAAAATTCTCGCAGCTCAACGCCGAAAGCCTTTCAAAAGTTATTACCCCTGTTCGGGTGGTTATACATGTATCTAATTGGCGAAAGCACGAAACGGGCACCTCCAAAAGATAAATGGAGGTGCCCGCTTAATT > BA000036/2981400‑2981990 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |